http://developer.baidu.com/map/reference/index.php?title=Class:%E8%A6%86%E7%9B%96%E7%89%A9%E7%B1%BB/Marker
這裏是覆蓋物的文檔，查找了一下有兩個解決方案
setTop(isTop:Boolean) 直接設置覆蓋物爲最頂級
setZIndex(zIndex:Number) 設置層疊順序
第一個可以解決目前遇到的問題，代碼如下
new BMap.Marker(data.points[i], {
icon: new BMap.Icon(json[i].Logo, new BMap.Size(50, 50)),
setTop:true
});
創建marker時增加屬性settop：true