選擇一個合適的內核並使用emerge來安裝它。
root #emerge
--ask sys-kernel/gentoo-sources
這將在/usr/src/中安裝Linux內核源碼，並有一個符號連接叫作linux將指向安裝的內核源碼：
root #ls
-l /usr/src/linux
lrwxrwxrwx 1 root root 12 Oct 13 11:04 /usr/src/linux -> linux-3.16.5-gentoo
默認：手動配置
介紹
手動配置內核經常被Linux用戶認爲是最困難的步驟。事實並非如此——但是當您手動配置幾次內核之後，你就不會再覺得它有多麼難了：）
root #emerge
--ask sys-apps/pciutils
附註
在chroot中，可以安全的忽略任何lspci可能拋出的關於pcilib的警告（比如pcilib:
cannot open /sys/bus/pci/devices）。
另一個系統信息來源是運行lsmod來查看安裝CD使用什麼內核模塊，它可能對啓用什麼提供了一個好的暗示。
現在進入內核源碼目錄並執行make
menuconfig。這將啓動一個菜單驅動的配置屏幕。
root #cd
/usr/src/linux
root #make
menuconfig
Linux內核配置有很多很多的章節。我們先列出一些必須激活的選項（否則Gentoo將無法工作，或者離開附加的調整將無法正常工作）。我們同時在Gentoo維基上有一個Gentoo內核配置指南可能會在將來有幫助。
激活必要的選項
確保引導系統的每一個至關重要的驅動（比如SCSI控制器……）是編譯進內核而不是作爲一個模塊，否則系統將無法完全引導。
接下來選擇最控制的CPU類型。同時建議啓用MCE功能（如果可用）能在硬件出現問題時通知用戶。在一些架構（比如x86_64），這些錯誤不會打印到dmesg，但是會到/dev/mcelog。這需要app-admin/mcelog包。
同時選擇Maintain a devtmpfs
file system to mount at /dev來讓重要的設備文件在引導過程的早期就已就緒。
KERNEL 啓用devtmpfs支持
Device Drivers ---> Generic Driver Options ---> [*] Maintain a devtmpfs filesystem to mount at
/dev [ ] Automount devtmpfs at /dev, after the kernel mounted the rootfs
現在進入File Systems並選擇你使用的文件系統。不要作爲模塊來編譯根文件系統所使用的文件系統，否則Gentoo系統將不能掛載這個分區。同時選擇Virtual
memory和/proc file system。
KERNEL 選擇所需要的文件系統
File systems --->(Select one or more of the following options as needed by your system) <*> Second
extended fs support <*> Ext3 journalling file system support <*> The Extended 4 (ext4) filesystem <*> Reiserfs support <*> JFS filesystem support <*> XFS filesystem support ... Pseudo Filesystems ---> [*] /proc file system support [*] Virtual memory file system
support (former shm fs)
如果使用PPPoE連接到互聯網，或者使用一個撥號調制解調器，則啓用下面的選項：
KERNEL 選擇PPPoE所需要的驅動
Device Drivers ---> Network device support ---> <*> PPP (point-to-point protocol) support <*>
PPP support for async serial ports <*> PPP support for sync tty ports
這兩個壓縮選項將是無害的，但是它們一定是不需要的，包括基於以太網的PPP選項也是一樣，只有在配置內核模式PPPoE時纔會需要。
不要忘記在內核中包括網（以太網或無線）卡。
大多數系統會有多核心處理，所以激活Symmetric
multi-processing support是重要的：
KERNEL 激活SMP支持
Processor type and features ---> [*] Symmetric multi-processing support
附註
在多核心繫統中，每一個核心計作一個處理器。
如果使用USB輸入設備（比如鍵盤和鼠標），不要忘記啓用那些：
KERNEL 激活USB輸入設備的支持
Device Drivers ---> [*] HID Devices ---> <*> USB Human Interface Device (full HID) support
架構特有的內核配置
確保選擇IA32 Emulation如果要支持32位程序（multilib）。Gentoo將默認安裝一個multilib系統（混合32位/64位計算），所以除非使用一個no-multilib配置文件，這個選項是必需的。
KERNEL 選擇processor
types and features
Processor type and features ---> [ ] Machine Check / overheating reporting [ ] Intel MCE Features
[ ] AMD MCE Features Processor family (AMD-Opteron/Athlon64) ---> ( ) Opteron/Athlon64/Hammer/K8 ( ) Intel P4 / older Netburst based Xeon ( ) Core 2/newer Xeon ( ) Intel Atom ( ) Generic-x86-64Executable file formats / Emulations ---> [*] IA32 Emulation
如果在分區時使用GPT分區標籤，則啓用對它的支持：
KERNEL 啓用GPT支持
-*- Enable the block layer ---> ... Partition Types ---> [*] Advanced partition selection ...
[*] EFI GUID Partition support
如果使用UEFI來引導系統，則在內核中啓用EFI樁支持和EFI變量：
KERNEL 啓用UEFI支持
Processor type and features ---> [*] EFI runtime service support [*] EFI stub support Firmware
Drivers ---> <*> EFI Variable Support via sysfs
編譯和安裝
當配置完成，是時間來編譯和安裝內核了。退出配置並開始編譯過程：
root #make
&& make modules_install
Note
It is possible to enable parallel builds using make
-jX with X being
an integer number of parallel tasks that the build process is allowed to launch. This is similar to the instructions about /etc/portage/make.conf earlier,
with the MAKEOPTS variable.
When the kernel has finished compiling, copy the kernel image to /boot/.
This is handled by the make install command:
root #make
install
這將複製內核鏡像到/boot/，一起的還有System.map文件和內核配置文件。
內核模塊
配置模塊
在/etc/conf.d/modules中列出需要自動加載的模塊。如果有必要，附加選項也可以添加到模塊中。
要查看所有可用模塊，運行下面的find命令。不要忘記替換“<kernel
version>”爲剛剛編譯的內核版本：
root #find
/lib/modules/<kernel version>/ -type f -iname '*.o' -or -iname '*.ko' | less
比如，要自動加載3c59x.ko模塊（3Com網卡家族的特定驅動），編輯/etc/conf.d/modules文件並在裏面輸入模塊名字。
root #nano
-w /etc/conf.d/modules
modules="3c59x"