根目錄，這裏指的是網站的根目錄。一般網站的樣子樣子是這樣的
如：http://www.xxx.com
webapp
xxx.jsp
2.jsp
其他調用過程需要的類庫
這樣的話，webapp就是一個根目錄。物理磁盤上的、用戶通過瀏覽器使用後退按鈕最多能退回到的目錄。這裏可以類比於Linux下的根目錄/
子目錄，這裏是說網站根目錄下的目錄，稱爲子目錄。可以類比於Linux下的子目錄。不同的是，這些子目錄可以綁定到一個相對獨立的網站上。比如上面的 http://www.xxx.com有一個子站點 http://bbs.xxx.com，設計的子目錄是 bbs，該子目錄的路徑爲 webapp/bbs。
虛擬子目錄。這個的意思是說，對於http://www.xxx.com如果還有一個子站點 forum.xxx.com的話，那就是說。在webapp下應該有2個相對獨立的子目錄，每個子目錄對應一個子站點。各自的站點下的訪問都可以針對webapp訪問，但是相互不干擾，相對獨立。這樣的目錄就叫虛擬子目錄。
其實這裏虛擬的含義大致可以理解爲 對一個計算機分配幾個用戶，之間的操作互相不干擾。
/是目錄的分隔符，以/開頭代表根目錄。~/開頭代表網站根目錄。
../表示上一級目錄，./表示當前目錄
另外可以通過 <%=request.getContentPath()> 獲得根目錄。如果這種方法出現錯誤的話，可以借用上面特殊顏色部分的符號，不理解意思可以逐個代換，總能解決問題。
參考資料：http://hi.baidu.com/%D0%C7%BB%F0%D3%C4%C0%B6/blog/item/cb550a06b6fb9e7c020881b0.html