ThinkPHP 的目錄結構非常清晰和容易部署。大致的目錄結構如下，以項目爲基礎進行部署。
┎━ThinkPHP 框架系統目錄
┃ ┝ ThinkPHP.php 系統公共文件
┃ ┝ Common 公共文件目錄
┃ ┝ Tpl 框架系統模版目錄
┃ ┝ Lang 系統語言包目錄
┃ ┝ PlugIns 公共插件目錄
┃ ┗ Lib 系統基類庫目錄
┃ ┝ Think 系統運行庫（必須）
┃ ┝ Com 擴展類庫包（非必須）
┃ ┗ ORG 擴展類庫包（非必須）
┃
┝━App App 項目目錄
┃ ┝ index.php 項目入口文件（可任意放置）
┃ ┝ Cache 模版緩存目錄
┃ ┝ Common 公共文件目錄（非必須）
┃ ┝ Conf 項目配置目錄
┃ ┝ Data 項目數據目錄
┃ ┝ Html 靜態文件目錄（非必須）
┃ ┝ PlugIns 插件目錄（非必須）
┃ ┝ Tpl 模版文件目錄
┃ ┝ Lang 語言包目錄（非必須）
┃ ┝ Logs 日誌文件目錄
┃ ┝ Temp 數據緩存目錄
┃ ┗ Lib 應用類庫目錄
┃ ┝ Action 控制器（模塊）類目錄
┃ ┝ Model Model 類文件目錄
┃ … 下面的應用目錄可根據需要選擇和定義
┃ ┝ Exception 異常類庫目錄
┃ ┝ Common 公共應用類目錄
┃ ┗ Help 助手類目錄
┃
┃…更多項目目錄（和App 目錄類似，每個項目採用獨立目錄，便於部署）
┃
┝━Public 網站公共目錄（多項目公用）
┃ ┝ Js JS 類庫目錄（建議）
┃ ┝ Images 公共圖像目錄（建議）
┃ ┗ Uploads 公共上傳目錄（建議）
ThinkPHP 框架除了模板目錄和網站入口文件必須放到 WEB 目錄下之外，其它所有框架的文件和目錄可以單獨存放，不受限制，您需要做的僅僅是在首頁文件中指定ThinkPHP 框架的包含目錄，我們建議您如果可能的話把 ThinkPHP 框架的目錄包放到其它網站不能訪問的目錄下面，以保障應用的安全性。項目獨立目錄，方便部署和團隊開發。每個項目有自身的配置文件、語言文件、插件文件和日誌文件。 如果在類Linux 環境下面部署，需要對以下目錄設置可寫權限（這些目錄僅僅針對項目目錄，系統目錄無需設置任何可寫權限，因爲每個項目的模版緩存和數據緩存，以及日誌文件都是獨立的）。
項目目錄下面的 Cache（模版緩存目錄）、Temp（數據緩存目錄）、Conf（項目配置目錄，寫入權限用於自動生成配置緩存和插件緩存文件）、 Logs（日誌文件目錄）、如果設置了 Uploads 上傳目錄和 Data 數據目錄的話也必須設置爲可寫。
另外，如果設置了 Public 目錄下面的 Uploads 目錄作爲公共上傳目錄，也需要設置可寫權限。通常的設置都是設置目錄屬性爲 777。 一定要注意在 Linux 環境下面的文件大小寫問題，否則會導致文件加載錯誤。