自學ArcGIS Server開發過程中碰到，書裏一會兒見Web Application ，一會兒建 Web Site，有點糊塗，網上搜了一下，整理如下，供需要的人蔘考。
MSDN 原文（英文）地址：http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa730880(VS.80).aspx
以下是主要內容的中文翻譯：
Visual Studio 2008 中 Web Application [ 'Asp.net web應用程序' 項目 ] 和 Web Site Projects [ '網站'項目 ] 的區別
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Scenario
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Web Application Project
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Web Site Project
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Project definition
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跟 Visual Studio .NET 2003類似，由於項目文件的存在，只有被項目文件所引用的文件纔會在Solution Explorer中出現。而且只有這些文件纔會被編譯。可以很容易的把一個ASP.NET應用拆分成多個Visual
Studio項目。可以很容易的從項目中和源代碼管理中排除一個文件。
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一個目錄結構就是一個WEB項目。沒有項目文件存在。這個目錄下的所有文件，都被作爲項目的一部分而存在。
我們實際部署的一個網站，部署上當然不會有任何項目文件存在，如果你想對這個網站進行修改，用這種編程模型就非常適合。我們根本不用在乎這個WEB站點中，那些文件屬於哪個項目。 |
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編譯和生成
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跟Visual Studio .NET 2003的Web應用項目編譯模式幾乎一樣。
項目中的所有的code-behind類文件和獨立類文件都被編譯成一個獨立應用程序集。這個應用程序集被放在Bin目錄下。因爲是一個獨立的應用程序集，你能夠指定應用程序集的名字、版本、輸出位置等信息。
例如：Model-View-Controller (MVC)模式就可以在這裏很好的被使用。因爲它允許在WEB頁面和WEB用戶控件中引用一個獨立的類51aspx.com。
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編譯（Build）命令僅僅是測試這個WEB站點是否編譯正確，調試一個WEB站點項目的時候，是通過依賴你的源代碼文件，ASP.net進行動態編譯頁面和類來實現的。
預編譯站點和動態編譯站點用的是同一個 compilation semantics，你可以通過預編譯來提高站點的性能。
ASP.net 動態編譯系統提供了兩種模型：默認的batch編譯模型和fixed-names
編譯模型。
batch
編譯模型中，被編譯成多個應用程序集（典型的是每一個目錄被編譯成一個）。這時候你看應用程序集，很難對應上是哪個目錄51aspx.com。
fixed-names 編譯模型中，網站的每個頁面或者每個用戶控件被編譯成一個應用程序集。
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Iterative
development |
調試或者運行Web頁面的時候，你必須全部編譯整個WEB項目。
編譯整個WEB項目通常比較快，因爲Visual Studio使用了增量編譯模式，僅僅只有文件被修改後，這部分纔會被增量編譯進去。51aspx.com
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你可以配置Visual Studio 2005的編譯屬性：編譯整個站點、編譯一個指定頁面、或者什麼都不作。在最後一種情況下，當你運行一個WEB站點的時候，Visual
Studio 僅打開一個瀏覽器51aspx.com，並訪問當前或者起始頁，當這個請求被髮送後，ASP.net纔開始動態編譯。
這種模式下，頁面被動態編譯或者被編譯成不同應用程序集，所以如果你調試或者運行一個頁面的時候，不需要整個項目被編譯通過。有錯誤的部分跟你使用的部分可以互不干擾。
默認情況下，當你運行或調試任何WEB頁的時候，Visual Studio完全編譯Web
Site項目。
這麼做可以看到編譯時的所有錯誤。但是，在開發進程中，完全編譯整個站點會是相當慢的。所以推薦你在開發調試中，只編譯當前頁。
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部署
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因爲所有的類文件被編譯成一個應用程序集，當你部署的時候，只需要把這個應用程序集和 .aspx文件、.ascx文件以及其它靜態內容文件一起部署。
這種模型下，.aspx文件將不被編譯，當瀏覽器訪問這個頁面的時候，纔會被動態編譯。
不過，如果你使用Web Deployment Projects (一個Visual Studio 2005的插件，沒有被默認包含到VS2005中),你就可以把
.aspx 文件也編譯進入一個應用程序集中。
如果你只修改了小小的一行代碼，你也需要把整個項目的所有代碼都編譯，並且發佈包含所有代碼的這個應用程序集。
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使用Visual Studio的
Publish Website命令，你可以把.aspx文件和 code-behind文件編譯成應用程序集，所以你看到的編譯後的
.aspx文件頭髮生了變化。（注意：Build 命令並不會給你可部署的應用程序集）
最新版本的 Publish將支持僅編譯 code-behind文件，這樣部署的時候，將不改變
.aspx文件。
默認是在Bin目錄下預編譯成幾個應用程序集，典型的是一個目錄對應一個應用程序集。
fixed-names 部署選項可以讓每一個WEB頁面或者每個WEB用戶控件創建一個應用程序集，這樣每個頁面都有一個可部署的應用程序集。但是，fixed-names部署選項會增多應用程序集的個數，而且實際內存使用也會增大。
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從Visual Studio .NET 2003升級
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因爲跟VS2003採用了一樣的WEB項目開發模型，升級是非常非常簡單的。51aspx.com
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Web site 項目的編譯選項不同導致了它跟Visual Studio .NET 2003WEB項目的極大不同。
雖然微軟提供了一個轉換向導，但是如果你的項目如果是一個複雜的VS2003項目，使用這個轉換向導後，你還需要對照轉換手冊，做很多工作。
如果你要從VS2003升級，建議不要用這種WEB站點開發模版。而是使用Web
application 項目。
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選擇何種WEB編程模型
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Option or Task
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Web Application Projects
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Web Site Projects
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你有一個大型的Visual Studio .NET 2003 Web應用需要遷移到VS2005。
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喜歡使用 single-page code模型來開發網站頁面。而不是使用code-behind模型來編寫網站頁面
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喜歡採用下面的方式編寫網站：
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在編寫頁面時候，爲了可以快速的看到編寫效果，動態編譯該頁面，馬上可以看到效果，不用編譯整個站點。
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（就是說，只需要保存文件，然後在瀏覽器中刷新一下，就可以看到自己剛剛做的效果）
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需要控制編譯後應用程序集的名字
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需要每個頁面產生一個應用程序集
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WEB頁面或者WEB用戶控件中需要使用到單獨的類。
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需要使用多個Project來構建一個Web應用。
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需要處理pre-build和 post-build事件（編譯前後需要有自己額外的處理）
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希望把一個目錄當作一個WEB應用來處理，而不需要新建一個Project文件。
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Notice:Web site project Convet Web Application Project ,reference http://weblogs.asp.net/meligy/archive/2008/08/03/converting-vs-2008-website-to-web-application.aspx
下面是Web Application和Web Site的文件結構 ：
