1、存儲結構
每個MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。第一個文件的名字以表的名字開始，擴展名指出文件類型。
.frm文件存儲表定義。
數據文件的擴展名爲.MYD (MYData)。
索引文件的擴展名是.MYI (MYIndex)。
2、存儲空間
MyISAM：可被壓縮，存儲空間較小。
InnoDB：需要更多的內存和存儲，它會在主內存中建立其專用的緩衝池用於高速緩衝數據和索引。
MyISAM的索引和數據是分開的，並且索引是有壓縮的，內存使用率就對應提高了不少。能加載更多索引，而Innodb是索引和數據是緊密捆綁的，沒有使用壓縮從而會造成Innodb比MyISAM體積龐大不小
3、事務處理
MyISAM類型的表強調的是性能，其執行數度比InnoDB類型更快，但是不支持外鍵、不提供事務支持。
InnoDB提供事務支持事務，外部鍵（foreign key）等高級數據庫功能。
SELECT、UPDATE、INSERT、Delete操作
如果執行大量的SELECT，MyISAM是更好的選擇。
如果你的數據執行大量的INSERT或UPDATE，出於性能方面的考慮，應該使用InnoDB表。
DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。而MyISAM則是重新建立表。在innodb上如果要清空保存有大量數據的表，最好使用truncate table這個命令。
AUTO_INCREMENT
MyISAM：可以和其他字段一起建立聯合索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引，自動增長可以不是第一列，他可以根據前面幾列進行排序後遞增。
InnoDB：InnoDB中必須包含只有該字段的索引。引擎的自動增長列必須是索引，如果是組合索引也必須是組合索引的第一列。
4、表的具體行數
MyISAM：保存有表的總行數，如果select count(*) from table;會直接取出該值。
InnoDB：沒有保存表的總行數，如果使用select count(*) from table；就會遍歷整個表，消耗相當大，但是在加了where後，myisam和innodb處理的方式都一樣。
5、全文索引
MyISAM：支持 FULLTEXT類型的全文索引。不支持中文。
InnoDB：不支持FULLTEXT類型的全文索引，但是innodb可以使用sphinx插件支持全文索引，並且效果更好。
6、表鎖差異
MyISAM：只支持表級鎖，只支持表級鎖，用戶在操作myisam表時，select，update，delete，insert語句都會給表自動加鎖。
InnoDB：支持事務和行級鎖，是innodb的最大特色。行鎖大幅度提高了多用戶併發操作的新能。但是InnoDB的行鎖也不是絕對的，如果在執行一個SQL語句時MySQL不能確定要掃描的範圍，InnoDB表同樣會鎖全表， 例如update table set num=1 where name like “%aaa%”
一般來說：
MyISAM適合：
(1)做很多count 的計算；
(2)插入不頻繁，查詢非常頻繁；
(3)沒有事務。
InnoDB適合：
(1)可靠性要求比較高，或者要求事務；
(2)表更新和查詢都相當的頻繁，並且表鎖定的機會比較大的情況。
兩種類型最主要的差別就是Innodb 支持事務處理與外鍵和行級鎖。而MyISAM不支持.所以MyISAM往往就容易被人認爲只適合在小項目中使用。
作爲使用MySQL的用戶角度出發，Innodb和MyISAM都是比較喜歡的，如果數據庫平臺要達到需求：99.9%的穩定性，方便的擴展性和高可用性來說的話，MyISAM絕對是首選。
原因如下：
1、平臺上承載的大部分項目是讀多寫少的項目，而MyISAM的讀性能是比Innodb強不少的。
2、MyISAM的索引和數據是分開的，並且索引是有壓縮的，內存使用率就對應提高了不少。能加載更多索引，而Innodb是索引和數據是緊密捆綁的，沒有使用壓縮從而會造成Innodb比MyISAM體積龐大不小。
3、經常隔1，2個月就會發生應用開發人員不小心update一個表where寫的範圍不對，導致這個表沒法正常用了，這個時候MyISAM的優越性就體現出來了，隨便從當天拷貝的壓縮包取出對應表的文件，隨便放到一個數據庫目錄下，然後dump成sql再導回到主庫，並把對應的binlog補上。如果是Innodb，恐怕不可能有這麼快速度，別和我說讓Innodb定期用導出xxx.sql機制備份，因爲最小的一個數據庫實例的數據量基本都是幾十G大小。
4、從接觸的應用邏輯來說，select count(*) 和order by 是最頻繁的，大概能佔了整個sql總語句的60%以上的操作，而這種操作Innodb其實也是會鎖表的，很多人以爲Innodb是行級鎖，那個只是where對它主鍵是有效，非主鍵的都會鎖全表的。
5、還有就是經常有很多應用部門需要我給他們定期某些表的數據，MyISAM的話很方便，只要發給他們對應那表的frm.MYD,MYI的文件，讓他們自己在對應版本的數據庫啓動就行，而Innodb就需要導出xxx.sql了，因爲光給別人文件，受字典數據文件的影響，對方是無法使用的。
6、如果和MyISAM比insert寫操作的話，Innodb還達不到MyISAM的寫性能，如果是針對基於索引的update操作，雖然MyISAM可能會遜色Innodb,但是那麼高併發的寫，從庫能否追的上也是一個問題，還不如通過多實例分庫分表架構來解決。
7、如果是用MyISAM的話，merge引擎可以大大加快應用部門的開發速度，他們只要對這個merge表做一些select count(*)操作，非常適合大項目總量約幾億的rows某一類型(如日誌，調查統計)的業務表。
當然Innodb也不是絕對不用，用事務的項目就用Innodb的。另外，可能有人會說你MyISAM無法抗太多寫操作，但是可以通過架構來彌補。
如果系統讀少，寫多的時候，尤其是併發寫入高的時候。InnoDB就是首選了。
兩種類型都有自己優缺點，選擇那個完全要看自己的實際類弄。
引自：https://blog.csdn.net/chajinglong/article/details/56666771