ibdata1是儲存的格式，INNODB類型數據狀態下，ibdata用來儲存文件的數據，而庫名的文件夾裏面的那些表文件只是結構而已。
由於mysql4.1默認試innodb，所以這個文件默認就存在了http://man.chinaunix.net/database/mysql/inonodb_zh/2.htm 這個鏈接試innodb的中文參考， innodb的東西可以在my.ini中設置
innodo中文參考全文如下
InnoDB 啓動選項
爲了在 MySQL-Max-3.23
中使用 InnoDB 表，你必須在配置文件‘my.cnf’或‘my.ini’（WINDOWS系統）中的 [mysqld] 區中詳細指定配置參數。
作爲最小設置，在 3.23 中你必須在 innodb_data_file_path 上指定數據文件名能及大小。如果在‘my.cnf’中沒有指定innodb_data_home_dir，系統將在
MySQL 的 datadir 目錄下創建數據文件。如果將 innodb_data_home_dir 設爲一個空串，那可以在 innodb_data_file_path 中給定一個絕對路徑。在 MySQL-4.0
中可以不設定 innodb_data_file_path ：MySQL-4.0 將默認地在 datadir 目錄下建立一個 10 MB 大小自擴充(auto-extending)的文件‘ibdata1’(在MySQL-4.0.0
與 4.0.1 中數據文件的大小爲 64 MB 並且是非自擴充的(not auto-extending))。
爲了得到更好的性能你必須所示的例子明確地設定 InnoDB 啓動參數。
從 3.23.50 版和 4.0.2 版開始，InnoDB 允許在 innodb_data_file_path 中設置的最一個數據文件描述爲 auto-extending。innodb_data_file_path 語法如下所示：
pathtodatafile:sizespecification;pathtodatafile:sizespec;...
...;pathtodatafile:sizespec[:autoextend[:max:sizespecification]]
如果用 autoextend 選項描述最後一個數據文件，當 InnoDB 用盡所有表自由空間後將會自動擴充最後一個數據文件，每次增量爲 8 MB。示例：
innodb_data_home_dir =
innodb_data_file_path = /ibdata/ibdata1:100M:autoextend
指定 InnoDB 只建立一個最初大小爲 100 MB 並且當表空間被用盡時以 8MB 每塊增加的數據文件。如果硬盤空間不足，可以再添加一個數據文件並將其放在其它的硬盤中。 舉例來說：先檢查硬盤空間的大小，設定 ibdata1 文件使它接近於硬盤空餘空間大小併爲
1024 * 1024 bytes (= 1 MB)的倍數， 將 ibdata1 明確地指定在 innodb_data_file_path 中。在此之後可以添加另一個數據文件：
innodb_data_home_dir =
innodb_data_file_path = /ibdata/ibdata1:988M;/disk2/ibdata2:50M:autoextend
注意：設定文件大小時一定要注意你的OS是否有最大文件尺寸爲2GB的限制！InnoDB是不會注意你的OS文件尺寸限制的， 在一些文件系統中你可能要設定最大容量限制：
innodb_data_home_dir =
innodb_data_file_path = /ibdata/ibdata1:100M:autoextend:max:2000M
一個簡單的 my.cnf 例子。 假設你的計算機有 128 MB RAM 和一個硬盤。下面的例子是爲了使用 InnoDB 而在 my.cnf 或 my.ini 文件中可能所作的一些配置。我們假設你運行的是 MySQL-Max-3.23.50 及以上版本，或 MySQL-4.0.2 及以上版本。
這個示例適合大部分不需要將 InnoDB 數據文件和日誌文件放在幾個盤上的 Unix 和 Windows 用戶。這個例子在 MySQL 的datadir 目錄(典型的爲/mysql/data)中創建一個自擴充(auto-extending)的數據文件 ibdata1 和兩個
InnoDB 運行日誌文件ib_logfile0 和 ib_logfile1 以及ib_arch_log_0000000000 檔案文件。
[mysqld]
#在這裏加入其它 的 MySQL 服務器配置
#...
# 數據文件必須
# 能夠容下數據與索引
# 確定有足夠的
# 磁盤空間
innodb_data_file_path = ibdata1:10M:autoextend
# 設置緩衝池的大小爲
# 你的主內存大小的
# 50 - 80 %
set-variable = innodb_buffer_pool_size=70M
set-variable = innodb_additional_mem_pool_size=10M
# 設置日誌文件的大小約爲
# 緩衝池(buffer pool)
# 大小的 25 %
set-variable = innodb_log_file_size=20M
set-variable = innodb_log_buffer_size=8M
# 如果丟失最近幾個事務影響
# 不大的話可以設置
# .._flush_log_at_trx_commit = 0
innodb_flush_log_at_trx_commit=1
InnoDB 不會自己建立目錄，必須自己使用操作系統命令建立相應的目錄。檢查你的
MySQL 服務程序在 datadir 目錄裏 有足夠的權限建立文件。
注意：在某些文件系統中 數據文件大小必須小於2G！ 所有運行日誌文件的大小總和必須小於 2G 或 4G,這依賴於具體的 MySQL 系統版本。 數據文件的總和必須大於等於 10 MB.
當第一次建立 InnoDB 數據庫時，建議最好以命令行方式啓動 MySQL 服務。這樣 InnoDB 數據庫建立時的提示信息將在屏幕上顯示，從而可以看到建立過程。 下面第 3 節所示就是 InnoDB 數據庫建立時的屏幕顯示。例如，在 Windows 下使用下列指令啓動 mysqld-max.exe ：
your-path-to-mysqld>mysqld-max --console
在 Windows 系統下 my.cnf 或 my.ini 放在哪裏？規則如下 ：
- 只能存在一個 my.cnf 或 my.ini 文件
- my.cnf 文件必須放在 C: 的根目錄下
- my.ini 文件必須放在 WINDIR 目錄下，例：C:\WINDOWS 或 C:\WINNT。可以使用
MS-DOS 的
SET命令查看 WINDIR 目錄值 - 如果你的 PC 使用啓動引導程序引導系統而 C: 不是啓動磁盤，那隻能唯一地使用 my.ini 作爲設置文件
Unix 下在哪裏指定配置文件？在 Unix 下 mysqld 按下列順序搜索配置文件：
- /etc/my.cnf 全局選項
- COMPILATION_DATADIR/my.cnf 服務器範圍的選項
- defaults-extra-file 採用
--defaults-extra-file=.... 設置的默認文件 - ~/.my.cnf 用戶指定文件
./configure 設置指定
(典型的是 /usr/local/mysql/data 二進制安裝或/usr/local/var 以源安裝)。
如果不有確定 mysqld 從哪裏讀取 my.cnf 或 my.ini，可以在第一命令行上詳細指定它的目錄：mysqld
--defaults-file=your_path_to_my_cnf。
InnoDB 的數據文件目錄是對 innodb_data_home_dir 與 innodb_data_file_path 的數據文件名或目錄聯合 ，如果需要將在它們之間增加一個“/”或“\”。如果關鍵字 innodb_data_home_dir 沒有在 my.cnf 中明確指定，它的默認值爲“.”，即目錄“./”，這意味着
MySQL 的 datadir of MySQL.
一個高級的 my.cnf 示例。假設你有一臺 2 GB RAM 和3個 60 GB 硬盤(路徑分別爲 "/", "/dr2" 和 “/dr3”)裝有 Linux。下面的例子是爲了使用 InnoDB 而在 my.cnf 文件中可能所作的一些配置。
注意：InnoDB 不會自己創建文件目錄：你必須自己創建它們。使用 Unix 或 MS-DOS mkdir 命令建立相應的數據與日誌文件目錄。
[mysqld]
#在這裏加入其它 的 MySQL 服務器配置
#...
# 如果不使用InnoDB表將一列一行註釋去除
# skip-innodb
#
# 數據文件必須
# 能夠容下數據與索引
# 確定有足夠的
# 磁盤空間
innodb_data_file_path = /ibdata/ibdata1:2000M;/dr2/ibdata/ibdata2:2000M:autoextend
# 設置緩衝池的大小爲
# 你的主內存大小的
# 50 - 80 %，但是
# 在 Linux x86 總內存
# 使用必須小於 2 GB
set-variable = innodb_buffer_pool_size=1G
set-variable = innodb_additional_mem_pool_size=20M
innodb_log_group_home_dir = /dr3/iblogs
# .._log_arch_dir 必須和
# .._log_group_home_dir一樣；
# 從 4.0.6開始，可以省略它
innodb_log_arch_dir = /dr3/iblogs
set-variable = innodb_log_files_in_group=3
# 設置日誌文件的大小約爲
# 緩衝池(buffer pool)
# 大小的 15 %
set-variable = innodb_log_file_size=150M
set-variable = innodb_log_buffer_size=8M
# 如果丟失最近幾個事務影響
# 不大的話可以設置
# .._flush_log_at_trx_commit = 0
innodb_flush_log_at_trx_commit=1
set-variable = innodb_lock_wait_timeout=50
#innodb_flush_method=fdatasync
#set-variable = innodb_thread_concurrency=5
注意：我們已在不同的硬盤上放置了兩個數據文件， InnoDB 將從數據文件的底部填充表空間。在某些情況下所有的數據被分配到不同的物理硬盤中會提高數據庫的性能。 將日誌文件與數據文件分別放在不同的物理硬盤中對提高性能通常是很有益的。你同樣可以使用一個 RAW 磁盤分區( raw disk partitions(raw devices)) 作爲數據文件， 在一些 Unixe 系統中這將提高 I/O 能力。 如何在 my.cnf 中詳細指定它們請查看第 12.1 節。
警告：在 Linux x86 上必須小心不能將內存使用設置太高， glibc 會把進程堆增長到線程堆棧之上，這將會使服務器崩潰。下面的接近或超過於 2G 將會很危險：
innodb_buffer_pool_size + key_buffer +
max_connections * (sort_buffer + record_buffer) + max_connections * 2 MB
每個線程將使用 2MB(MySQL AB 二進制版本爲 256 KB)的堆棧，在最壞的環境下還會使用 sort_buffer + record_buffer 的附加內存。
如何調整其它的 mysqld 服務器參數？查看 MySQL 用戶手冊可以得到更詳細的信息。適合大多數用戶的典型參數如下所示：
skip-locking
set-variable = max_connections=200
set-variable = record_buffer=1M
set-variable = sort_buffer=1M
# 設置索引緩衝(key_buffer)大小爲
# 你的 RAM 的 5 - 50% ，這主要依賴於
# 系統中 MyISAM 表使用量。
# 但是必須保證索引緩衝(key_buffer)與 InnoDB
# 的緩衝池(buffer pool)大小總和
# 小於 RAM 的 80%。
set-variable = key_buffer=...
注意：在 my.cnf 文件中有些參數是爲了設置數字的，它們的設置格式爲：set-variable = innodb... = 123，而其它(字符串和邏輯型)的採用另一設置格式：innodb_...
= ... .
各設置參數的含義如下：
innodb_data_home_dir |
這是InnoDB表的目錄共用設置。如果沒有在 my.cnf 進行設置，InnoDB 將使用MySQL的 |
innodb_data_file_path |
單獨指定數據文件的路徑與大小。數據文件的完整路徑由 innodb_data_home_dir 與這裏所設定值的組合。 文件大小以 MB 單位指定。因此在文件大小指定後必有“M”。 InnoDB 也支持縮寫“G”， 1G = 1024M。從 3.23.44 開始，在那些支持大文件的操作系統上可以設置數據文件大小大於 4 GB。而在另一些操作系統上數據文件必須小於 2 GB。數據文件大小總和至少要達到 10 MB。在 MySQL-3.23 中這個參數必須在 my.cnf 中明確指定。在
MySQL-4.0.2 以及更新版本中則不需如此，系統會默認在 MySQL 的 datadir 目錄下創建一個 16 MB 自擴充(auto-extending)的數據文件 ibdata1。你同樣可以使用一個 原生磁盤分區(RAW raw disk partitions(raw devices)) 作爲數據文件， 如何在my.cnf 中詳細指定它們請查看第
12.1 節。 |
innodb_mirrored_log_groups |
爲了保護數據而設置的日誌文件組的拷貝數目，默認設置爲 1。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_log_group_home_dir |
InnoDB 日誌文件的路徑。必須與 innodb_log_arch_dir 設置相同值。 如果沒有明確指定將默認在 MySQL 的datadir 目錄下建立兩個 5 MB 大小的 ib_logfile... 文件。 |
innodb_log_files_in_group |
日誌組中的日誌文件數目。InnoDB 以環型方式(circular fashion)寫入文件。數值 3 被推薦使用。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_log_file_size |
日誌組中的每個日誌文件的大小(單位 MB)。如果 n 是日誌組中日誌文件的數目，那麼理想的數值爲 1M 至下面設置的緩衝池(buffer pool)大小的 1/n。較大的值，可以減少刷新緩衝池的次數，從而減少磁盤 I/O。但是大的日誌文件意味着在崩潰時需要更長的時間來恢復數據。 日誌文件總和必須小於 2 GB，3.23.55 和 4.0.9 以上爲小於 4 GB。在my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_log_buffer_size |
InnoDB 將日誌寫入日誌磁盤文件前的緩衝大小。理想值爲 1M 至 8M。大的日誌緩衝允許事務運行時不需要將日誌保存入磁盤而只到事務被提交(commit)。 因此，如果有大的事務處理，設置大的日誌緩衝可以減少磁盤I/O。 在my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_flush_log_at_trx_commit |
通常設置爲 1，意味着在事務提交前日誌已被寫入磁盤， 事務可以運行更長以及服務崩潰後的修復能力。如果你願意減弱這個安全，或你運行的是比較小的事務處理，可以將它設置爲 0 ，以減少寫日誌文件的磁盤 I/O。這個選項默認設置爲 0。 |
innodb_log_arch_dir |
The directory where fully written log files would be archived if we used log archiving. 這裏設置的參數必須與innodb_log_group_home_dir 相同。 從 4.0.6 開始，可以忽略這個參數。 |
innodb_log_archive |
這個值通常設爲 0。 既然從備份中恢復(recovery)適合於 MySQL 使用它自己的 log files，因而通常不再需要 archive InnoDB log files。這個選項默認設置爲 0。 |
innodb_buffer_pool_size |
InnoDB 用來高速緩衝數據和索引內存緩衝大小。 更大的設置可以使訪問數據時減少磁盤 I/O。在一個專用的數據庫服務器上可以將它設置爲物理內存的 80 %。 不要將它設置太大，因爲物理內存的使用競爭可能會影響操作系統的頁面調用。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_additional_mem_pool_size |
InnoDB 用來存儲數據字典(data dictionary)信息和其它內部數據結構(internal data structures)的存儲器組合(memory pool)大小。理想的值爲 2M，如果有更多的表你就需要在這裏重新分配。如果 InnoDB 用盡這個池中的所有內存，它將從操作系統中分配內存，並將錯誤信息寫入 MySQL 的錯誤日誌中。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_file_io_threads |
InnoDB 中的文件 I/O 線程。 通常設置爲 4，但是在 Windows 下可以設定一個更大的值以提高磁盤 I/O。在 my.cnf中以數字格式設置。 |
innodb_lock_wait_timeout |
在回滾(rooled back)之前，InnoDB 事務將等待超時的時間(單位 秒)。InnoDB 會自動檢查自身在鎖定表與事務回滾時的事務死鎖。如果使用 LOCK TABLES 命令，或在同一個事務中使用其它事務安全型表處理器(transaction safe table handlers than InnoDB)，那麼可能會發生一個 InnoDB 無法注意到的死鎖。在這種情況下超時將用來解決這個問題。這個參數的默認值爲
50 秒。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_flush_method |
這個參數僅僅與 Unix 相關。這個參數默認值爲 fdatasync。 另一個設置項爲 O_DSYNC。這僅僅影響日誌文件的轉儲，在 Unix 下以 fsync 轉儲數據。InnoDB
版本從 3.23.40b 開始，在 Unix 下指定 fdatasync 爲使用 fsync 方式、指定 O_DSYNC 爲使用 O_SYNC 方式。由於這在某些
Unix 環境下還有些問題所以在 'data' versions 並沒有被使用。 |
innodb_force_recovery |
警告：此參數只能在你希望從一個被損壞的數據庫中轉儲(dump)數據的緊急情況下使用！ 可能設置的值範圍爲 1 - 6。查看下面的章節 'Forcing recovery' 以瞭解這個參數的具體含義。參數設置大於 0 的值代表着 InnoDB 防止用戶修改數據的安全度。從 3.23.44 開始，這個參數可用。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |
innodb_fast_shutdown |
InnoDB 缺少在關閉之前清空插入緩衝。這個操作可能需要幾分鐘，在極端的情況下可以需要幾個小時。如果這個參數據設置爲 1 ，InnoDB 將跳過這個過程而直接關閉。從 3.23.44 和 4.0.1 開始，此參數可用。從 3.23.50 開始，此參數的默認值爲 1。 |
innodb_thread_concurrency |
InnoDB 會試圖將 InnoDB 服務的使用的操作系統進程小於或等於這裏所設定的數值。此參數默認值爲 8。如果計算機系統性能較低或 innodb_monitor 顯示有很多線程等侍信號，應該將這個值設小一點。如果你的計算機系統有很我的處理器與磁盤系統，則可以將這個值設高一點以充分利用你的系統資源。建議設值爲處理器數目+ 磁盤數目。 從 3.23.44 和 4.0.1 開始，此參數可用。在 my.cnf 中以數字格式設置。 |