1.構成上的區別：
MyISAM在磁盤上存儲成三個文件。文件名以表的名字開始，擴展名指出文件類型。
.FRM (存儲表結構)。
.MYD (存儲數據文件)。
.MYI (存儲索引文件)。
基於磁盤的資源是InnoDB表空間數據文件和它的日誌文件，InnoDB 表的大小隻受限於操作系統文件的大小，一般爲 2GB
2.事務處理方面
MyISAM類型的表強調的是性能，其執行速度比InnoDB類型的表要更快，但是它不提供事務、外鍵等支持
InnoDB類型的表提供事務，外鍵等功能，性能上要差於MyISAM
3.CURD操作
如果你的應用程序在讀取比寫入方面要多，那麼MyISAM將是你更好的選擇，MyISAM執行查詢的速度比InnoDB快
如果你需要經常對錶進行寫入，出於性能方面的考慮，那麼InnoDB將是你更好的選擇。
DELETE FROM table時，InnoDB不會重新建立表，而是一行一行的刪除。
4.對AUTO_INCREMENT的操作：
MyISAM爲INSERT和UPDATE操作自動更新這一列。這使得AUTO_INCREMENT列更快（至少10%）。在序列頂的值被刪除之後就不能再利用。(當AUTO_INCREMENT列被定義爲多列索引的最後一列，可以出現重使用從序列頂部刪除的值的情況）。
對於AUTO_INCREMENT類型的字段，InnoDB中必須包含只有該字段的索引，但是在MyISAM表中，可以和其他字段一起建立聯合索引。
如果你爲一個表指定AUTO_INCREMENT列，在數據詞典裏的InnoDB表句柄包含一個名爲自動增長計數器的計數器，它被用在爲該列賦新值。自動增長計數器僅被存儲在主內存中，而不是存在磁盤上
5.表的具體行數：
select count(*) from table,在MyISAM下只要簡單的讀出保存好的行數，需要注意的是，當count(*)語句包含 where條件時，它和InnoDB操作是一樣的
InnoDB 中不保存表的具體行數，也就是說，執行select count(*) from table時，InnoDB要掃描一遍整個表來計算有多少行
6.鎖方面
在MyISAM中只支持表鎖，不支持行鎖。
InnoDB支持行鎖，但不是絕對的，如果在執行一個SQL語句時MySQL不能確定要掃描的範圍，InnoDB表同樣會進行表鎖，例如：update table set num=1 where name like “%aaa%”
7.索引方面
MyISAM，可以基於blob和text的前500字節，創建索引，MyISAM支持fulltext，只有MyISAM支持全文檢索。而InnoDB則不支持fulltext，全文檢索