中世紀歐洲盛行反猶主義
據《聖經·舊約》記載，公元前13世紀，猶太人曾在埃及居住，並遭受埃及法老的奴役。猶太人在摩西的帶領下，發動起義離開埃及，越過紅海，來到“流着奶和蜜之地”——迦南，就是今天的巴勒斯坦。摩西借耶和華的名義，頒佈了十誡，創立了猶太教。《聖經》中的這段記載是否確實，史學界有很大爭議。1998年的美國動畫片《埃及王子》就描述了這段故事。
公元前1025年，猶太人在巴勒斯坦地區建立了統一的希伯萊王國，其後來分裂爲兩個國家，北部稱以色列王國，南部稱猶太王國。公元前722年，亞述帝國滅以色列王國。公元前586年，統治中心在今天伊拉克境內的新巴比倫王國佔領猶太王國，其國王尼布甲尼撒二世下令把數萬名猶太人作爲俘虜押回巴比倫，史稱“巴比倫之囚”。堅決反對以色列的伊拉克前總統薩達姆·侯賽因，就曾自詡爲“尼布甲尼撒二世事業的繼承人”。
“巴比倫之囚”被稱爲猶太人的第一次大流散，它結束了古代猶太人在巴勒斯坦地區獨立建國的歷史。此後，亞歷山大大帝的東征和羅馬帝國的征服，又造成猶太人的第二次和第三次大流散。羅馬帝國鎮壓了公元1世紀到2世紀的猶太人三次大起義之後，將整個耶路撒冷城夷爲平地，猶太人被迫逃難到歐洲各地。
流散在歐洲各地的猶太人不僅遭受宗教迫害，他們的政治、經濟權利也受到限制，例如不能擔任政府職員、不能服兵役等，這使得很多猶太人不得不以商業和放貸活動爲生，經常和當地民衆發生利益衝突，猶太人一度成爲“貪婪”的代名詞。反猶主義在中世紀的歐洲甚囂塵上。
公元7世紀，信奉伊斯蘭教的阿拉伯人擊敗東羅馬帝國，佔領巴勒斯坦地區，阿拉伯人逐漸成爲巴勒斯坦地區的主要居民，西歐的基督教國家曾發動多次十字軍東征，一度佔領巴勒斯坦地區，但最終被趕走。公元16世紀，奧斯曼土耳其帝國成爲巴勒斯坦的新主人。平心而論，在20世紀初之前，信奉伊斯蘭教的阿拉伯人和土耳其人對待猶太人的態度，要比基督教徒好很多。
馬克思的解決方案沒被接受
到了19世紀，隨着歐洲大陸民族主義的興起，猶太人被很多歐洲國家看作“非我族類，其心必異”的異類，“猶太人問題”成爲歐洲政治生活中的一個熱點。當時的猶太知識分子中，對謀求猶太人解放的途徑，提出了兩種相反的方案。以卡爾·馬克思爲首的猶太人出身的左翼知識分子，認爲猶太人應該和本國工人階級團結起來，一同反抗資產階級的政治壓迫，在世界範圍內建設社會主義，最終實現共產主義。此後，很多猶太人投身國際社會主義運動，德國的拉薩爾、伯恩斯坦和俄國的托洛茨基、斯維爾德洛夫、捷爾任斯基等人都是猶太人。他們的政治主張差異很大，但都主張“讓猶太人和居住國人民一同獲得解放”。
另一種方案是匈牙利出生的猶太作家西奧多·赫茨爾提出的。1896年，他寫了《猶太國：現代解決猶太人問題的一種嘗試》一書，宣稱猶太人問題是一個民族問題，應該建立猶太人自治的國家。1897年，全球統一的世界猶太復國主義組織成立。
1914年一戰爆發，英國爲打擊德國的盟友奧斯曼土耳其帝國，以幫土耳其帝國境內的阿拉伯人獨立建國爲誘餌，騙取阿拉伯人發動起義。電影《阿拉伯的勞倫斯》就反映了這段歷史。但英國在一戰後將巴勒斯坦地區變爲自己的“委任統治地”。1917年11月，英國發表了支持猶太復國主義的《貝福爾宣言》，支持猶太人“回家”，在巴勒斯坦建立一個猶太人的國家。猶太人開始大批移民巴勒斯坦，到1939年達到50萬人，猶太人與當地阿拉伯人的關係日趨緊張。
以色列建國後越打越強
二戰時，希特勒統治下的納粹德國瘋狂屠殺猶太人，同盟國估計猶太人被害人數高達600萬！這讓更多的猶太人要求建立獨立的猶太人國家，其中一些人不惜採用恐怖主義手段襲擊在巴勒斯坦的英國軍隊，其中包括後來成爲以色列總理的貝京和沙米爾。1947年2月，英國宣佈放棄對巴勒斯坦的統治，把巴勒斯坦交給聯合國處理。1947年11月，聯合國大會投票通過了巴勒斯坦分割案，這就是聯大181號決議案。當時巴勒斯坦境內居住的阿拉伯人佔總人口的68％，阿拉伯人擁有的土地佔巴勒斯坦總面積的94％。可決議卻把巴勒斯坦總面積的57％劃給佔1／3人口的猶太人，佔2／3人口的阿拉伯人只得到43％的土地。
1948年5月14日，巴勒斯坦的猶太人宣佈成立“以色列國”，當天就獲得美國政府的承認。第二天，埃及、約旦、伊拉克、敘利亞和黎巴嫩5個阿拉伯國家的軍隊，同時向新生的以色列國發起進攻，第一次中東戰爭爆發。英國支持阿拉伯聯盟，美蘇支持以色列。戰爭打了15個月，以色列戰後佔領了巴勒斯坦地區80％的面積。96萬巴勒斯坦人逃離家園，淪爲難民。約旦河西岸由約旦控制，加沙地帶由埃及控制。
1956年10月，英國、法國和埃及因爲蘇伊士運河問題鬧僵，以、英、法聯手進攻埃及，第二次中東戰爭爆發。以色列獲勝，佔領了埃及西奈半島，但後在美蘇的壓力下被迫撤出，恢復戰前狀態。戰後，聯合國穩定部隊進駐西奈半島，將以色列和埃及軍隊隔開，但埃、以關係仍極度緊張。
1967年6月5日，以色列先發制人，在一天之內就摧毀了埃及、敘利亞、約旦國的空軍，在6天之內佔領了約旦控制的約旦河西岸、埃及控制的加沙地帶，完全佔領了巴勒斯坦地區全境。不僅如此，以色列還佔領了埃及領土西奈半島和敘利亞領土戈蘭高地。這就是第三次中東戰爭，又稱“六五戰爭”或“六日戰爭”。
1973年10月，埃及和敘利亞發動了第四次中東戰爭，戰爭初期一度佔據優勢。但以色列很快從美國獲得大量武器裝備和情報援助，扭轉戰局，在南線攻入蘇伊士運河以西，威脅埃及首都開羅，在北線逼近敘利亞首都大馬士革。1974 年，埃及收回了蘇伊士運河東岸的部分地區，敘利亞收復了戈蘭高地的部分地區。戰爭初期以色列的失利，使以色列統治集團越來越認識到不能依靠武力長期佔領阿拉伯領土；而戰爭後期埃及、敘利亞的困境，則使得阿拉伯世界中越來越多的領導人認識到消滅以色列是不現實的。
此後，埃及與以色列開始議和。1979年3月，埃以簽訂和約，1980年兩國正式建交，結束了長達30年的戰爭狀態。埃及成爲第一個承認以色列的阿拉伯國家，並收回了西奈半島的全部土地。此後，以色列選擇“以土地換和平”，即退出佔領的一部分阿拉伯領土，換取阿拉伯國家的和平相處。1994年10月26日，約旦與以色列在兩國邊界正式簽署和約。這樣，以色列的對手越來越少。但以色列還是擺不平自己佔領地區的巴勒斯坦人。
巴勒斯坦人反抗以色列
1964年，巴勒斯坦各界代表在東耶路撒冷舉行了第一次巴勒斯坦國民大會，建立了巴勒斯坦民族解放運動組織，也叫“法塔赫”(Fateh阿拉伯文法、塔、赫，分別是巴勒斯坦、解放、運動三個詞的首字母)。從此，法塔赫爲了把以色列趕出巴勒斯坦，不斷襲擊以色列。
1982年，以色列爲消滅巴解組織在黎巴嫩的基地，攻入黎巴嫩，迫使巴解組織撤出黎巴嫩，同時擊敗了支持巴解組織的敘利亞軍隊，這次武裝衝突被稱爲“第五次中東戰爭”。戰後，以色列在黎巴嫩南部控制了部分領土，要求驅逐以色列軍隊的黎巴嫩真主黨乘機興起，並獲得伊朗的支持。2006年，以色列深入黎巴嫩領土，想滅了真主黨武裝，不過未能如願。
巴勒斯坦人在1987年發動大起義，青少年在街頭投擲石塊、自制燃燒瓶，與現代武裝的以色列軍警對抗。1988 年11月15日，阿拉法特領導的巴解組織宣佈接受聯合國第181號決議，建立以耶路撒冷爲首都的巴勒斯坦國。
第一次海灣戰爭後，支持巴解組織的伊拉克實力削弱，1991年10月馬德里中東和會召開，巴以雙方開始和談。
1993年9月在美國的斡旋下，巴以雙方在華盛頓簽署了第一個和平協議——《奧斯陸協議》。之後，以軍開始撤離其佔領土，巴逐步接管加沙和約旦河西岸地區，開始自治。
2000年7月，巴勒斯坦、以色列、美國三方關於巴勒斯坦最終地位的談判失敗。此後，巴以衝突不斷，和平進程一直未能取得實質性進展。
2004年，阿拉法特去世，對以溫和的法塔赫和對以強硬的哈馬斯開始鬧翻。2007年1月25日，哈馬斯在巴立法委員會選舉中獲勝，哈馬斯領導人哈尼亞出任總理，雙方矛盾日益尖銳。2007年6月15日，在與法塔赫5天的激戰之後，哈馬斯完全佔領了加沙地帶，從此哈馬斯控制了加沙地帶，法塔赫控制了約旦河西岸。
以色列仇視哈馬斯，宣佈封鎖加沙地帶，而哈馬斯等激進派別也不斷對以色列發射火箭彈，這種襲擊被以色列稱爲恐怖主義行爲。到了2008年底，以色列開始大舉空襲哈馬斯。
巴以雙方直到今天仍談不攏的主因有二：一是巴勒斯坦建國問題，以色列至今不承認巴勒斯坦人1988年宣佈的建國，認爲目前約旦河西岸與加沙地帶的巴政府只是自治政府，而非主權國家。二是耶路撒冷的最終地位問題。1947年11 月聯大第181號決議規定耶路撒冷國際化，由聯合國管理。但以色列在1980年7月宣佈耶路撒冷爲其永久、不可分割的首都。可是大多數國家包括美國，都不承認以色列定都耶路撒冷，還是把駐以色列使館留在特拉維夫。1988年11月，巴勒斯坦宣佈建國時，也將耶路撒冷定爲首都。
加上巴以雙方實力嚴重不均：以軍號稱中東第一，經濟實力雄厚，又有美國的長期支持；巴勒斯坦自治政府經濟困難，也沒有正規軍，周邊的阿拉伯國家大多已與以色列和解，對以色列立場強硬的伊朗又離得太遠。因此，要打要停，其實都由以色列說了算。