1、在儘可能的情況下禁用root遠程登錄，用普通賬戶遠程登錄，然後再切換root進行日常操作。
2、root和其他用戶的密碼要複雜。
3、修改ssh默認的22端口；
4、使用iptables進行策略控制；
5、關閉沒必要的服務，這裏涉及到命令chkconfig的使用方法；
chkconfig --list 列出linux從0到6幾個開機模式的各個服務的開機啓動或者關閉
chkconfig --add XXX 添加啓動項
chkconfig --del XXX 刪除啓動項
chkconfig --level 35 XXX on/off 指定在第三和第五啓動模式中開啓或關閉XXX服務
6、修改應用程序默認端口：例如mysql：3306
7、檢查/etc/rc.local 有沒有異常的啓動
8、檢查crontab有沒有異常的啓動
除了以上，就得需要命令來查找***所在地方。
ps -ef 查看可疑進程
netstat -an 查看可疑的端口
top 查看可疑進程利用cpu或者內存的利用率
強調linux系統中是不可能有.exe或者.bat的文件的，如果有一般都是病毒，別人給你傳上去的。
總結,******電腦一般首先都是掃描常用服務的端口，如3389、1433、25、等，如果你修改掉就加強了；然後用戶賬戶、密碼一定要複雜，而不能是通用的複雜；再就是軟件、網站程序之類的漏洞，例如jsp、asp、php 後門之類的漏洞；目錄權限；重點要說，筆者強烈建議不要安裝多家廠商的殺毒軟件，這樣對機器性能不好，殺毒軟件好使就行；檢查好後系統一定要重啓檢查是否還存在漏洞。當然重裝是最簡單的、最好、最安全的辦法，但還是建議重裝前看看服務器大概出的是什麼問題，找找原因。要不然後續問題可能會不斷重複。