先從數據結構的角度來答。
題主應該知道B-樹和B+樹最重要的一個區別就是B+樹只有葉節點存放數據，其餘節點用來索引，而B-樹是每個索引節點都會有Data域。
這就決定了B+樹更適合用來存儲外部數據，也就是所謂的磁盤數據。
從Mysql（Inoodb）的角度來看，B+樹是用來充當索引的，一般來說索引非常大，尤其是關係性數據庫這種數據量大的索引能達到億級別，所以爲了減少內存的佔用，索引也會被存儲在磁盤上。
那麼Mysql如何衡量查詢效率呢？磁盤IO次數，B-樹（B類樹）的特定就是每層節點數目非常多，層數很少，目的就是爲了就少磁盤IO次數，當查詢數據的時候，最好的情況就是很快找到目標索引，然後讀取數據，使用B+樹就能很好的完成這個目的，但是B-樹的每個節點都有data域（指針），這無疑增大了節點大小，說白了增加了磁盤IO次數（磁盤IO一次讀出的數據量大小是固定的，單個數據變大，每次讀出的就少，IO次數增多，一次IO多耗時啊！），而B+樹除了葉子節點其它節點並不存儲數據，節點小，磁盤IO次數就少。這是優點之一。
另一個優點是什麼，B+樹所有的Data域在葉子節點，一般來說都會進行一個優化，就是將所有的葉子節點用指針串起來。這樣遍歷葉子節點就能獲得全部數據，這樣就能進行區間訪問啦。
至於MongoDB爲什麼使用B-樹而不是B+樹，可以從它的設計角度來考慮，它並不是傳統的關係性數據庫，而是以Json格式作爲存儲的nosql，目的就是高性能，高可用，易擴展。首先它擺脫了關係模型，上面所述的優點2需求就沒那麼強烈了，其次Mysql由於使用B+樹，數據都在葉節點上，每次查詢都需要訪問到葉節點，而MongoDB使用B-樹，所有節點都有Data域，只要找到指定索引就可以進行訪問，無疑單次查詢平均快於Mysql（但側面來看Mysql至少平均查詢耗時差不多）。
總體來說，Mysql選用B+樹和MongoDB選用B-樹還是以自己的需求來選擇的。