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殺毒軟件不是萬能的，並不能清除所有的病毒，尤其是哪些新出來的並且能阻止執行文件運行的病毒，它不但能阻止一般的執行文件運行，還能阻止並且先阻止殺毒軟件運行。儘管殺毒軟件都被阻止了運行，但不用害怕，還可以通過手動清除的方式把它徹底清除。清除方法如下：
一、確定病毒的進程
常見的系統進程有csrss.exe，lsass.exe，explorer.exe，services.exe，svchost.exe，winlogon.exe等。在任務欄按右鍵，選擇“任務欄管理器”或同時按下 Ctrl + Alt + Delete 組合鍵就可以打開“Windows 任務管理器”
這麼多進程，如何確定病毒的進程，尤其是有些病毒常常僞裝爲系統進程？這時就要看看有沒有異常的進程，可通過進程後的“描述”初步確定；再看看系統進程是不是比平常多了那麼一兩個，多了的就要引起注意了。下面舉例說明，如
csrss.exe 和 svchost.exe 進程，正常情況下是在 Windows\System32\ 目錄下，如果出現在 Windows目錄下或其它目錄下，一般就是病毒。其它進程也是這樣確定，如果還不能確定就上網搜索下。
二、清除病毒
1、結束進程
打開“Windows 任務管理器”，在要結束進程的上面按下右鍵，選擇“結束進程”，別管提示，直接結束；若不能結束就要強制結束。
強制結束進程方法（開始——運行——輸入 cmd 回車打開命令執行窗口）：
①、ntsd -c q -pn 進程名。如 ntsd -c q -pn csrss.exe
②、ntsd -c q -p PID 號。獲取 PID，“Windows 任務管理器”——“查看”——“選擇列”打開“選擇進程列”窗口，在PID 前單擊打上勾，確定後，進程後就會顯示該進程的 PID。
2、刪除病毒文件。
①、刪除病毒執行文件。在病毒進程上按下右鍵，選擇“打開文件位置”，找到後把它刪除。
②、刪除病毒其它文件。病毒文件有可能在多個目錄下，有些文件不容易確定，只能按常規方法來找。
A、確定可疑文件的方法。可根據文件創建時間、文件名和文件版本確定，主要查看
exe、ddl、ini、inf、dat、cfg 文件。此外，還可根據有些目錄下只有一類文件確定，如windows/system32/drivers
目錄下是驅動文件，一般都是 *.sys，若有 exe 文件，可能是病毒。
B、查看各盤根目錄下是否有可疑文件，如 AUTORUN.INF 、_DESKTOP 和 INI
文件。若有，看看文件創建時間，確定是否是自己安裝軟件創建的，不是有可能是病毒；再看看文件名是不是糊亂的字母或數字組合，是就有可能是病毒；最後看文件版本信息是否有張冠李戴的情況。
注意：查看前要顯示所有文件（文件夾窗口——工具——文件夾選項——選中“顯示隱藏的文件和文件夾”），病毒文件常常是隱藏的。若不能選擇“顯示隱藏的文件和文件夾”，說明病毒把它屏蔽了，可以修改註冊表中如下選項：
HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer\Advanced\Folder\Hidden\SHOWALL，雙擊右邊CheckedValue 鍵值，修改爲1；若隱藏文件還是沒有顯示，刪掉CheckedValue，按下右鍵，選擇“新建 Dword值”，並命名爲CheckedValue，設鍵值爲1。
C、查看病毒常常出現的系統目錄、軟件安裝目錄、臨時文件夾和IE緩存。
系統目錄：windows、windows/system32、windows/system32/drivers 等；
軟件安裝目錄：c:/program files/internet explorer、c:/program files/internet
explorer/plugin、c:/program files/common files/miscrosoft shared 等；臨時文件夾c:/documents and settings/用戶名/local settings/temp 和c:/windows/temp。
還不能確定的可以上網搜索下該病毒進程，一般都有相關說明，確定後再把它的所有文件刪除。
三、刪除病毒在註冊表中的信息。
1、刪除病毒的執行文件
病毒在註冊表中的信息也可能有多個置，也只能先確定執行文件的位置，方法：開始——運行——輸入“regedit”——打開註冊表，註冊表編輯器——編輯——查找——打開查找窗口
輸入病毒執行文件名（csrss.exe）查找，直到找到病毒執行文件（鍵值中的目錄[C:\Windows\csrss.exe]與在“Windows任務管理器”中確定的目錄[C:\Windows\csrss.exe]一致）,在該文件名上按下右鍵，刪除。其它位置的查找方法下文僅簡單的列了三種，具體請看《病毒隱藏在註冊表中的位置總結》一文。
2、檢查 Run 啓動項。常見的啓動項如下：
A、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
B、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce
C、HKLM\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\explorer\run
D、HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
E、HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Runonce
F、HKCU\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\policies\explorer\run
確定以上這些啓動項包含病毒的方法：
①、根據已確定的病毒文件確定。鍵值即爲該文件的路徑。
②、只有 Run 項是有鍵值的，其它的都只有一個默認串（98除外），所以若其它項中有鍵值，就可能是病毒啓動項。
③、若鍵值是糊亂的文件名，如 1.exe；或路徑是在臨時文件夾的；也可能是病毒啓動項。
3、檢查驅動啓動項
位置：HKLM\System\CurrentControlSet\Services這裏的項比較多，可以根據windows/system32/drivers 目錄下已確定的文件來確定。
4、檢查 Winlong 啓動項
位置：HKLM\SOFTWARE\Microsoft\WindowsNT\CurrentVersion\Winlogon