關於MySQL InnoDB表的二級索引是否加入主鍵，總結如下：
1對於MySQL InnoDB表的二級索引是否加入主鍵，官方也有明確的說明，建議線上MySQL的二級索引創建時強制加入主鍵所有的列，可以做到所有的MySQL 版本統一。
2.MySQL 5.6.9之前，InnoDB引擎層是會對二級索引做自動擴展，但是優化器不能識別出擴展的主鍵。
3.MySQL 5.6.9開始InnoDB引擎層是會對二級索引做自動擴展，優化器能識別出擴展的主鍵。
4.索引的大小一樣，二級索引有沒有加入主鍵列，在InnoDB引擎層二級索引都會自動擴展主鍵，這個跟版本無關。
5.有無加入主鍵列，二級索引的組織結構和物理大小是一樣，因爲在存儲引擎層面組織結構是一樣的。
6.在優化器層面，5.6.9之前是無法識別自動擴展的主鍵列，從5.6.9開始優化器的開關 use_index_extensions=on是可以識別擴展的主鍵列，所以在二級索引加入主鍵列有有利的。這也可以做到與版本無關，做到所有MySQL版本統一。
總結：加主鍵列，有利無害。
*下面是我的演示實例：
一.下面是在MySQL 5.5.36-log：
xxx 5.5.36-log test 11:33:54>CREATE TABLE t1 (
-> i1 INT NOT NULL DEFAULT 0,
-> i2 INT NOT NULL DEFAULT 0,
-> d DATE DEFAULT NULL,
-> PRIMARY KEY (i1, i2),
-> INDEX k_d (d)
-> ) ENGINE = InnoDB;
Query OK, 0 rows affected (0.07 sec)
插入了25行數據後：
xxxx 5.5.36-log test 11:40:01>EXPLAIN SELECT COUNT(*) FROM t1 WHERE i1 = 3 AND d = '2000-01-01'\G
*************************** 1. row ***************************
id: 1
select_type: SIMPLE
table: t1
type: ref
possible_keys: PRIMARY,k_d
key: k_d
key_len: 4
ref: const
rows: 5
Extra: Using where; Using index
分析：key_len 是4，只用到了d這列（date類型key長度是3byte，key_len=3+1byte長度）沒有擴展主鍵。 ref：只有一個const：表明優化器只用到了i1這列。 using where;using index：已經回表了。
************************************************************************************************************************************************
下面我添加索引：`k_d_2`(d,i1,i2)
alter table t1 add key `k_d_2`(d,i1,i2);
xxx 5.5.36-log test 11:36:11>EXPLAIN SELECT COUNT(*) FROM t1 WHERE i1 = 3 AND d = '2000-01-01'\G
*************************** 1. row ***************************
id: 1
select_type: SIMPLE
table: t1
type: ref
possible_keys: PRIMARY,k_d,k_d_2
key: k_d_2
key_len: 8
ref: const,const
rows: 1
Extra: Using where; Using index
分析：key: k_d_2 和 key_len 是8，說明擴展主鍵。 ref：有2個const：表明優化器用到了i1這列。rows: 1 也說明用到了主鍵。
二. 同時我在MySQL 5.6.16-log也做了創建同樣的表：
lxxx 5.6.16-log test 08:20:46>show variables like '%optimizer_switch%';
firstmatch=on,subquery_materialization_cost_based=on,use_index_extensions=on....
use_index_extensions 已經打開。
xxx 5.6.16-log test 08:20:46>CREATE TABLE t1 (
-> i1 INT NOT NULL DEFAULT 0,
-> i2 INT NOT NULL DEFAULT 0,
-> d DATE DEFAULT NULL,
-> PRIMARY KEY (i1, i2),
-> INDEX k_d (d)
-> ) ENGINE = InnoDB;
Query OK, 0 rows affected (0.00 sec)
xxx 5.6.16-log test 08:21:04>EXPLAIN SELECT COUNT(*) FROM t1 WHERE i1 = 3 AND d = '2000-01-01'\G
*************************** 1. row ***************************
id: 1
select_type: SIMPLE
table: t1
type: ref
possible_keys: PRIMARY,k_d
key: k_d
key_len: 8
ref: const,const
rows: 1
Extra: Using index
分析：key: k_d_2 和 key_len 是8，說明MySQL 自動對二級索引做了擴展主鍵。 ref：有2個const：表明優化器識別了擴展主鍵。
三.索引大小：
在二級索引後面加上主鍵列，存儲空間不會增加。
下面是我的分析：
一.下面是MySQL 5.6.16：
CREATE TABLE `t1` (
`i1` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
`i2` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
`d` date DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (`i1`,`i2`),
KEY `k_d` (`d`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin;
CREATE TABLE `tt1` (
`i1` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
`i2` int(11) NOT NULL DEFAULT '0',
`d` date DEFAULT NULL,
PRIMARY KEY (`i1`,`i2`),
KEY `k_d` (`d`,`i1`,`i2`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_bin;
通過儲存過程對錶插入數據：
call proc_insert(500000); 插入50w行數據：
下面是索引的大小，大小一樣：
xxx test 03:38:36>SELECT index_length FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='test' and table_name='t1';
+--------------+
| index_length |
+--------------+
| 8929280 |
+--------------+
1 row in set (0.00 sec)
xxx 5.6.16-log test 03:43:42>SELECT index_length FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='test' and table_name='tt1';
+--------------+
| index_length |
+--------------+
| 8929280 |
+--------------+
1 row in set (0.01 sec)
數據文件大小，大小也是一樣的：
-rw------- 1 mysql myinstall 36M 1月 23 15:38 t1.ibd
-rw------- 1 mysql myinstall 36M 1月 23 15:39 tt1.ibd
二.下面是MySQL 5.5.36：
表t1、tt1和上面的結構一致。
索引大小：
xxx 5.5.36-log (none) 03:48:05>SELECT index_length FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='test' and table_name='t1';
+--------------+
| index_length |
+--------------+
| 8929280 |
+--------------+
1 row in set (0.00 sec)
xxx 5.5.36-log (none) 03:48:06>SELECT index_length FROM information_schema.TABLES WHERE table_schema='test' and table_name='tt1';
+--------------+
| index_length |
+--------------+
| 8929280 |
+--------------+
1 row in set (0.00 sec)
數據文件大小：也是一樣
-rw-rw----. 1 mysql myinstall 36M 1月 23 15:39 tt1.ibd
-rw-rw----. 1 mysql myinstall 36M 1月 23 15:39 t1.ibd
引申：
關於key_len及create table的規範：
key_len:
1.對於定長數據類型(int、char(N)、date等)實際字段類型的字節數，如果字段不是not null，則還需1byte存儲字段是否爲空。
2.對於不定長數據類型(varchar(N)、datetime(mysql 5.6開始是變長)等)實際字段類型的字節數 + 2byte儲存字段長度，如果字段不是not null，則還需1byte存儲字段是否空。
所以在創建表的時候：
create table txxx(
id int ...
c1 varchar(30) not null default '0000'
)
也可以起到減少二級索引的長度。