一、 語言比較
PHP屬於解釋執行的服務器腳本語言，不需要編譯，方便，但是每次運行都需要翻譯，效率降低。
Java屬於編譯+解釋+編譯性語言 首先要編譯成字節碼.class文件，然後在java虛擬機上解釋執行，一次編譯，到處運行，理論上效率比php好。
二、 數據庫訪問比較
Java通過JDBC來訪問數據庫，通過不同的數據庫廠商提供的數據庫驅動方便地訪問數據庫。訪問數據庫的接口比較統一。
早期PHP對於不同的數據庫採用不同的數據庫訪問接口，所以數據庫訪問代碼的通用性不強。不過目前框架已經幫助我們解決了這個問題，比如thinkphp框架只需要在配置上修改一個數據庫類型參數就可以了。
按照以上理論，連接數據庫上PHP比JAVA效率高。
四、 跨平臺性
Java和PHP都有很好的跨平臺的特性。幾乎都可以在不作任何修改的情況下運行在Linux或者Windows等不同的操作系統上。
五、 開發成本比較
PHP最經典的組合就是：LINUX + PHP + MySQL + Apache。所有的軟件都是開源免費的。開發效率上相對來說比Java快。
Java的Web應用服務器有免費Tomcat、JBoss等。
七、 源代碼安全
PHP開發的程序的源代碼都是公開的，他人拿到php開發的程序後都可以進行修改。目前的辦法只能通過工具對源碼進行加密，但是現在解密工具也比較發達了。
Java開發的程序，最後用戶拿到的是隻是一些編譯好的class類，無法看到完整的源代碼，但是現在的工具也是可以把java反編譯出來的。
八、 OOP和MVC
早期的<=php4版本，對於OOP支持很少，基本也沒有基於MVC模式開發；php5.0以後，OOP支持已經比較好了，目前流行的框架也基本MVC模式。
Java比較早就是OOP思想和MVC模式。
九、 緩存機制
目前PHP的緩存機制比較完善，可以靜態頁面緩存、僞靜態緩存、數據緩存；java在這方面比不上PHP。
總的來說，Java在應用框架底下的架構比其他web開發語言強，Java的框架利於大型的協同編程開發。而PHP上手快，適合於快速開發，中小型應用系統，開發成本低。同樣功能的系統用Java開發的系統相對來說要比PHP開發的系統的價格要高.。在調試、發佈上，PHP也較Java簡單。