提到“進化”這個詞，大腦中的第一反應是進步。它譯自英文中的“evolution”,源自拉丁文的“evolvere”，原意是將一個卷在一起的東西打開，也指任何事物的生長、變化或發展。自從19世紀以後，進化，或者演化這個詞通常用來指生物學上不同世代之間外表特徵與基因頻率的改變。
達爾文並未對進化下過定義。他在1859年出版的《物種起源》第一版中，也沒有使用進化這個詞，他用的是“descent with modification”（經改變的遺傳）。他反對用“進步”之類的詞來描述物種進化的過程。達爾文發表《物種起源》時對於基因學說一無所知，但是要了解他的進化論，基因學說是必不可少的。
達爾文提出的進化理論可以解釋動物物種之間的相似與不同：所有物種在不同程度上相似是因爲擁有共同的祖先，而每個物種又獨一無二是自然選擇的結果，它們必須適應各自獨一無二的生活和繁殖環境。達爾文的進化理論由大量證據支持，且科學家自那以後做出的發現也與他的理論相符。進化是長期的適應過程，跨越世代。基因學家發現：猩猩和人的基因重合度達到98.8%，兩者之間的關係是近親。
研究人員在提到人類特定的行爲特性時會提到基因。例如，他們可能會說：唱歌的基因、攻擊行爲的基因和合作的基因等等。但是基因不會直接產生或控制行爲。基因對行爲所起的任何作用都通過它們構建和更改身體的物理結構而發生。這些結構與環境產生相互作用而產生行爲。因此，一個基因可能通過促進分析聲音的大腦系統、或通過促進聲帶對唱歌的能力進行影響。對行爲最有相關影響的是促進感覺系統、運動系統（肌肉和參與運動的器官）、和神經系統（包括大腦）的基因。它只能通過影響蛋白質分子的產生而對身體的發展產生影響。從生物學上講，蛋白質塑造了我們。而基因是包含製造特別種類的蛋白質分子編碼的DNA分子的一部分。科學家們已經確定：人類、黑猩猩和鼠類的基因數量都差不多，都是約30,000個。
無論是在生化還是在行爲層面，基因的作用都與環境的作用密不可分。很有理由相信：我們的經歷，包括學習等所有種類的長期行爲的作用都涉及基因的激活，從而產生蛋白質，反過來改變了大腦中某些神經迴路的功能，由此改變了我們的行爲方式。基因學家將每個個體繼承的基因組稱爲“遺傳性基因”（genotype），而把身體和行爲特性的可觀察屬性稱爲“表現型基因”（phenotype）。同樣的基因能有不用的作用，這取決於環境以及與其他基因的組合。擁有同樣遺傳性基因的兩個個體由於環境的不同，其表現型基因可能大不相同。例如，同卵雙胞胎，如果其各自撫養環境中的促生長因素不同，那麼他們的個子可能有高矮，且如果他們的學習經歷不同，那麼他們的行爲也將不一樣。
自1959年以來，俄羅斯的研究人員一直有選擇性地繁殖馴服的銀狐後代。在他們繁殖的銀狐後代中，只有表現出最不怕人、對人最友好的銀狐纔有資格生育後代，結果是：經過30到35代以後，他們培養出和狗一樣對人友好的狐狸。選擇性培育能基本上影響任何行爲特性，因爲所有的行爲都基於感覺的、運動的和神經的結構，而它們全都由蛋白質構成，這些蛋白質的產生有賴於基因。自然選擇的遺傳變異性通過兩個來源發揮作用：（1）兩性繁殖中基因的重新排列組合，及（2）基因變異。
基因變異是DNA複製時偶爾產生的不可被預見的錯誤，導致複製的基因與原來的基因不再一模一樣。在漫長的進化過程中，基因變異是所有遺傳變異性的終極來源。正如一個複雜的有機結構發生任何隨機變化所能預計的，新的基因變異更傾向於有害而不是有益，且自然選擇通常會將它們淘汰。但是，偶爾會有一次基因變異是有用的，能產生影響有機體、使之以增加繁殖能力的方式進行發展。由於它對於繁殖起作用，因此有益變異在從一代傳到下一代的過程中頻率增加，在基因層面，這就是進化。進化完全基於基因的改變，且實踐或經驗不會改變基因。只有基因的隨機性改變再接着加上自然選擇，而不是源自每個人的經歷，纔是進化的基礎。
在進化方面，只有自然界不斷地變化才能保證物種不斷進化。達爾文相信進化是一個緩慢而穩定的過程，但是現在我們知道：進化可能迅速、緩慢、或者根本沒有，這都取決於環境變化的速率和性質、以及遺傳變異性已經在一個羣中存在的程度。環境變化刺激進化，這並不是通過相應的基因變異，而是通過促進自然選擇。某些變異在先前可能不具有優勢，可能會被自然選擇所淘汰，但是在新環境中會變得具有優勢，因此它們通過世代進行傳遞。有時候，進化發生如此之快，以至於人們可以看到它。事實上，自從達爾文時代以來，科學家已經報道了一百多個已觀察到的進化案例。諸如皮膚色素沉着等簡單或微小的進化可在幾個世代內發生，但是更復雜的改變需要更多的時間。例如，黑猩猩的大腦和人類大腦不可能通過幾個世代才能形成，而是要經過無數次變異，每次變異都促進了黑猩猩（在其環境中）或人類（在人類的環境中）微小的選擇性優勢。當進化學家說到“快速”，他們一般是指成千上萬年。
進化沒有遠見，並非我們所想的、是一個朝着預定的結果前進的一種神祕力量。進化並不是爲了將來的某種目的而產生變化，即使這種變化是無用或有害的。生物在進化時無法預見到未來的情形。只有那些能夠增加直接環境中生存和繁殖的基因變化才能通過自然選擇擴散。第二，我們對於進化的另一種錯誤認識是：現有的生物有機體可以根據某些計劃的目標設定的進化路線進行排位，如此一來，人類是“最進化”的物種，其次是黑猩猩，而草履蟲可能排名倒數。但是，進化沒有設定的路線，也沒有計劃的結果。各種生物具有不同的形狀和行爲特性是因爲隨機事件導致它們在環境中佔據不同的位置，且每個生物的自然選擇標準也不一樣。草履蟲並不會朝着人類的方向進化，它只是很好地適應自己的環境，人類適應自己的環境而已。第三種錯誤認識是：自然選擇是一種道德上的力量，無論是其運作還是其結果都包含對和錯、善與惡。我們會認爲只要是自然的事物（包括自然選擇）就都是好的，而惡源自於社會或人類這些非自然的事物。但是實際上，自然談不上好壞、道德或者不道德，自然選擇也不賦予任何特性道德美德。好戰性同合作性一樣，都是進化的產物，從進化的角度來說，沒有評價兩者道德性的必要。
與生物在自然界中不斷進化一樣，人類社會也一直處於進化、演化的過程中。縱觀人類的歷史，各種社會形態層出不窮：原始社會、奴隸社會、封建社會、資本主義社會等。從國家來看，有共和國、帝國、王國、合衆國、聯邦等等，制度層面有中央集權和聯邦制等等。這些豐富多彩的形態，和自然界的各種生物一樣，都是每個社會適應各自不同環境的產物。比如，古希臘的城邦國家不可被複制，就是因爲希臘的地理環境是多山、耕地少，造成了一個個規模很小的袖珍國家，經濟主要靠手工業以及與其他國家的商業，航海發達。而中國由於喜馬拉雅山脈等地理天塹而形成封閉的、自給自足的農耕國家。
在社會形態中，兩個同爲資本主義的國家可以在國家形式和制度上依然有差別。例如，美國和英國，一個是聯邦制的合衆國，一個是君主立憲制的王國。美國雖然曾經一度是英國的殖民地，卻沒有拷貝英國的政治制度。英國受本國的歷史、宗教、自然條件等等諸多限制，發現君主立憲制最符合英國的國情。它的君主制的內涵，隨着時代的變遷，從以前國王與貴族和教會力量對比相對薄弱，到約翰二世與貴族議會簽訂分權的《大憲章》，到亨利八世爲了一個男性繼承人而與羅馬教廷決裂，到新興的、力量不斷上升的資產階級議會處死查理一世，到克倫威爾的獨裁，再到恢復君主立憲制，體現了其社會形態隨着經濟的發展不斷進化的過程。而美國差不多是一張白紙一切從頭開始，可以根據歐洲啓蒙主義的思想創立人類前所未有的政治體制：完全的三權分立和權力制衡的聯邦制。美國是世界上三權分立最徹底的國家，英國等歐洲國家的議會，在選舉中獲勝的黨派領袖擔任國家領導人的職務，但同時保留在議會的席位，而在美國，總統不能同時擔任議員的職務。
社會的進化，與自然界的進化一樣，無所謂對與錯、好與壞，都是各個社會爲了應對時代與環境的變遷而發生的變化，但是有些可以人爲地控制，而有些並不能。根據存在主義的學說，存在即合理。每個社會最終採取何種形式與制度，有其內在的必然性。正如種族之間無所謂優劣一說，每個社會形態也無需區分進步與落後，好與壞，正如自然界的選擇一樣。也正如自然界的環境千差萬別，每個社會也不可能一樣，也呈現出豐富的多樣性，是每個社會適應其歷史、環境、經濟等等條件的產物。
但是，社會的進化，依然有同生物的自然進化不一樣的地方。主要表現爲一種趨同性。歷史上的社會形態固然豐富多彩，但是當今的世界，似乎絕大多數國家都採取了民主的形式，儘管其中還是有很大的差別。其次，人類通過干預改變自然選擇，培育對人類更加有利的物種，這在社會形態上也可以看到。最直接的例子就是美國和前蘇聯，它們都選擇了一種全新的、以前只在理論上存在的社會體制和形態。只不過結局不同而已。
與自然界物種的滅絕相似，社會形態的種類也在減少，而且速度大大超過自然界的速度。這與當今全球經濟的一體化有很大關係。儘管社會形態無所謂好壞和對錯，主要是歷史和經濟的產物，但是趨同的大趨勢，看樣子不可避免。
