mysql5.6.16的安装和之前的5.5、5.1有些不同，编译的时候不再使用./configure来进行了，使用了cmake命令来进行编译项目。
1.准备编译环境
因为我的Linux是刚安装的，需要安装很多的必要程序。
yum -y install make gcc-c++ cmake bison-devel ncurses-devel gcc \
autoconf automake zlib* fiex* libxml* libmcrypt* libtool-ltdl-devel*
2.下载MySQL
进入http://dev.mysql.com/downloads/mysql/ 的source/Generic Linux (Architecture Independent), Compressed TAR Archive，文件mysql-5.6.16.tar.gz。
wget http://dev.mysql.com/get/Downloads/MySQL-5.6/mysql-5.6.16.tar.gz
tar xvf mysql-5.6.16.tar.gz
cd mysql-5.6.16
3.编译源码
接下来组织项目
cmake \
-DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/usr/local/mysql \
-DMYSQL_DATADIR=/data/mysql/data \
-DSYSCONFDIR=/etc \
-DWITH_MYISAM_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_INNOBASE_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_MEMORY_STORAGE_ENGINE=1 \
-DWITH_READLINE=1 \
-DMYSQL_UNIX_ADDR=/tmp/mysql/mysql.sock \
-DMYSQL_TCP_PORT=3306 \
-DENABLED_LOCAL_INFILE=1 \
-DWITH_PARTITION_STORAGE_ENGINE=1 \
-DEXTRA_CHARSETS=all \
-DDEFAULT_CHARSET=utf8 \
-DDEFAULT_COLLATION=utf8_general_ci
注意，这个cmake是替代以前的./configure 步骤。如果你需要更多的参数，请参考http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/source-configuration-options.html。
有时候会出现类似的问题。
Googlemock was not found. gtest-based unit tests will be disabled. You can run cmake . -DENABLE_DOWNLOADS=1 to automatically download and build required components from source. — If you are inside a firewall, you may need to use an http proxy: export http_proxy=http://example.com:80
使用参数-DENABLE_DOWNLOADS=1 自动下载。
有网络限制，设置http代理export http_proxy=http://example.com:80。环境变量http_proxy 也为 curl 等其他工具所用。尽管 yum 可以识别大写或小写的 http_proxy，但curl 要求环境变量的名称是小写。
如果这个cmake这个步骤有出现问题，解决后重新再cmake一次。如果输出类似这样，那么就好了。
-- Running cmake version 2.6.4
-- MySQL 5.6.16
-- Packaging as: mysql-5.6.16-Linux-x86_64
-- HAVE_VISIBILITY_HIDDEN
-- HAVE_VISIBILITY_HIDDEN
-- HAVE_VISIBILITY_HIDDEN
-- Using cmake version 2.6.4
-- Not building NDB
-- Library mysqlclient depends on OSLIBS -lpthread;m;rt;dl
-- GMOCK_SOURCE_DIR:/root/mysql-5.6.16/source_downloads/gmock-1.6.0
-- GTEST_LIBRARIES:gmock;gtest
-- Library mysqlserver depends on OSLIBS -lpthread;m;rt;crypt;dl
-- Configuring done
-- Generating done
-- Build files have been written to: /root/mysql-5.6.16
4.接着编译源码
make && make install
编译时间缓慢，等待中…
修改文件权限，生成数据库
groupadd mysql
useradd -r -g mysql mysql
cd /usr/local/mysql
chown -R mysql:mysql .
scripts/mysql_install_db --user=mysql --ldata=/data/mysql/data
chown -R root .
chown -R mysql data
说明：参数--ldata说明你的数据文件存放的目录，如果你使用默认的路径，那么这个参数可以去除。如果你不增加此参数，但是在配置文件（见下方的datadir配置）中指定了其他的目录，那么会在启动MySQL的时候出现类似的提示：
Starting MySQL. ERROR! The server quit without updating PID file (/data/mysql/data/VM_208.pid).
出现这个的解决办法就是增加--ldata参数，指定和配置文件中datadir相同的值，重新执行mysql_install_db即可。
5.设置配置文件
MySQL 5.6.8开始，就不在分发my.cnf等配置的demo，所以想随便拿一个用都比较麻烦。
my.cnf的配置文件的默认读取顺序为
File Name（上面的优先） Purpose
/etc/my.cnf Global options
/etc/mysql/my.cnf Global options
SYSCONFDIR/my.cnf Global options
$MYSQL_HOME/my.cnf Server-specific options
defaults-extra-file The file specified with --defaults-extra-file=path, if any
~/.my.cnf User-specific options
~/.mylogin.cnf Login path options
[client]
port=3306
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
default-character-set = utf8
[mysqld]
port=3306
bind-address=127.0.0.1
basedir=/usr/local/mysql
datadir=/data/data/mysql/data
socket=/var/lib/mysql/mysql.sock
user=mysql
# Disabling symbolic-links is recommended to prevent assorted security risks
symbolic-links=0
############# default settings ################
# time zone
default-time-zone = system
character-set-server = utf8
default-storage-engine = InnoDB
[mysqld_safe]
log-error=/var/log/mysqld.log
pid-file=/var/run/mysqld/mysqld.pid
我的这个配置比较简单，声明一下常用的变量，如果你需要对性能优化，那么你需要细细研读一下配置文件。可以参考
http://www.ha97.com/4110.html
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/server-options.html
启动MySQL，开机自动启动设置
手动启动MySQL。
cp /usr/local/mysql/support-files/mysql.server /etc/init.d/mysql
/etc/init.d/mysql start
##或者
service mysql start
在上面的步骤后，开机自动启动设置
chkconfig --add mysql
##有的系统需要下面的
chkconfig --level 345 mysql on
可以参考：http://dev.mysql.com/doc/refman/5.6/en/automatic-start.html
6.修改root密码
默认的密码是空的，很危险，需要修改一下。
在此之前，为方便调用mysql，我们先生成一个mysql的软链。
ln -s /usr/local/mysql/bin/mysql /usr/bin/
然后修改密码
mysql -uroot -h127.0.0.1 -p
mysql> SET PASSWORD = PASSWORD('123456');
将来如果你忘记了root密码，可以参考重置MySQL密码。
通过上面的步骤，就可以使用MySQL数据库了，另外可以为mysql安装phpmyadmin作为前端的管理界面。