1.首先從開發方面：
原生開發的App：
每一種移動操作系統都需要獨立的開發項目
每種平臺都需要獨立的開發語言。Java(Android), Objective-C(iOS)以及Visual C++(Windows Mobile)等等
需要使用各自的軟件開發包，開發工具以及各自的控件
我們做的手機網站打包的APP：
從原生演變過來的通過APP嵌入網站來是實現的，這種應用可以使用HTML5,CSS3以及JavaScript以及服務器端語言來完成（PHP,Ruby on Rails,Python）
2.APP性能方面
原生App：
能夠與移動硬件設備的底層功能，比如個人信息，攝像頭以及重力加速器等等
網站製作的App：
只能使用有限的移動硬件設備功能。
3.APP數據獲取方法
原生App：
- 直接下載到設備
- 以獨立的應用程序運行(並不需要瀏覽器)
- 用戶必須手動去下載並安裝這些原生App
網站封裝的APP：
從移動設備上的瀏覽器訪問
不需要安裝額外的軟件
軟件更新只需要服務器更新就夠了
4.原生開發的APP和網站生成的APP優缺點對比
原生開發App優缺點：
- 比網站生成的Web App運行快
- 開發成本高，尤其是當需要多種移動設備來測試時
- 因爲是不同的開發語言，所以開發，維護成本也高
- 因爲用戶使用的App版本不同，所以你維護起來很困難
網站生成App優缺點：
- 無法使用很多移動硬件設備的獨特功能
- 同時支持多種移動設備，大大降低開發成本
- 需要手機網站反應速度要快，用好的服務器，否則打開會慢
最後結論：選擇哪種根據你的客戶需求和你的預算來決定的，如果預算小就選擇網站打包生成的web app ,如果想要功能多，性能好那麼就是原生開發。