FAT32文件系統
FAT32文件系統優點：突破了FAT對每一個分區的容量只有2GB的限制，可以支持大到2TB（2048G）的分區。在不超過8GB的分區容量下，每個簇的容量都固定爲4KB，與FAT16相比，可以大大減少磁盤的浪費，提高磁盤利用率。
FAT32文件系統缺點：用 FAT32格式分區的磁盤，由於文件分配表的擴大，運行速度比採用FAT16格式分區的磁盤要慢，且DOS系統和某些早期的應用軟件不支持這種分區格式。 另外還有一個致命的缺點讓FAT32逐漸被淘汰，這就是FAT32的單個文件最大隻能支持4GB。現在已經進入高清時代，720P和1080P高清視頻文 件都很容易超過4GB，因此FAT32已經走向沒落。
NTFS文件系統
NTFS文件系統優點：NTFS分區具有極高的安全性和穩定性，在使用中不易產生文件碎片。它能對用戶的操作 進行記錄，通過對用戶權限進行非常嚴格的限制，使每個用戶只能按照系統賦予的權限進行操作，充分保護了系統與數據的安全。另外對大部分用戶而言，NTFS 最直觀的優點是，單個文件的大小突破了FAT32的4GB的限制。
NTFS文件系統缺點：NTFS雖然有諸多優點，但這些都是針對傳統機械硬盤而設計的，對於新興的Flash 閃存材料不一定適用。NTFS分區是採用“日誌式”的文件系統，因爲要記錄磁盤的詳細讀寫操作，對U盤這種閃存儲介質會造成較大的負擔，比如同樣存取一個 文件或目錄，在NTFS系統上的讀寫次數就會比FAT32來得多，理論上NTFS格式的U盤比較容易損壞，而且400MB以下的分區也比FAT16更浪費 空間。
ExFAT文件系統
exFAT文件系統優點：分區大小和單文件大小最大可達16EB（16×1024×1024TB）；簇大小非 常靈活，最小0.5KB，最高達32MB；採用了剩餘空間分配表，空間利用率更高；同一目錄下最大文件數可達65536個；支持訪問控制；支持 TFAT(WINCE早期文件系統)。可以看出，ExFAT就是閃存專用的文件系統，只有U盤和存儲卡才能格式化成exFAT，傳統硬盤是無法格式化成 exFAT格式的，因爲exFAT的特性其實並不比NTFS強，但卻比NTFS及FAT32更適合閃存使用。
exFAT文件系統缺點：exFAT作爲一種全新的文件系統，在電腦上的兼容性卻不太好，目前主流的XP和Vista默認都不支持ExFAT，XP需升級至SP3補丁、Vista需升級至SP1補丁才能支持它。當然微軟也提供了exFAT的單獨更新文件，Win7默認支持。