FAT32文件系统
FAT32文件系统优点：突破了FAT对每一个分区的容量只有2GB的限制，可以支持大到2TB（2048G）的分区。在不超过8GB的分区容量下，每个簇的容量都固定为4KB，与FAT16相比，可以大大减少磁盘的浪费，提高磁盘利用率。
FAT32文件系统缺点：用 FAT32格式分区的磁盘，由于文件分配表的扩大，运行速度比采用FAT16格式分区的磁盘要慢，且DOS系统和某些早期的应用软件不支持这种分区格式。 另外还有一个致命的缺点让FAT32逐渐被淘汰，这就是FAT32的单个文件最大只能支持4GB。现在已经进入高清时代，720P和1080P高清视频文 件都很容易超过4GB，因此FAT32已经走向没落。
NTFS文件系统
NTFS文件系统优点：NTFS分区具有极高的安全性和稳定性，在使用中不易产生文件碎片。它能对用户的操作 进行记录，通过对用户权限进行非常严格的限制，使每个用户只能按照系统赋予的权限进行操作，充分保护了系统与数据的安全。另外对大部分用户而言，NTFS 最直观的优点是，单个文件的大小突破了FAT32的4GB的限制。
NTFS文件系统缺点：NTFS虽然有诸多优点，但这些都是针对传统机械硬盘而设计的，对于新兴的Flash 闪存材料不一定适用。NTFS分区是采用“日志式”的文件系统，因为要记录磁盘的详细读写操作，对U盘这种闪存储介质会造成较大的负担，比如同样存取一个 文件或目录，在NTFS系统上的读写次数就会比FAT32来得多，理论上NTFS格式的U盘比较容易损坏，而且400MB以下的分区也比FAT16更浪费 空间。
ExFAT文件系统
exFAT文件系统优点：分区大小和单文件大小最大可达16EB（16×1024×1024TB）；簇大小非 常灵活，最小0.5KB，最高达32MB；采用了剩余空间分配表，空间利用率更高；同一目录下最大文件数可达65536个；支持访问控制；支持 TFAT(WINCE早期文件系统)。可以看出，ExFAT就是闪存专用的文件系统，只有U盘和存储卡才能格式化成exFAT，传统硬盘是无法格式化成 exFAT格式的，因为exFAT的特性其实并不比NTFS强，但却比NTFS及FAT32更适合闪存使用。
exFAT文件系统缺点：exFAT作为一种全新的文件系统，在电脑上的兼容性却不太好，目前主流的XP和Vista默认都不支持ExFAT，XP需升级至SP3补丁、Vista需升级至SP1补丁才能支持它。当然微软也提供了exFAT的单独更新文件，Win7默认支持。