fastmri 網絡調試(unet)

fastmri是FaceBook和紐約大學醫學院放射科合作的一個項目,旨在用深度學習的方法加速MRI重建。

代碼:https://github.com/tianxiaoxiao2018/fastMRI

數據:https://fastmri.med.nyu.edu/

調試:

        1、首先按照教程裝依賴包,我用下面的 pip install -r requirments.txt有報錯的地方。所以我是直接打開requirments.txt,一個一個手動裝包。

           torch0.4.1 它提供的版本報錯。所以我按照下面這個網址的方法裝,https://blog.csdn.net/zywvvd/article/details/86685871

2、裝好依賴包後,修改程序。

1)把/home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master/文件夾下的common和data文件夾放到/home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet下,否則會提示找不到common和data模塊。

 

2)再修改/home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet下的train_unet.py文件,將27行的from models.unet.unet_model import UnetModel修改爲下圖所示,否則又會出現找不到模塊model。

3、調試

 1)定位到你的unet目錄下,我的是:

cd /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet

2)訓練:challenge  爲singlecoil 。添加數據路徑(就是你放數據的地方,照着我這個弄吧),我的如下所示。

CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 python train_unet.py --challenge singlecoil --data-path /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet --exp-dir checkpoint

3)要在驗證數據上運行模型:

CUDA_VISIBLE_DEVICES=3 python run_unet.py --data-path /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet --data-split val --checkpoint checkpoint/best_model.pt --challenge singlecoil --out-dir reconstructions_val

輸出將保存到reconstructions_val.

4)要在測試數據上運行模型:

 CUDA_VISIBLE_DEVICES=5 python run_unet.py --data-path /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet --data-split test --checkpoint checkpoint/best_model.pt --challenge singlecoil --out-dir reconstructions_test

輸出將保存到reconstructions_test目錄中,可以上傳以供提交。

4、查看日誌

tensorboard --logdir=/home/tianxiaoxiao/code/keras-master/examples --port=12345

日誌參考博客(我用的服務器,要改端口):https://blog.csdn.net/index20001/article/details/82871634

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