fastmri 网络调试(unet)

fastmri是FaceBook和纽约大学医学院放射科合作的一个项目,旨在用深度学习的方法加速MRI重建。

代码:https://github.com/tianxiaoxiao2018/fastMRI

数据:https://fastmri.med.nyu.edu/

调试:

        1、首先按照教程装依赖包,我用下面的 pip install -r requirments.txt有报错的地方。所以我是直接打开requirments.txt,一个一个手动装包。

           torch0.4.1 它提供的版本报错。所以我按照下面这个网址的方法装,https://blog.csdn.net/zywvvd/article/details/86685871

2、装好依赖包后,修改程序。

1)把/home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master/文件夹下的common和data文件夹放到/home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet下,否则会提示找不到common和data模块。

 

2)再修改/home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet下的train_unet.py文件,将27行的from models.unet.unet_model import UnetModel修改为下图所示,否则又会出现找不到模块model。

3、调试

 1)定位到你的unet目录下,我的是:

cd /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet

2)训练:challenge  为singlecoil 。添加数据路径(就是你放数据的地方,照着我这个弄吧),我的如下所示。

CUDA_VISIBLE_DEVICES=4 python train_unet.py --challenge singlecoil --data-path /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet --exp-dir checkpoint

3)要在验证数据上运行模型:

CUDA_VISIBLE_DEVICES=3 python run_unet.py --data-path /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet --data-split val --checkpoint checkpoint/best_model.pt --challenge singlecoil --out-dir reconstructions_val

输出将保存到reconstructions_val.

4)要在测试数据上运行模型:

 CUDA_VISIBLE_DEVICES=5 python run_unet.py --data-path /home/tianxiaoxiao/code/fastMRI-master0/models/unet --data-split test --checkpoint checkpoint/best_model.pt --challenge singlecoil --out-dir reconstructions_test

输出将保存到reconstructions_test目录中,可以上传以供提交。

4、查看日志

tensorboard --logdir=/home/tianxiaoxiao/code/keras-master/examples --port=12345

日志参考博客(我用的服务器,要改端口):https://blog.csdn.net/index20001/article/details/82871634

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