FDTD Solutions和MODE Solutions中的varFDTD最常用的邊界條件就是PML。PML全稱是Perfectly matched layer即完美匹配層，是由法國科學家Berenger於1994年提出的。在FDTD發展的過程中，這個邊界條件是一個重要的里程碑。在此之前，如何仿真電磁波傳輸到無限遠的問題，已經有幾種邊界條件將仿真區截斷，但是都不是很理想，也就是都有一定量的反射，這些反射波又返回仿真區域物體相互作用，嚴重影響仿真的精度。在正確設置和PML上入射角不是非常大的情況下，我們軟件提供的PML可以達到非常低的反射。需要說明的是，所有軟件仿真時都需要把PML區域考慮進去，因此，爲了減小內存需求，一般來說應該在基本滿足仿真精度的前提下儘可能選取少層數。
PML是最常用的邊界條件，其作用是吸收入射到其上面的電磁場，相當於場無阻擋地傳播到無限遠。
實際的PML有一定的反射，曾經有用戶測試FDTD Solutions，PML反射率可以小到1E-12。由於仿真還有其它誤差源，一般不必要苛求PML的反射率到如此小的程度，只要PML對仿真結果的影響小到一定程度就可以了。
一般建議，PML應該離開物體（更準確地說應該是折射率變化的地方）半個波長左右，有時可以更小。其次，PML應該位於均勻網格區域，另外，PML的參數（一般是層數）要合適以便能吸收足夠的場，這個對僅提高網格精度的仿真更爲重要，因爲網格變細後，如果層數不改變，總厚度只有幾十個納米，吸收性能可能變差。
要檢查PML的設置（位置，層數）是否得當，可以將PML變遠（即增加仿真區大小），或增加層數，看看結果的變化是否顯着，差別 否可以接受如果不能，應該調整PML的設置。
缺省的設置一般建議使用拉伸座標PML如果入射角比較大，可以選用陡的角度;如果在採取其它措施後仿真仍然發散，可以選用穩定對於熟練用戶，可以選擇Custom，這個選項需要調整PML的其它參數。實際上Steep Angle和Stabilized就是針對特殊情況而定製的PML。
Q:網格覆蓋可以包括pml嗎？我發現pml會變得更薄呢，這樣會影響仿真結果嗎？
A:一般不建議在PML附近用很細的覆蓋網格。這是因爲，原來的PML的層數是按照一般網格精度設置的，基本保證PML的反射不影響仿真結果。如果網格變細，PML的總厚度也變細，而PML對電磁場的有效吸收不僅取決於層數，也取決於總厚度。
在PML附近一般用覆蓋加粗網格使得PML有足夠的厚度，這一句提示在PML之前立即增加網格尺寸
此外，覆蓋網格一般用於分辨細小的物體，例如薄層，空隙等不能被auto nonuniform mesh足夠分辨的地方，或者場變化非常劇烈的地方。
軟件缺省的也是我們極力推薦的是stretched-coordinate PML。爲了方便用戶使用，我們將這種技術分爲幾種情況，屆時只要選取合適的PML就可以了：
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Standard
該設置針對大多數應用能夠在使用最少層數情況下提供很好的吸收。一般情況下物體應該穿透PML。如果物體僅延伸到PML裏面一部分（例如一些光子晶體器件），有可能產生仿真發散，此時可以選用Stabilized -
Stabilized
爲了降低仿真發散的可能性，此PML選用更多的層數但是更緩慢的吸收。 -
Steep Angle
當仿真區的電磁場一較大角度入射到PML上時，例如一些週期結構，對PML要求更高，此時可以選用 -
Custom
前面三種PML的材料參數都是固定的，用戶只能調整層數。對於有經驗的用戶，可以通過調整PML的材料參數實現更好的性能。
根據需要，用戶可以將所有需要PML的方向設置爲相同的PML，例如散射問題，也可以設置爲不同的PML，例如環形諧振腔器件。不同方向可以使用不同的PML， 例如x方向兩邊都使用 Stabilized：
當然前提是通過診斷知道發散是x方向PML引起的，例如可以用視頻監視器查看。
如何選？只有StretchedPML纔有上面4個選項。一般情況下，所有方向的PML選用同種類型和層數，當然根據需要也可以不同方向選擇不同的類型，例如
此時需要不能選Same Settings On All Boundaries，然後點擊對應座標下的Profile那一欄的Standard（缺省的都是Standard）
偶爾需要使用Uniaxial AnisotropicPML：
一般是StretchedPML無論如何調整都得不到需要的效果時才用它測試。
此外，實際的PML匹配層經過離散後仍然有一定的反射，因此使用時，既不要對它有苛刻的要求，例如要求反射率不能高於1E-6（也是可以做到的，不過沒有必要），也要注意其反射對結果的影響。後者可以通過增加PML的距離等檢查。