聚集索引和二級索引
每個InnoDB表都有一個特殊的索引叫做聚集索引（clustered index），這個索引上存放了所有表中的行。通常，聚集索引是主鍵的同義詞。
- 若在表上定義了主鍵，那麼就會把這個主鍵作爲聚集索引。最好給每張表都定義一個主鍵。如果沒有邏輯上唯一非空的一列或多列，就給表加一個自增的列作爲主鍵。
- 若沒有定義主鍵，mysql會使用第一個沒有Null值的唯一索引作爲聚集索引
- 若沒有主鍵或合適的唯一索引，InnoDB會內部生成一個叫做gen_clust_index的隱藏聚集索引，這個索引包含所有列和一個行ID。行是按照行ID的順序排列的。行ID是一個6字節的區域，新行寫入是單調遞增。因此，行的排列順序是按照物理寫入的順序。
聚集索引如何加速查詢
通過聚集索引訪問一行是很快的，因爲掃描索引可以直接定位一整行的數據。如果表很大，相較於那種將行數據分散在不同索引記錄頁的存儲結構，聚集索引的這種結構更加節約磁盤IO操作。
二級索引和聚集索引之間的關係
所有非聚集索引都是二級索引。在InnoDB中，每個二級索引中的記錄都含有對應的主鍵列值，也就是這個二級索引中的唯一標誌。InnoDB就是通過主鍵列值來搜索聚集索引中的行。
如果主鍵很長，那二級索引自然就會佔用更多的空間，所以最好使用較短的主鍵。
索引的物理結構
除了空間索引之外，InnoDB索引都使用B-tree數據結構。空間索引使用R-trees，這是一種專門用於多維數據的特殊的索引結構。索引記錄存放在B-tree或R-tree結構的葉子頁上。索引頁的默認大小爲16k。
當新紀錄寫入聚集索引時，每個頁會預留1/16的空間來用於將來可能出現的insert或update。如果索引記錄是順序寫入（升序或降序），索引頁可以被填充至大約15/16。若記錄是以隨機的順序寫入，索引頁的飽滿程度約爲1/2至15/16區間。
當創建或重建B-tree索引時，InnoDB使用的是批量加載的方式。這種索引創建方式叫做排序索引創建（sorted index build）。InnoDB_fill_factor變量規定了每個B-tree索引頁在被批量加載時填充的飽滿程度百分比（在15/16的基礎上）。innodb_fill_factor默認值爲100，表示預留1/16用於索引頁後續增長。另外，R-tree空間索引不支持排序索引創建。
排序序索引創建
創建索引分三個階段，第一階段會掃描聚集索引，然後生成索引條目並加入排序緩存。當排序緩存佔滿時，會使用外部臨時文件。第二階段將第一階段生成的多個排序結果進行合併排序。第三階段將最終排序結果寫入B-tree。
如果一個InnoDB索引頁的填充比降低至低於MERGE_THRESHOLD（默認爲最大值50，最小爲1），InnoDB會嘗試將索引頁（相鄰的）合併以釋放空間。
也可以設定表級別MERGE_THRESHOLD（對該表上所有索引生效）:
ALTER TABLE t1 COMMENT='MERGE_THRESHOLD=40';甚至是索引級別MERGE_THRESHOLD:
ALTER TABLE t1 ADD KEY id_index (id) COMMENT 'MERGE_THRESHOLD=40';但對於自動生成的聚集索引GEN_CLUST_INDEX，只能使用表級別的或實例級別的MERGE_THRESHOLD
innodb_page_size配置選項用於爲Mysql實例中的所有InnoDB表空間定義頁面大小（page size）。這個選項只能在初始化實例時配置。頁面大小支持64KB，32KB，16KB，8KB和4KB，其中32KB和64KB是5.7中新加入的支持，16KB爲默認大小。