Linux使用樹狀的目錄結構組織文件，簡單來說就是在一個目錄中放置子目錄和文件，子目錄中可以繼續放置子目錄和文件，以此類推，形似一棵樹的分支。Linux的這種文件結構的起始點爲“根目錄”，就是“/”，是一切文件的起點。FHS（文件系統層次標準）定義了在根目錄下的主要目錄和每個目錄內應該放置的文件。請注意在Linux中，“文件”是一種很寬泛的概念，一切皆文件。所以不管是目錄還是設備，都是一種文件，或者說，只要是在系統中可以看到的都是文件。
一、文件類型
用戶可以通過“ls -al 目錄”顯示文件類型。通過ls -al 顯示出來每行每個文件或者目錄信息的第一字符，來判斷文件類型。
第一字符爲[d]，代表是一個目錄。
第一字符爲[-]，代表是一個文件。
名稱爲 . ，代表當前目錄；爲..，代表當前目錄的上一級目錄（這和Windows相同）
文件名以.開始，如下圖中的.bash_logout代表是一個隱藏文件或目錄。
相比Windows下的文件，Linux的文件類型，除了常規文件（純文本文件、二進制文件、數據文件等）外，還有以下文件：
輸入命令 ls -al /dev （顯示/dev下的所有文件的詳細信息）
區塊設備文件：第一個屬性字符爲[b]，一般是代表一些存儲設備。如sda代表第一塊SATA或者SCSI硬盤，hda代表第一塊IDE硬盤。
字符設備文件：第一個屬性字符爲[c]，一般是一些串行端口的接口設備，如鼠標鍵盤。
鏈接文件：第一個屬性字符爲[l]的文件，它又區分爲軟鏈接和硬鏈接。
數據接口文件：第一屬性字符爲[s],這種類型的文件通常被用在網絡上的交換數據。
（輸入命令 ls -al /run | grep ^s
數據輸送文件(FIFO,pipe):一種特殊的文件類型，主要用來解決多個程序同時讀寫一個文件所造成的錯誤問題，FIFO是先進先出(first in first out）的縮寫，即管道。
2、文件擴展名
基本上，Linux沒有所謂擴展名的概念，這一點和Windows有很大差別。在Windows下，.com .exe .bat 通常代表可執行文件，還有.dll等類型文件。但在Linux下，一個文件是否能被執行，它主要由兩方面決定：一是它的內容是否是可執行代碼，二是用戶否具有可執行權限。跟它是否有擴展名、擴展名爲什麼無關。
當然Linux也通過一些特定的擴展名來區分一些特殊類型的文件，
*.sh：代表腳本或批處理文件
*.Z，*.tar *.tar.gz *.zip *.tga：代表經過打包的壓縮文件
*.html *.php：網頁文件。
3、文件名的限制
單一文件或目錄最大容許文件名爲255個字符，英文最大255個字符長度，漢字大約128個之間。
由於有些特殊字符在命令模式有特殊意義，所以* ? < . ; & ! { } | \ ' '" ` ( ) { } 等字符不能在文件名中存在。
4、目錄配置依據(FHS)
由於Linux開源，爲了保證規範，Linux逐漸形成了的軟件開發商、操作系統製作者、以及想要維護系統的使者，都能夠遵循的目標配置依據FHS(文件系統層次化標準）.
事實上，FHS針對目錄樹架構僅定義出三層目錄下面應該放置什麼數據而已，分別是：
/ （root, 根目錄）：與開機系統有關；
根目錄是整個系統最重要的一個目錄，因爲不但所有的目錄都是由根目錄衍生出來的，同時根目錄也與開機/還原/系統修復等動作有關。 由於系統開機時需要特定的開機軟件、核心文件、開機所需程序、函數庫等等文件數據，若系統出現錯誤時，根目錄也必須要包含有能夠修復文件系統的程序才行。 因爲根目錄是這麼的重要，所以在FHS的要求方面，他希望根目錄不要放在非常大的分區內， 因爲越大的分區你會放入越多的數據，如此一來根目錄所在分區就可能會有較多發生錯誤的機會。因此FHS標準建議：根目錄（/）所在分區應該越小越好， 且應用程序所安裝的軟件最好不要與根目錄放在同一個分區內，保持根目錄越小越好。 如此不但性能較佳，根目錄所在的文件系統也較不容易發生問題。
/usr （unix software resource）：與軟件安裝/執行有關；
/var （variable）：與系統運行過程有關。
根目錄(/)FHS要求必須要存在的目錄
根目錄(/)FHS建議可以存在的目錄
/home：是系統默認的使用者主文件夾（home directory）。在用戶新增一個一般使用者帳號時， 默認的使用者主文件夾都會規範到這裏來。比較重要的是，主文件夾有兩種代號喔：~：代表目前這個使用者的主文件夾 ~fromheart ：則代表fromheart 的主文件夾。
/lib<qual>：用來存放與 /lib 不同的格式的二進制函數庫，例如支持 64 位的 /lib64 函數庫等
/root：系統管理員（root）的主文件夾。之所以放在這裏，是因爲如果進入單用戶維護模式而僅掛載根目錄時，該目錄就能夠擁有root的主文件夾，所以用戶會希望root的主文件夾與根目錄放置在同一個分區中。
/usr/下FHS要求必須要存在的目錄
/usr/bin/：所有一般用戶能夠使用的指令都放在這裏！目前新的 CentOS 7 已經將全部的使用者指令放置於此，而使用鏈接文件的方式將 /bin 鏈接至此！也就是說， /usr/bin 與 /bin 是一模一樣了！另外，FHS 要求在此目錄下不應該有子目錄。
/usr/lib/： 基本上，與 /lib 功能相同，所以 /lib 就是鏈接到此目錄中的。
/usr/local/：系統管理員在本機自行安裝自己下載的軟件（非distribution默認提供者），建議安裝到此目錄， 這樣會比較便於管理。
/usr/sbin/：非系統正常運行所需要的系統指令。最常見的就是某些網絡服務器軟件的服務指令（daemon），不過基本功能與 /sbin 也差不多， 因此目前 /sbin 就是鏈接到此目錄中的。
/usr/share/：主要放置只讀架構的數據文件，當然也包括共享文件。在這個目錄下放置的數據幾乎是不分硬件架構均可讀取的數據， 因爲幾乎都是文字文件，在此目錄下常見的還有這些次目錄：/usr/share/man：線上說明文檔；/usr/share/doc：軟件雜項的文件說明 /usr/share/zoneinfo：與時區有關的時區文件
/usr下FHS建議可以存在的目錄
/usr/games/： 與遊戲比較相關的數據放置處。
/usr/include/：c/c++等程序語言的文件。
/usr/libexec/：某些不被一般使用者慣用的可執行文件或腳本（script）等等，都會放置在此目錄中。例如大部分的 X 窗口下面的操作指令， 很多都是放在此目錄下的。
/usr/lib<qual>/： 與 /lib<qual>/功能相同，因此目前 /lib<qual> 就是鏈接到此目錄中。
/usr/src/：一般源代碼建議放置到這裏。至於核心源代碼則建議放置到/usr/src/linux/目錄下。
/var/下FHS要求必須要存在的目錄
/var/cache/： 應用程序本身運行過程中會產生的一些暫存盤；
/var/lib/：程序本身執行的過程中，需要使用到的數據文件放置的目錄。在此目錄下各自的軟件應該要有各自的目錄。 舉例來說，MySQL的數據庫放置到/var/lib/mysql/而rpm的數據庫則放到/var/lib/rpm去！
/var/lock/：某些設備或者是文件資源一次只能被一個應用程序所使用，如果同時有兩個程序使用該設備時， 就可能產生一些錯誤的狀況，因此就得要將該設備上鎖（lock），以確保該設備只會給單一軟件所使用。
/var/log/：日誌文件目錄，裏面比較重要的文件如/var/log/messages, /var/log/wtmp（記錄登陸者的信息）等。
/var/mail/：放置個人電子郵件信箱的目錄，不過這個目錄也被放置到/var/spool/mail/目錄中！ 通常這兩個目錄是互爲鏈接文件。
/var/run/：某些程序或者是服務啓動後，會將他們的PID放置在這個目錄下。與 /run 相同，這個目錄鏈接到 /run去了！
/var/spool/：這個目錄通常放置一些隊列數據。
其他重要目錄
/lost+found：這個目錄是使用標準的ext2/ext3/ext4文件系統格式纔會產生的一個目錄，目的在於當文件系統發生錯誤時， 將一些遺失的片段放置到這個目錄下。不過如果使用的是 xfs 文件系統的話，就不會存在這個目錄了！
/proc：這個目錄本身是一個“虛擬文件系統（virtual filesystem）”。他放置的數據都是在內存當中， 例如系統核心、行程信息（process）、周邊設備的狀態及網絡狀態等等。因爲這個目錄下的數據都是在內存當中， 所以本身不佔任何硬盤空間啊！比較重要的文件例如：/proc/cpuinfo, /proc/dma,/proc/interrupts, /proc/ioports, /proc/net/* 等等。
/sys：這個目錄其實跟/proc非常類似，也是一個虛擬的文件系統，主要也是記錄核心與系統硬件信息較相關的信息。 包括目前已載入的核心模塊與核心偵測到的硬件設備信息等等。這個目錄同樣不佔硬盤容量。