首先MingW和cygwin都可以用來跨平臺開發。
MinGW是Minimalistic GNU for Windows的縮寫，也就是Win版的GCC。
Cygwin則是全面模擬了Linux的接口，提供給運行在它上面的的程序使用，並提供了大量現成的軟件，更像是一個平臺。
相對的MingW也有一個叫MSys（Minimal SYStem）的子項目，主要是提供了一個模擬Linux的Shell和一些基本的Linux工具。因爲編譯一個大型程序，光靠一個GCC是不夠的，還需要有Autoconf等工具來配置項目，所以一般在Windows下編譯ffmpeg等Linux下的大型項目都是通過Msys來完成的，當然Msys只是一個輔助環境，根本的工作還是MingW來做的。
用MingW和cygwin編譯出來的程序的區別。
首先MingW和cygwin都不能讓Linux下的程序直接運行在Windows上，必需通過源代碼重新編譯。
現代操作系統包括Windows和Linux的基本設計概念像進程線程地址空間虛擬內存這些都是大同小異的，之所以二者上的程序不能兼容，主要是它們對這些功能具體實現上的差異，首先是可執行文件的格式，Window使用PE的格式，並且要求以.EXE爲後綴名。Linux則使用Elf。其次操作系統的API也不一樣，如Windows用CreateProcess()創建進程，而Linux使用fork()。 所以要移植程序必然要在這些地方進行改變，MingW有專門的W32api頭文件，來把代碼中Linux方式的系統調用替換爲對應的Windows方式。而Cygwin則通過cygwin1.dll這個文件來實現這種API的轉換，並模擬一個Linux系統調用接口給程序，程序依然以Linux的方式調用系統API，只不過這個API在cygwin1.dll上，cygwin1.dll再調用Windows對應的實現，來把結果返回給程序。
可以用查看他們編譯好的程序的導入表來驗證這點。二者生成的程序都是能在Windows上運行的EXE文件，顯然都是PE格式，用一個PE格式查看工具檢查一下就能發現，Cygwin生成的程序依然有fork()這樣的Linux系統調用，但目標庫是cygwin1。而MingW生成的程序，則全部使用從KERNEL32導出的標準Windows系統API。這樣看來用Mingw編譯的程序性能會高一點，而且也不用帶着那個接近兩兆的cygwin1.dll文件。但Cygwin對Linux的模擬比較完整，甚至有一個Cygwin X的項目，可以直接用Cygwin跑X。另外Cygwin可以設置-mno-cygwin的flag，來使用Mingw編譯。而與Cygwin更有可比性的MSys上的工具也是通過Cygwin這種模擬的方式來提供的。總之這兩個項目有千絲萬縷的關係，一個不恰當的比方，如果Mingw是MFC，Cygwin就是.NET了。
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1.修改編譯器,讓window下的編譯器把諸如fork的調用翻譯成等價的形式--這就是mingw的做法.2.修改庫,讓window提供一個類似unix提供的庫,他們對程序的接口如同unix一樣,而這些庫,當然是由win32的API實現的--這就是cygwin的做法.
