下面的步骤参考了以下几个网址：
http://www.nsnam.org/wiki/index.php/HOWTO_configure_eclipse_with_ns-3
http://matinrad.com/index.php/2010/02/ns-3-and-eclipse/
http://www.anand-iyer.com/blog/?p=29
第一步：
下载NS3和Eclipse CDT，这步就不赘述了。
下面是主要的两步，想要详细其他功能参考：详细eclipse配置c/c++过程和方法
sudo apt-get install eclipse
sudo apt-getinstall eclipse eclipse-cdt
第二步：
在eclipse里新建一个C++ Project，类型为EmptyProject，名字随意（我这里采用了ns3）。然后把NS3解压后其中waf工具所在的目录（随版本有所不同，写本文时的目录名是ns-3.12.1）下所有文件移到eclipse的workspace下的ns3中。
第三步：
在ns3这个项目的属性里C/C++ Build中，在右面的Builder Settings标签项中去掉use defaultbuild command复选框中的钩，buildcommand中输入${workspace_loc:/ns3/waf}，去掉generate makefilesautomatically复选框中的钩，在builddirectory中输入${workspace_loc:/ns3/build}。在Behavior标签项中，WorkbenchBuild Behavior中的复选框都选上，前两个的值都为build，最后一个是clean，最后点OK保存。这时就可以点击BuildProject进行build和clean了。
第四步：
在“Run->Debug Configurations”里，在C/C++Application里新建一个配置，名字随意（如ns3 Run）。在右面的Main标签项中，C/C++Application下写对应的程序，如build/debug/scratch/first（注意，编译好的文件都放在这个debug文件下，scratch文件夹下的文件也会自动编译）。Project下面就写项目名（我的是ns3）就可以了。然后在Enviroment标签项里新建一个环境变量，Name是LD_LIBRARY_PATH，Value是${workspace_loc:ns3}/build/debug。接着应用即可。（注意，这样Run或者Debug出来的结果和waf--run出来的是不一样的，因为这里是直接从build好的文件开始运行的。）
第五步：
如果要模拟waf的功能，可以像下面这么做：在“Run->External Tools->External ToolsConfigurations”里，promgram中新建一个名字随意（如ns3-waf）的配置。在右面的Main标签项中，Location处填写${workspace_loc:/ns3/waf}，WorkingDirectory处填写${workspace_loc:/ns3}，Arguments处填写--run"${string_prompt}"即可。如此运行时会要求输入${string_prompt}所代表的部分。（注意，这样Run出来的结果和waf--run是一样的，都有几行的'build'
finished successfully (0.922s)之类的信息。）
通过如上的五步，就可以在Eclipse里开发NS3了。如果发现打开的源文件有一大堆错误，但却不影响编译运行，那是代码分析器的问题，需要重建一下项目的Index。重建后再打开这些有错的文件，就不再显示错误了。（这个能不能说也是Eclipse的一个小问题呢...）
注意：
1.在第一次编译时会报错“The project was notconfigured: run "waf configure" first!”。，就去目录地下执行./waf
configure,然后再编译
2.在scratch目录下的程序可能会报错，这个并不是正真的错误，重启，或是将报错的语句注释，然后再将注释去掉，就是编辑一下，就会消除报错，比较奇怪，感觉应该是更新的问题。
3.Eclipse不认识NS3的头文件，在IDE中会显示一大堆错误信息，比如头文件找不到，这个貌似是不用管，直接运行，比如first.cc,虽然报错，但是还是可以正常运行，这个问题折腾了我好久--！
解决方案：windows->perference->c/c++->indexer中进行设置是否包括头文件。
贴一下英文的步骤，可以辅助着来看
http://www.nsnam.org/wiki/HOWTO_configure_Eclipse_with_ns-3
