由於教育部以及大衆在做專業實力評定時往往忽視高校之外的研究院所，所以這裏特別做補充。
中科院系統內有不少所從事計算機相關研究，但大家一般以熟悉計算所和軟件所的爲多，實際上，還有京區網絡中心，這三個地方研究的方向完全屬於計算機科學與技術一級學科。另外還有自動化研究所，數學與系統科學研究院，研究生院本部，電子所，聲學所，高能物理研究所，空間中心等，也有計算機相關的專業，由於不爲太多人所瞭解，往往競爭壓力相對小，但像自動化所、數學所這種實力超強的地方競爭壓力和計算所都有一拼。以上這些都是京區各所，像京區的計算所、軟件所在外地會有分部，另外京外也有獨立的研究所。總體來說，外地各所的競爭壓力也小於京區的所。
以下分研究方向進行介紹，主要還是以京區計算所和軟件所爲主。
理論計算機科學：中科院軟件所計算機科學國家重點實驗室專門從事理論計算機科學相關方向的研究，方向非常雜，包括並行計算，複雜性理論，形式化方向，Petri網等。有中科院院士林惠民（其實還有其他院士，但估計不帶研究生了，林院士也只帶保送生）。信息安全國家重點實驗室有從事密碼學方向的研究。計算所有做編譯的老師。對於計算理論這些東西，要求數學基礎相當好，並且喜歡抽象和在別人看來枯燥的東西，而且基本上確定了你以後就要做研究。
人工智能：聽起來時髦的名詞，其實也是理論性很強的學科，包羅的東西很廣，像機器學習、神經網絡、遺傳算法、多Agent系統、計算語言學、機器證明、專家系統、語義Web等，甚至包括數據挖掘、模式識別和機器人學。但跟理論計算機科學比，除了數學，還可以有代碼（想像一下做計算複雜性，大概是不需要做Coding的），寫出一個實際的系統。機器證明自然不得不提到吳文俊，但癩蛤蟆還是不要去想吃天鵝肉的好。計算所的史忠植，研究多Agent系統做得不錯。數學與系統科學研究院的陸汝鈐院士做智能軟件工程，軟件所有一些老師做中文信息處理中心，應該是以前孫玉芳老師的學生。總的來說，AI集中在計算所的智能信息中心。
計算機系統結構：也就是大家理解中的“硬件”。中科院計算所擁有中國三大高性能計算機的曙光大型機，又擁有“龍芯”，實力自己無須多言。軟件所自然不可能有這個方向。在計算所的導師名單裏還能看到夏奶奶，不知道是不是還是這樣，另外有像李國傑（計算所所長，中國工程院院士），胡偉武（GodSon的老大）等牛導。計算所下面還有一個專門的智能計算機研發中心。
計算機網絡：說到網絡，自然少不了網絡中心。嚴格地說，真正是做“網絡”的人少，但網絡這個概念太紅，什麼都可以往上拉，嚴格意義上的網絡是指研究網絡協議，Error Control，Flow Control之類的基礎的東西，也就是現在計算機網絡本科課程裏所說的那些東西深入再深入。另外計算所和軟件所都有研究像分佈式計算和網格計算的東西。嚴格地說，這應該歸入計算系統結構之列。所以計算機下各研究方向有時也不可能劃分得明確到涇渭分明的程度，或多或少有所交叉。
軟件工程：好傢伙，軟件工程這概念火啊，火到忽悠我本科報了軟件工程這專業，結果發現軟件工程是做“工程”的，而我喜歡的是“軟件”。中科院的軟件工程主要集中在軟件所，包括人機交互實驗室，基礎軟件中心（中科方德），軟件工程中心（中科軟），互聯網實驗室，懷疑佔了軟件所的一半！這裏說的軟件工程不是指軟件學院中的工程碩士哦！不過國內很難說有做軟件工程理論研究的地方，基本上還是練項目。中科院其實也有“軟件學院”，不過名字叫計算與通信工程學院軟件工程雙證班，實力不知如何。
信息安全：終於說到我的專業了，呵呵，中科院擁有信息安全國家重點實驗室（研究生院本部和軟件所），實力在全國數一數二，也基本涵蓋了信息安全的各個方向。安全這個概念本身也相對雜，因此研究者應該對計算機各領域的瞭解相對更廣。除了國家重點實驗室，在計算所也有一些老師做相關研究，軟件所基礎軟件中心也有老師做可信計算，網絡中心也有網絡安全的研究方向。
圖形學相關方向：包括圖形學、模式識別、虛擬現實。圖形學主要是軟件所計算機科學國家重點實驗室的吳恩華、王文成等老師在做。模式識別則不得不提自動化所的模式識別國家重點實驗室和鐵牛哥，雖然其方向不屬於計算機，但可以選考計算機的專業課。虛擬現實主要是計算所在做。
此外，還有一些方向沒有提到，比如交叉類的GIS，或是綜合類的大型信息系統之類的，大家可以自已通過其它方式瞭解。
