Hibernate可以使用XML檔案或properties檔案來配置SessionFactory，默認的配置文件名稱爲hibernate.cfg.xml或hibernate.properties，使用下面的方式來讀入文件以配置Hibernate：
Configurationconfig = new Configuration().configure();當您使用new建構Configuration對象時，會讀取Classpath路徑下的 hibernate.properties，如果您呼叫Configuration的configure()方法沒有指定路徑與文件名時，則會再讀取Classpath路徑下的hibernate.cfg.xml，如果有與hibernate.properties相同的屬性設定，則hibernate.cfg.xml中的設定會覆蓋hibernate.properties中的設定。
默認的XML配置文件名稱是hibernate.cfg.xml，您也可以自行指定檔案路徑與名稱，例如：
Configuration config = newConfiguration().configure("/config/db.cfg.xml");在取得Configuration實例後，您還可以撰寫程序的方式來設定新的屬性，或甚至讀入另一個HBM配置文件案，例如：
Configuration config = new Configuration
.configure()
.setProperty(Environment.FORMAT_SQL,"true")
.addResource("Room.hbm.xml");
所有的屬性設定，在Hibernate中都對應於Environment類別中的一個靜態成員，例如format_sql就對 應於Enviromnent.FORMAT_SQL，connection.driver_class就對應於Environment.DRIVER。
爲了配置文件時更有彈性，您可以使用系統屬性來指定，例如在hibernate.cfg.xml中撰寫：
...
<property name="show_sql">${displaysql}</property>
<!-- 將顯示的SQL排版，方便觀看 -->
如此，若在啓動Java時，加上-Ddisplaysql=true，則可觀看到產生的SQL語句。
使用屬性檔案進行配置時，文件名是hibernate.properties，必須放置在Classpath之下，一個例子如下：
- hibernate.properties
hibernate.show_sql = true
hibernate.format_sql = true
hibernate.dialect = org.hibernate.dialect.MySQLDialect
hibernate.connection.driver_class = com.mysql.jdbc.Driver
hibernate.connection.url = jdbc:mysql://localhost/demo
hibernate.connection.username = caterpillar
hibernate.connection.password = 123456
由於properties檔案中不包括映像文件的名稱，爲了要取得對象至資 料庫表格的映像文件，您必須在程序中如下加載：
Configuration cfg = new Configuration().addClass(User.class).addClass(Room.class);第一個addClass()加入位於Classpath根目錄下的User.hbm.xml，第二個addClass()加入Room類別的映像文件，該 文件必須位於與User類別同一個目錄，也就是/Room.hbm.xml。
在Hibernate下載文件中的etc目錄下，有hibernate.cfg.xml與hibernate.properties可供設定參考。
Configuration的實例管理Hibernate的配置訊息，通常用於建立SessionFactory，例如：
SessionFactory sessionFactory =config.buildSessionFactory();每個內建的Hibernate類型，在 org.hibernate.Hibernate類別中都有對應的常數，例如Hibernate.STRING。基本上，Hibernate會使用 Reflection自動找出屬性的數據型態，所以type屬性在使用POJO時可以省略不設，如果有特別設定，則Hibernate就不用使用 Reflection來找出類型，不過在使用
動態模型（Dynamic Model），type屬性則是必須設定的，用以得知動態模型中應放入哪種類型的對象。
<generator>設定主鍵的生成方式，可以設定"native"表示由Hibernate自動根據Dialect選擇 採用 identity、hilo、sequence等作爲主鍵生成方式，也可以考慮採用uuid由Hibernate根據128位UUID算法（128- bit UUID algorithm）生成16進位制數值，並編碼爲32位長度的字符串，還有其它的主鍵生成方式，可以參考官方手冊的Generator
說明。
您可以在<hibernate-mapping>上設定package屬性，如此一來，文件中要設置類別名稱時，就不用寫出完整的package，例如：
<hibernate-mapping package="onlyfun.caterpillar">
<!--類別名稱與表格名稱映像-->
<classname="User" table="user">
....
</class>
</hibernate-mapping>在使用HQL時，您可以只使用類別名稱來替代完整名稱：
// 相當於寫"from onlyfun.caterpillar.User"
Query query = session.createQuery("fromUser");
另一種解決的方式，是在<hibernate-mapping>中使用<import>設定別名，例如：
<hibernate-mapping>
<importclass="onlyfun.caterpillar.User" rename="DemoUser"/>
</hibernate-mapping>
之後在指定HQL中，即可使用這個別名：
Query query = session.createQuery("from DemoUser"); 對於一些不能爲空的屬性，可以在<property>上加上not-null屬性爲true，如此Hibernate可以直接檢查屬性是否爲null，而不用等進入到數據庫中再作檢查。
如果有某個屬性，其值取決於表格字段自己產生的值，而非程序中主動設定的值，例如數據新增時，會由數據庫產生新增時的時間，而這個值想要主動提取至對象的對應屬性，則可以在<property>上設定generated屬性，例如：
...
<propertyname="time" column="time"
insert="false" update="false"generated="always"/>
如上設定之後，當對象儲存時，time屬性並不會參與儲存，而是由數據庫產生time域值，再SELECT出來設定給time屬性，由於並非實際要儲存屬性，所以設定insert爲false，而由於這個字段由數據庫維護，所以update設定爲false。
如果對象上有個屬性，實際上並沒有字段與之對應，您只是想藉由數據庫中的字段查詢來取得，例如使用COUNT函式來取得所有的筆數，則您可以使用formula屬性，例如：
...
<propertyname="average" formula="(SELECT AVG(u.age) FROM T_USERu)"/>
