方法一：
1) 假定Windows CE.NET目標工程目錄爲D:\WINCE600\OS_try，並且工程已經Build成功，假定Windows CE.NET的應用程序爲MyApp.exe；
2) 將應用程序MyApp.exe複製到OS_try工程目錄D:\WINCE600\OS_try\RelDir\xxx_Release 下
3) 修改OS_try工程的project.bib或者platform.bib文件，在FILES Section添加如下內容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
這裏$(_FLATRELEASEDIR)相當於D:\WINCE600\OS_try\RelDir\xxx_Release 目錄.文件屬性如下:
S:系統
H:隱藏
R:壓縮的資源文件
C:壓縮文件
U:非壓縮文件
4) 創建快捷方式文件MyApp.lnk，（先建文本文件,寫入內容後再改擴展名爲.lnk)文件內容如下：
18#\Windows\MyApp.exe
WINCE的快捷方式和WIN2K,XP的不同,只是一個後綴名爲.LNK的文本文件.
其格式如下: 數字#路徑
比如,有個快捷方式寫法如下:23#\Windows\ToolViewer.exe
指的是指向WINDOWS文件夾下的Toolviewer.exe可執行文件.數字究竟代表的是什麼意思,我也不太清楚;有一說法是#後的ACSII字符 的數量,但如果把上述例子改爲1#\Windows\ToolViewer.exe也可正常運行,但去掉數字則系統無法識別.雖然可以正常使用,但建議還 是按照文檔#之後的ACSII字符數量填寫.
將MyApp.lnk文件也放入到OS_try工程目錄d:\WINCE600\OS_try\RelDir\xxx_Release 下
5) 修改OS_try工程的project.bib或者platform.bib文件，在FILES Section添加如下內容：
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
6) 修改Os_try工程的project.dat文件，添加如下內容：
Directory("\Windows\StartUp":)-File("MyApp.lnk","\Windows\MyApp.lnk")
實際上第3步已經將MyApp.exe添加到了\windows目錄下,所以這裏只加快捷方式,如果是再拷執行文件到ram目錄的話就有些浪費了.
注意:如果是已經成功編譯完nk的,直接改d:\WINCE500\OS_try\RelDir\xxx_Release 目錄下的platform.bib,project.dat等文件,選Platform Builder IDE：【Build】->【Make RunTime Image】（記得千萬不要Build或者Rebuild，否則前功盡棄，需從頭再來）
注：如果改的OS_try下的屬性就只能全部Build了。
方法二： 主要思想：將應用程序添加到映象裏，然後用你的應用程序直接替換Wince的桌面程序。
步驟：
1. 像方法一一樣把你的應用程序添加到映象裏。
2. 修改shell.reg（可以再XXX_Release文件夾下找）：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init] "Launch50"="explorer.exe" "Depend50"=hex:14,00,1e,00
把explorer.exe改成相應的應用程序（如：MyApp.exe）
3. 【Make RunTime Image】一下 （記得千萬不要Build或者Rebuild），把生成的NK.bin燒到設備中，這樣就可以看到應用程序MyApp.exe自啓動了。這樣的好處是啓動時wince桌面程序不會啓動了，壞處就是當把應用程序關閉時由於原先wince桌面程序的丟失而會造成死機。
方法三：將應用程序添加到映象中，然後修改註冊表，讓應用程序自啓動，但不替換wince的桌面程序，而是讓wince像加載桌面一樣加載應用程序。
步驟同方法二，只是在第二步中稍有不同：在shell.reg文件[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]之下添加如下語句：
"Launch80"="MyApp.exe" "Depend50"=hex:1e,00
注： "Depend50"=hex:1e,00用來設置啓動順序和依賴程序的。若應用程序不依賴與其它程序，這句可以不加。