方法一：
1) 假定Windows CE.NET目标工程目录为D:\WINCE600\OS_try，并且工程已经Build成功，假定Windows CE.NET的应用程序为MyApp.exe；
2) 将应用程序MyApp.exe复制到OS_try工程目录D:\WINCE600\OS_try\RelDir\xxx_Release 下
3) 修改OS_try工程的project.bib或者platform.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.exe $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.exe NK H
这里$(_FLATRELEASEDIR)相当于D:\WINCE600\OS_try\RelDir\xxx_Release 目录.文件属性如下:
S:系统
H:隐藏
R:压缩的资源文件
C:压缩文件
U:非压缩文件
4) 创建快捷方式文件MyApp.lnk，（先建文本文件,写入内容后再改扩展名为.lnk)文件内容如下：
18#\Windows\MyApp.exe
WINCE的快捷方式和WIN2K,XP的不同,只是一个后缀名为.LNK的文本文件.
其格式如下: 数字#路径
比如,有个快捷方式写法如下:23#\Windows\ToolViewer.exe
指的是指向WINDOWS文件夹下的Toolviewer.exe可执行文件.数字究竟代表的是什么意思,我也不太清楚;有一说法是#后的ACSII字符 的数量,但如果把上述例子改为1#\Windows\ToolViewer.exe也可正常运行,但去掉数字则系统无法识别.虽然可以正常使用,但建议还 是按照文档#之后的ACSII字符数量填写.
将MyApp.lnk文件也放入到OS_try工程目录d:\WINCE600\OS_try\RelDir\xxx_Release 下
5) 修改OS_try工程的project.bib或者platform.bib文件，在FILES Section添加如下内容：
MyApp.lnk $(_FLATRELEASEDIR)\MyApp.lnk NK H
6) 修改Os_try工程的project.dat文件，添加如下内容：
Directory("\Windows\StartUp":)-File("MyApp.lnk","\Windows\MyApp.lnk")
实际上第3步已经将MyApp.exe添加到了\windows目录下,所以这里只加快捷方式,如果是再拷执行文件到ram目录的话就有些浪费了.
注意:如果是已经成功编译完nk的,直接改d:\WINCE500\OS_try\RelDir\xxx_Release 目录下的platform.bib,project.dat等文件,选Platform Builder IDE：【Build】->【Make RunTime Image】（记得千万不要Build或者Rebuild，否则前功尽弃，需从头再来）
注：如果改的OS_try下的属性就只能全部Build了。
方法二： 主要思想：将应用程序添加到映象里，然后用你的应用程序直接替换Wince的桌面程序。
步骤：
1. 像方法一一样把你的应用程序添加到映象里。
2. 修改shell.reg（可以再XXX_Release文件夹下找）：
[HKEY_LOCAL_MACHINE\init] "Launch50"="explorer.exe" "Depend50"=hex:14,00,1e,00
把explorer.exe改成相应的应用程序（如：MyApp.exe）
3. 【Make RunTime Image】一下 （记得千万不要Build或者Rebuild），把生成的NK.bin烧到设备中，这样就可以看到应用程序MyApp.exe自启动了。这样的好处是启动时wince桌面程序不会启动了，坏处就是当把应用程序关闭时由于原先wince桌面程序的丢失而会造成死机。
方法三：将应用程序添加到映象中，然后修改注册表，让应用程序自启动，但不替换wince的桌面程序，而是让wince像加载桌面一样加载应用程序。
步骤同方法二，只是在第二步中稍有不同：在shell.reg文件[HKEY_LOCAL_MACHINE\init]之下添加如下语句：
"Launch80"="MyApp.exe" "Depend50"=hex:1e,00
注： "Depend50"=hex:1e,00用来设置启动顺序和依赖程序的。若应用程序不依赖与其它程序，这句可以不加。