/bin：系統有很多放置執行文件的目錄，但/bin比較特殊。因爲/bin放置的是在單人維護模式下還能夠被操作的指令。在/bin底下的指令可以被root與一般賬號所使用，主要有：cat、chmod、chown、date、mv、mkdir、cp、bash等等常用的指令。
/boot : 這個目錄主要在放置開機會使用到的檔案，包括Linux核心檔案以及開機選單與開機所需配置文件等等。Linux kernel常用的檔名爲：vmlinuz，如果使用的是grub這個開機管理程序，則還會存在/boot/grub/這個目錄。
/dev ：在linux系統上，任何裝置與接口設備都是以檔案的形態存在於這個目錄當中的。只要透過存取這個目錄底下的某個檔案，就等於存取某個裝置
/etc ：
1、/etc/init.d/:所有服務的預設啓動script都是這裏的，例如啓動或者關閉iptables的話：[/etc/init.d/iptables start /etc/init.d/iptables stop]
2、/etc/xinetd.d/ : 這就是所謂的super daemon 管理的各項服務的配置文件目錄。
3、/etc/X11/ ：與X Window有關的各種配置文件都在這裏，尤其是xorg.conf這個X Server的配置文件。
/home : 這是系統默認的用戶家目錄（home directory）。在你新增一個一般使用者賬號時，默認的用戶家目錄都會規範到這裏來。比較重要的是，改目錄由兩種代號：
a、 [~]代表目前這個用戶的home目錄
b、[~centos]代表centos的home目錄
/bin ：系統的函式庫非常的多，而/lib放置的則是在開機時會用到的函式庫，以及在/bin或/sbin底下的指令會呼叫的函式庫而已。
/media ：放置可移除的裝置。如軟盤、光盤、DVD等等裝置。常見的檔名有/media/floppy,/media/cdrom等等。
/mnt ：如果你想要暫時掛載某些額外的裝置，一般建議你可以放置到這個目錄中。早些時候，這個目錄的用途與/media相同。
/opt ：這個是給第三方協力軟件放置的目錄。如：KDE這個桌面管理系統是一個獨立的計劃，不過他可以安裝到Linux系統中，因此KDE的軟件就建議放置到此目錄下。另外，如果你想要自行安裝額外的軟件（非原本的distribution提供的），也可以將軟件安裝到這裏來。不過，也有建議放在/usr/local目錄下。
/root ：系統管理員的家目錄。之所以是這裏，是因爲如果進入單人維護模式而僅掛載根目錄時，改目錄就能夠擁有root的目錄，所以，一般也會將root的家目錄與根目錄放置在同一分隔槽中。
/sbin ：linux有非常多指令是用來設定系統環境的，這些指令只有root才能夠利用來[設定]系統，其他用戶最多隻能用來[查詢]而已。放在/sbin底下的爲開機過程中所需要的，裏面包括了開機、修復、還原系統所需要的指令。至於某些服務器軟件程序，一般放置到/usr/sbin/當中。至於本機自行安裝的軟件所產生的系統執行文件，則放置到/usr/local/sbin/當中了。常見的指令包括：fdisk,fsck,ifconfig,init,mkfs等等。
/srv ：srv可以視爲[service]的縮寫，是一些網絡服務啓動之後，這些服務所需要取用的數據目錄。常見的服務例如WWW,FTP等等。舉例來說， WWW服務器需要的網頁資料就可以放置在/srv/www/裏面。
/tmp ：這是讓一般用戶或者是正在執行的程序暫時放置檔案的地方。這個目錄是任何人都能夠存取的，所以你需要定期清理一下。當然，重要的數據不可放置在此目錄中。因爲FHS甚至建議在開機時，應該將改目錄的數據都刪除！
下面是linux自身就有也是非常重要的目錄：
/lost+found ：這個目錄是使用標準的ext2/ext3/ext4文件系統格式纔會產生的一個目錄，目的在於當文件系統發生錯誤時，將一些遺失的片段放置到這個目錄下。這個目錄通常會在分隔槽的最頂層存在，例如：加載一顆硬盤與/disk中，那在這個系統系就會自動產生一個這樣的目錄[/disk/lost+found]
/proc : 這個目錄本身是一個[虛擬文件系統]，放置的數據都是內存當中，如：系統核心、行程信息（process）、周邊裝置的狀態及網絡狀態等等。因爲這個目錄下的數據都是內存當中，所以本身不佔任何硬盤空間。較重要的檔案：/proc/cpuinfo /proc/dma /proc/interrupts /proc/ioprots /proc/net/*等等。
/svs : 這個目錄其實跟/proc非常類似，也是一個虛擬的文件系統，主要也是記錄與核心相關的信息。包括目前已加載的核心模塊與核心偵測到的硬件裝置信息等等。這個目錄同樣不佔硬盤容量。
注意：以下爲不能與根目錄分開的目錄：
/etc: 配置文件
/bin: 重要執行檔
/dev： 所需要的裝置檔案
/lib：執行檔所需的函式庫與核心所需的模塊
/sbin：重要的系統執行文件