一、安装MRT(MODIS Reprojection Tool)
安装准备：检查是否安装java.exe。Java版本至少为Java 2 Runtime Environment version 1.5或者是Java 2 SDK version 1.5或者更高的版本。在Windows平台中可以通过开始/搜索并输入java.exe来检查自己的电脑是否安装有java，也可以不检查直接重新安装一份。
解压安装包MRT_download_<platform>.zip。包含四个文件：mrt_install.bat，MRT_<platform>.zip，reg_set.exe， 以及unzip.exe。
双击mrt_install.bat，并按提示完成安装。
注：下载地址为https://lpdaac.usgs.gov/tools/modis_reprojection_tool，要先注册账号才能下载，注册的时候最好用国外邮箱，如雅虎什么的，反正QQ，163邮箱收不到验证链接。
二、使用MRT(MODIS Reprojection Tool）
(一）GUI界面操作
安装完成后，打开MRT的安装路径文件夹，打开bin文件夹，双击ModisTool.bat或者ModisTool.jar即可进 入MRT的GUI界面。
输入MODIS数据，选择输出NDVI和EVI，指定输出路径输出文件格式为GEOTIFF，采样方式为最近邻，投影类型为Albers Equal Erea，输出像元大小为250m，然后直接点击run就可以了。其中，投影参数设置见下图（STDPR1第一条标准纬线25，STDPR2第二条标准纬线为47，CentMer中央经线为105，datum基准面WGS84）：
（二）批处理拼接之一年以内的数据
备注：该操作数据及BAT文件须放在一个文件夹下（文件夹起名请用英文，MRT对中文路径数据会打不开）。
操作步骤:
1.新建一个DATA文件夹，将HDF数据拷到DATA文件夹下;
2.在DATA文件夹下再新建个Result文件夹（存放拼接后数据）;
3.将以下代码内容粘到一个TXT文件中，更改TXT文件扩展名为BAT即可，假设你命名该BAT文件名为MOSAIC.BAT；
4：点击MOSAIC.BAT，即可进行拼接操作。
注意：第一行代码里，把MRTDATADIR替换为你自己的MRTDATADIR名称，MRTDATADIR名称可以在安装目录里，找到ModisTool.bat，然后右键选择编辑中查看；
此外以下代码未考虑中间天数间断的情况，比如对MODIS时间分辨率为16天的数据，在一个应连续的等差数列中间有数据缺失，存在相差32天的情况，可能会报错，请注意。
set MRTDATADIR=f:\MOD_HDE_SOURCE
set /a DAY=2000049 rem ***开始日期***
set /a DEADLINE=2000353 rem ***结束日期***
:start
if %DAY% leq %DEADLINE% (goto ORDER) else exit
:ORDER
rem **将当天的图幅数据文件名放在一个TXT文件中**
dir *%DAY%.*.hdf/a/b/s > MOSAICINPUT.TXT
rem **拼接HDF12种数据中的第一种**
d:/software_install/MRT/bin/mrtmosaic.exe -i MOSAICINPUT.TXT -s "1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0" -o MOSAIC_TMP_%DAY%.hdf
rem **将拼接后数据复制到已建Result 文件夹中并删除当天的数据**
copy MOSAIC_TMP_%DAY%.hdf Result & del MOSAIC_TMP_%DAY%.hdf
del *%DAY%.*.hdf
set /a DAY= %DAY% + 16 rem ***拼接下一个时相的数据***
goto start
（三）批处理拼接之多年的数据
以上代码只能处理一年之内或者每隔一年的数据，如果要一次性处理多年的数据，则参见以下的代码
set MRT_DATA_DIR=f:\MOD_HDF_SOURCE
set /a DAY=2015337
set /a DAY1=337
set /a DEADLINE=2016353
:start
if %DAY% leq %DEADLINE% (goto ORDER1) else exit
:ORDER1
if %DAY1% leq 353 (goto ORDER)
:ORDER
dir *%DAY%.*.hdf/a/b/s > MOSAICINPUT.TXT
d:/software_install/MRT/bin/mrtmosaic.exe -i MOSAICINPUT.TXT -s "1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0" -o MOSAIC_TMP_%DAY%.hdf
copy MOSAIC_TMP_%DAY%.hdf Result & del MOSAIC_TMP_%DAY%.hdf
del *%DAY%.*.hdf
set /a DAY1= %DAY1% + 16
set /a DAY= %DAY% + 16
if %DAY1% GTR 357 (goto ORDER2)
pause
goto start
:ORDER2
set /a DAY=%DAY% + 1000 - 368
set /a DAY1=1
pause
goto start
(四）批处理重投影及格式转换
新建一个文件夹，假设起名为DATA，把所有要处理的MODIS HDF文件放到该文件夹下；
在GUI界面中，设定一个HDF文件投影参数后，点击“Save Parameter File…”保存自己设定的参数文件到DATA文件夹下，假设为test.prm；
在DATA文件夹里，新建一个记事本文件，将下面的内容粘贴进去，需更改几处。更改完毕之后，将记事本文件另存为“.bat”文件，假设为“modis.bat”；
set MRT_DATA_DIR=f:\MOD13Q1_REPROJECTION
for %%i in (*.hdf) do resample.exe -p albers_equal_area_orchid.prm -i %%i -o %%iout.tif
pause
其中，
第一行代码里，把MRT_DATA_DIR替换为你自己的MRT_DATA_DIR名称，MRT_DATA_DIR名称可以在安装目录里，找到ModisTool.bat，然后右键选择编辑中找到；
第二行代码里，把test.prm替换为自己的投影参数文件，如果运行出错的话，可以把resample替换为其完整的路径，如D:\software_install\MRT\bin\resample.exe；
第三行代码为运行完成后保留bat运行窗口，如果出现错误，可参见bat窗口的提示，将安装目录下的datum.txt和spheroid.txt文件复制到DATA文件夹里;
双击modis.bat，便可看到命令窗口的批出理过程，如发生异常，检查prm的参数是否设置正确（可在GUI中运行看是否报错）或见上一段的注意事项。
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