我以下图为基础，说明Linux的架构(architecture)。(该图参考《Advanced
Programming in Unix Environment》)
最内层是硬件，最外层是用户常用的应用，比如说firefox浏览器，evolution查看邮件，一个计算流体模型等等。硬件是物质基础，而应用提供服务。但在两者之间，还要经过一番周折。
还记得Linux启动。Linux首先启动内核 (kernel)，内核是一段计算机程序，这个程序直接管理管理硬件，包括CPU、内存空间、硬盘接口、网络接口等等。所有的计算机操作都要通过内核传递给硬件。
为了方便调用内核，Linux将内核的功能接口制作成系统调用(system call)。系统调用看起来就像C语言的函数。你可以在程序中直接调用。Linux系统有两百多个这样的系统调用。用户不需要了解内核的复杂结构，就可以使用内核。系统调用是操作系统的最小功能单位。一个操作系统，以及基于操作系统的应用，都不可能实现超越系统调用的功能。一个系统调用函数就像是汉字的一个笔画。任何一个汉字都要由基本的笔画（点、横、撇等等）构成。我不能臆造笔画。
在命令行中输入$man 2 syscalls可以查看所有的系统调用。你也可以通过$man
2 read来查看系统调用read()的说明。在这两个命令中的2都表示我们要在2类(系统调用类)中查询 (具体各个类是什么可以通过$man man看到)。
系统调用提供的功能非常基础，所以使用起来很麻烦。一个简单的给变量分配内存空间的操作，就需要动用多个系统调用。Linux定义一些库函数(library routine)来将系统调用组合成某些常用的功能。上面的分配内存的操作，可以定义成一个库函数(像malloc()这样的函数)。再比如说，在读取文件的时候，系统调用要求我们设置好所需要的缓冲。我可以使用Standard IO库中的读取函数。这个读取函数既负责设置缓冲，又负责使用读取的系统调用函数。使用库函数对于机器来说并没有效率上的优势，但可以把程序员从细节中解救出来。库函数就像是汉字的偏旁部首，它由笔画组成，但使用偏旁部首更容易组成字，比如"铁"。当然，你也完全可以不使用库函数，而直接调用系统函数，就像“人”字一样，不用偏旁部首。
(实际上，一个操作系统要称得上是UNIX系统，必须要拥有一些库函数，比如ISO C标准库，POSIX标准等。)
shell是一个特殊的应用。很多用户将它称为命令行。shell是一个命令解释器(interpreter)，当我们输入“ls -l”的时候，它将此字符串解释为
- 在默认路径找到该文件(/bin/ls)，
- 执行该文件，并附带参数"-l"。
我之前用>表示重新定向，用|表示管道，也是通过shell解释&或者|的含义。Shell接着通过系统调，用指挥内核，实现具体的重定向或者管道。在没有图形界面之前，shell充当了用户的界面，当用户要运行某些应用时，通过shell输入命令，来运行程序。shell是可编程的，它可以执行符合shell语法的文本。这样的文本叫做shell脚本(script)。可以在架构图中看到，shell下通系统调用，上通各种应用，同时还有许多自身的小工具可以使用。Shell脚本可以在寥寥数行中，实现复杂的功能。
UNIX的一条哲学是让每个程序尽量独立的做好一个小的功能。而shell充当了这些小功能之间的"胶水"，让不同程序能够以一个清晰的接口(文本流)协同工作，从而增强各个程序的功能。这也是Linux老鸟鼓励新手多用shell，少用图形化界面的原因之一。
(shell也有很多种，最常见的是bash, 另外还有sh, csh, tcsh, ksh。它们出现的年代不同，所支持的功能也有差异。)
一个使用bash shell的终端
一个shell对应一个终端 (terminal)。曾经来说，终端是一个硬件设备，用来输入并显示输出。如今，由于图形化界面的普及，终端往往就像上图一样，是一个图形化的窗口。你可以通过这个窗口输入或者输出文本。这个文本直接传递给shell进行分析解释，然后执行。
最后，我们进入一般的应用。应用是一个程序，它可以
- 直接调用系统函数
- 调用库函数
- 运行shell脚本
这些应用可以由多种语言开发。最常见的是C语言。
总结
Linux利用内核实现软硬件的对话。
通过系统调用的这个接口，Linux将上层的应用与下层的内核分离，隐藏了底层的复杂性，也提高了上层应用的可移植性。
库函数利用系统调用创造出模块化的功能，
Shell则提供了一个用户界面，并让我们可以利用shell的语法编写脚本，以整合程序。
原文地址：http://www.cnblogs.com/vamei/archive/2012/09/19/2692452.html
文本流
文件用于数据的存储，相当于一个个存储数据的房子。我们之前说，所谓的数据是0或者1的序列，但严格来说，Linux以字节(byte)来作为数据的单位，也就是说这个序列每八位(bit)为一个单位(八位二进制对应的十进制范围为0到255)。使用ASCII编码，可以将这样一个字节转换成为字符。所以，在Linux中，我们所说的数据，完全可以用字符表达出来，也就是说文本(text)的形式。
实际上，如果以bit为单位处理字符的话，机器会更容易读懂和传输，效率会更高。但为什么Linux依然以字节为单位进行处理呢？原因在于，相对于以bit为单位处理数据，以byte为单位可以更容易将数据转化为字符。相对于枯燥的0和1，字符更容易被人读懂 (human readable)。然而，并不是所有的数据都是设计来让人读懂的，比如可执行文件包含的各种字符对于人来说并没有什么意义 (因为可执行文件是为了让机器读懂的)。但Linux依然以字节为单位处理所有文件，这是为了让所有文件能够共用一套接口 (virtual file system)，从而减少Linux设计的复杂度。
("everything is a file"是通常所流传的UNIX设计的哲学之一，但Linus对此作出纠正，改为"everything is a stream of bytes"。)
然而，数据不是在找到了自己的房子(file)之后就永远的定居下来。它往往要被读入到内存 (就像是到办公室上班)，或者被传送到外部设备(好像去酒店休假)，或者搬到别的房子中。在这样的搬迁过程中，数据像是一个个排着队走路的人流，我们叫它文本流(text stream，或者byte stream)。然而，计算机不同设备之间的连接方法差异很大，从内存到文件的连接像是爬山，从内存到外设像是游过一条河。为此，Linux还定义了流 (stream)，以此作为修建连接各处的公路的标准。Stream的好处在于，无论你是从内存到外设，还是从内存到文件，所有的公路都是相同的 (至于公路下面是石头还是土地，都可以不用操心)。
我们再回味一下“everything is a stream of bytes”这句话。信息包含在文本流中，不断在计算机的各个组件之间流动，不断地接受计算机的加工，最终成为用户所需要的某种服务。
(说句题外话，如果看过骇客帝国的话，一定会对文本流印象深刻。)
标准输入，标准输出，标准错误与重新定向
当Linux执行一个程序的时候，会自动打开三个流，标准输入(standard input)，标准输出(standard output)，标准错误(standard error)。比如说你打开命令行的时候，默认情况下，命令行的标准输入连接到键盘，标准输出和标准错误都连接到屏幕。对于一个程序来说，尽管它总会打开这三个流，但它会根据需要使用，并不是一定要使用。
想象一下敲击一个
$ls
键盘敲击的文本流("ls\n"，\n是回车时输入的字符，表示换行)命令行 (命令行实际上也是一个程序)。命令行随后调用/bin/ls得到结果("a.txt")，最后这个输出的文本流("a.txt")流到屏幕，显示出来，比如说：
a.txt
假设说我们不想让文本流流到屏幕，而是流到另一个文件，我们可以采用重新定向(redirect)的机制。
$ls > a.txt
重新定向标准输出。这里的>就是提醒命令行，让它知道我现在想变换文本流的方向了，我们不让标准输出输出到屏幕，而是要到a.txt这个文件 (好像火车轨道换轨)。此时，计算机会新建一个a.txt的文件，并将命令行的标准输出指向这个文件。
有另一个符号:
$ls >> a.txt
这里>>的作用也是重新定向标准输出。如果a.txt已经存在的话，ls产生的文本流会附加在a.txt的结尾，而不会像>那样每次都新建a.txt。
我们下面介绍命令echo：
$echo IamVamei
echo的作用是将文本流导向标准输出。在这里，echo的作用就是将IamVamei输出到屏幕上。如果是
$echo IamVamei > a.txt
a.txt中就会有IamVamei这个文本。
我们也可以用<符号来改变标准输入。比如cat命令，它可以从标准输入读入文本流，并输出到标准输出:
$cat < a.txt
我们将cat标准输入指向a.txt，文本会从文件流到cat，然后再输出到屏幕上。当然，我们还可以同时重新定向标准输出:
$cat < a.txt > b.txt
这样，a.txt的内容就复制到了b.txt中。
我们还可以使用>&来同时重新定向标准输出和标准错误。假设我们并没有一个目录void。那么
$cd void > a.txt
会在屏幕上返回错误信息。因为此时标准错误依然指向屏幕。当我们使用:
$cd void >& a.txt
错误信息被导向a.txt。
如果只想重新定向标准错误，可以使用2>:
$cd void 2> a.txt > b.txt
标准错误对应的总是2号，所以有以上写法。标准错误输出到a.txt，标准输出输出到b.txt。
管道 (pipe)
理解了以上的内容之后，管道的概念就易如反掌。管道可以将一个命令的输出导向另一个命令的输入，从而让两个(或者更多命令)像流水线一样连续工作，不断地处理文本流。在命令行中，我们用|表示管道：
$cat < a.txt | wc
wc命令代表word count，用于统计文本中的行、词以及字符的总数。a.txt中的文本先流到cat，然后从cat的标准输出流到wc的标准输入，从而让wc知道自己要处理的是a.txt这个字符串。
Linux的各个命令实际上高度专业化，并尽量相互独立。每一个都只专注于一个小的功能。但通过pipe，我们可以将这些功能合在一起，实现一些复杂的目的。
原文地址：http://www.cnblogs.com/vamei/archive/2012/09/14/2683756.html
当文件出现在一个目录文件中时，我们就把文件接入到文件系统中，我们称建立一个到文件的硬链接(hard link)。一个文件允许出现在多个目录中，这样，它就有多个硬链接。当硬链接的数目(link count)降为0时，文件会被Linux删除。所以很多时候，unlink与remove在Linux操作系统中是一个意思。由于软链接(soft link)的广泛使用(soft link不会影响link count，而且可以跨越文件系统)，现在较少手动建立硬连接。
如上讨论硬链接时说到的，软链接不会影响文件的link count。如果还记得windows系统的快捷方式的话，Linux的软链接(soft link，也叫做symbolic link)就是linux的快捷方式。软链接本质上是一个文件，它的文件类型是symbolic link。在这个文件中，包含有链接指向的文件的绝对路径。当你从这个文件读取数据时，linux会把你导向所指向的文件，然后从那个文件中读取（就好像你双击快捷方式的效果一样）。软链接可以方便的在任何地方建立，并指向任何一个绝对路径。
软链接本身也是一个文件，也可以执行文件所可以进行的操作。当我们对软链接操作时，要注意我们是对软链接本身操作，还是对软链接指向的目标操作。如果是后者，我们就说该操作跟随链接指引(follow the link)。