窗口的Z次序表明了重疊窗口堆中窗口的位置，這個窗口堆是按一個假想的軸定位的，這個軸就是從屏幕向外伸展的Z軸。Z次序最上面的窗口覆蓋所有其它的窗口，Z次序最底層的窗口被所有其它的窗口覆蓋。應用程序設置窗口在Z次序中的位置是通過把它放在一個給定窗口的後面，或是放在窗口堆的頂部或底部。
Windows系統管理三個獨立的Z次序——一個用於頂層窗口、一個用於兄弟窗口，還有一個是用於最頂層窗口。最頂層窗口覆蓋所有其它非最頂層窗口，而不管它是不是活動窗口或是前臺窗口。應用程序通過設置WS_EX_TOPMOST風格創建最頂層窗口。
一般情況下，Windows系統把剛剛創建的窗口放在Z次序的頂部，用戶可通過激活另外一個窗口來改變Z次序；Windows系統總是把活動的窗口放在Z次序的頂部，應用程序可用函數BringWindowToTop把一個窗口放置到Z次序的頂部。函數SetWindowPos和DeferWindowPos用來重排Z次序。
共享同一個父窗口的多個子窗口叫兄弟窗口。
活動窗口是應用程序的頂層窗口，也就是當前使用的窗口。只有一個頂層窗口可以是活動窗口，如果用戶使用的是一個子窗口，Windows系統就激活與這個子窗口相應的頂層窗口。
任何時候系統中只能有一個頂層窗口是活動的。用戶通過單擊窗口（或其中的一個子窗口）、使用ALT+TAB或ALT+ESC組合鍵來激活一個頂層窗口，應用程序則調用函數SetActiveWindow來激活一個頂層窗口。
在Windows系統中，每一個進程可運行多個線程，每個線程都能創建窗口。創建正在使用窗口的線程稱之爲前臺線程，這個窗口就稱之爲前臺窗口。所有其它的線程都是後臺線程，由後臺線程所創建的窗口叫後臺窗口。
用戶通過單擊一個窗口、使用ALT+TAB或ALT+ESC組合鍵來設置前臺窗口，應用程序則用函數SetForegroundWindow設置前臺窗口。如果新的前臺窗口是一個頂層窗口，那麼Windows系統就激活它，換句話說，Windows系統激活相應的頂層窗口。