故事的起因
自1449年繼任室町幕府第八代將軍的足利義政，終日沉迷酒色，不問政事，導致社會逐漸動盪，各地紛紛暴動，將軍權利逐漸衰落，實權逐漸落入守護大名細川勝元和山名持豐等重臣手中，即將步天皇后塵。
1464年，29歲的足利義政逐漸厭倦了持續打仗的土一揆(農民起義)和政治混亂，隨後沉溺於茶、作庭、逗猴子等隱居生活。由於沒有子嗣，於是想邀請弟弟足利義尋就任室町幕府將軍之位，義尋則以義政29歲尚爲年輕、正室日野富子以及側室之間仍有生男子的可能爲由，一直拒絕將軍職位就任的邀請。
不久，義尋起文：”今後即便生男子也讓其入僧門不繼承家督“，隨後還俗名爲足利義視，成爲繼嗣，保護人爲細川勝元。不料，第二年足利義政正室日野富子生下一個男孩，即嫡長子足利義尚，保護人爲山名持豐。日野富子非常希望擁立親生兒子足利義尚爲將軍，她拉攏山名持豐，暗中阻止足利義視成爲幕府將軍。當然，山名持豐和足利義視的保護人細川勝元產生了對立，爲了爭奪將軍家的家督之位，全國的守護大名完全分化成細川派和山名派兩派，兩者之間的對立也就變得不可避免。
家督爭奪戰——兩個縮影
要了解應仁之亂，除了要理解將軍家的家督之位的爭奪，還得理解另外兩個家族的家督之位爭奪戰：畠山家和斯波家。
斯波氏
首先講講斯波氏的家督之位的爭奪。“三管”之一的斯波家，日本武家的一個氏族，本姓爲源氏，家系爲清和天皇的血脈。斯波家的問題出在斯波義敏和斯波義廉兩人身上，斯波義敏是斯波家的分支子孫，斯波本家自享德元年 (1452)無嗣斷絕，所以斯波義敏以庶家入本家爲家督，這就引起家臣甲斐常治的不滿, 他認爲斯波義敏沒有資格當老大，於是向幕府控告斯波義敏強橫霸道。1459年，得甲斐常治之弟甲斐近江守背後支持，斯波義敏向幕府控訴甲斐常治的專橫，並不顧足利義政的反對進攻甲斐常治，觸怒了將軍足利義政。斯波義敏當然擋不住幕府，所以倉皇逃走隱居，斯波義敏的兒子鬆王丸繼任家督，不久斯波鬆王丸被家臣流放。1461年受越前守護代甲斐敏光與有力國人朝倉孝景的指意，由將軍足利義政任命，斯波義廉繼被流放的斯波鬆王丸之後繼任第十二代當主。斯波義廉是澀川義鏡之子，司職治部大輔，左衛門佐。母親是山名攝津守之女，因此始終以山名一派的身份行動。
1465年，斯波義敏被赦免。
1466年7月，足利義政接受寵臣伊勢貞親、季瓊真蕊等的進言將斯波氏的家督由斯波義廉轉給斯波義敏。與斯波義廉有親緣關係的山名持豐(山名持豐是斯波義廉的老丈人)則與一色義直和土岐成賴一起支持斯波義廉，同時期大內政弘被赦免後，細川勝元也開始支持斯波義廉。雖然貞親散佈足利義視即將謀反的流言，但足利義視依靠細川勝元證明了自己的清白，貞親以誣陷罪而失足。斯波義廉奪得家督之位，並任幕府管領，這便是山名持豐與細川勝元所協助的文正政變。
畠山家
另一個需要講的是畠(tian,2聲)山家的家督之爭，不得不提畠山政長。畠山政長本是畠山持富之子，畠山持富是幕府管領畠山持國的弟弟，畠山持國由於沒有嫡子，就立了弟弟畠山持富爲家督繼承人，但後來畠山持國由於各種原因反悔了，立了庶子畠山義就爲家督候補人。1455年，畠山持國去世了，在細川勝元的支持下，畠山持富長子畠山政久和畠山義就發生內訌。幾個月後，畠山政長被迫離開京都，衝突雖已平息，但故事遠沒有結束。就在兩年之後，畠山義就因爲假傳聖旨，被足利義政剝奪了家督之位和封地。同年7月，此時的畠山政久已去世，其弟畠山政長在細川勝元的的支持下接任家督之位，隨後繼任管領。隨後，畠山義就被驅逐出京都，並頻繁與畠山政長軍發生衝突，而後歸順山名持豐。
1466年，畠山義就回京。一年之後，反覆無常的足利義政又將家督之位從畠山政長轉給了畠山義就。這一舉動直接誘發了畠山家內戰。
時代的縮影
斯波家和畠山家的家督之爭只是那個時代衆多家督紛爭的兩個縮影，在那個時代，還有衆多的家督之爭。各家督之爭完全以細川勝元和山名持豐的對立爲中心進行。另一方面，從幕府權利逐漸衰落之後，不管是京都還是地方，不管是守護大名，還是地方領主，都在發生爭端，各家族都在通過陰謀和武力擴充自己的實力，以謀求在亂世中實現華麗的逆轉。
日本戰國時代開啓——應仁之亂
從1467年開始說起
1467年，在中國。這一年是明憲宗成化三年，明朝建國第100年。
1467年，在日本。這一年是后土御門天皇在位剛滿三年，幕府主政的是日本室町幕府時代的第八代將軍足利義政。
應仁之亂
1467年1月2日，足利義政在將軍邸的花之御所赦免畠山義就。足利義政向畠山政長討伐，因此於1月按慣例到管領邸的活動被中止，1月5日畠山義就在山名持豐邸開始酒宴。其間足利義政承認畠山義就畠山家家督之位，並明確要求讓渡畠山政長春日萬里小路屋敷(住宅)。
畠山政長突然辭任管領，下一任管領是山名派斯波義廉。細川勝元嘗試說服足利義政簽署畠山義就追討令，但是被足利義政夫人日野富子察覺，於是情報傳於山名派，從而敗露。
山名持豐利用這次有利的政局，在自家府邸周圍駐紮了同盟守護大名的士兵，幷包圍皇局中的內裏(宮裏)和花之御所，足利義政希望允許畠山政長和細川勝元離開。但山名派認爲足利義政沒有承認放逐細川勝元，山名派衆大名均不承認，畠山義就就此向畠山政長作出攻擊。畠山政長向細川勝元求援，細川勝元準備作出反擊。
1月17日，畠山政長在府邸放火，率兵在上御靈社（京都市上京區）佈陣。足利義政知道畠山家內鬥後嘗試制止，山名持豐吩咐后土御門天皇和後花園天皇到室町亭避難，畠山義就嘗試協助足利義政。
御靈社被竹林包圍，畠山義就由釋迦堂出兵，斯波義廉、山名政豐、朝倉孝景分別攻擊。戰場維持到傍晚，畠山政長夜半向寺社放火，並逃走到細川勝元邸。
畠山家的內戰，使山名持豐政變以失敗而終。
畠山內戰之後，細川勝元從領地四國的9個國家集結兵力，赤松政則從播磨進攻山名領。細川方部隊在京都燒燬宇治及澱等地的橋樑，並固守四門。4月，足利義視嘗試調停，無果。5月，武田信賢、細川成之等人進攻若狹的一色氏領地，一色義直在京都的宅邸和西軍諸將住宅也遭到襲擊；斯波義敏從尾張向遠江進攻。5月，細川勝元嘗試呼籲所有的同盟，以保護將軍爲名控制花之御所，並在室町亭迎接天皇和上皇，並在今出川邸自宅佈置本陣。山名持豐在5月於五辻通大宮東佈置本陣。6月，細川勝元收到足利義政的授意與牙旗。
細川方面有斯波義敏、畠山政長、赤松政則、京極持清等，大本營在將軍駐地幕府，稱東軍。山名方面有斯波義廉、畠山義就、一色義直、六角高賴等，大本營在幕府以西的山名持豐邸，稱西軍。《應仁記》記載東軍兵力有24國16萬，西軍有20國11萬。在人口只有22萬的京都喊殺連天，后土御門天皇和後花園上皇緊急逃難至足利將軍宅邸。
最初，皇室爲了確保足利義政在有利的情況下決定進軍，號稱官軍的東軍將西軍從內裏和花之御所周邊驅逐。 6月，山名軍以數萬兵力上洛，於8月由周防大內政弘和四國的河野通春七國的軍勢以水軍身份入京，西軍的勢力開始恢復。在相國寺之戰後，由於兩軍的激戰下，都出現不少死傷者，最終此戰不分勝負。
8月29日，足利義視突然離開東軍並逃到伊勢國投靠北畠教具。足利義視離開原因可能與武衛騷動以及因文正政變而被流放的宿敵伊勢貞親試圖恢復足利義政政權有關。這可能是當時足利義政與足利義視之監護人細川勝元傾向廢足利義視而立足利義尚爲將軍的主要原因。
之後，留在伊勢國一段時間的足利義視，在細川勝元和足利義政遊說下返回東軍，但又再次逃走到比睿山。此時已擁立足利義尚的細川勝元，事實上已經將足利義視追放。11月23日，西軍在比睿山迎接被擁戴爲“新將軍”的足利義視，稱爲西幕府將軍，試圖與東軍對抗。
戰爭中，東軍控制將軍足利義政、后土御門天皇和後花園天皇，西軍則控制足利義視和南朝的後龜山天皇之重孫，雙方均以自己爲正統，稱對方爲賊軍。由於兩軍皆無法佔優勢，實際交戰的情況只是少數。
1469年之後，屬於東軍的足輕骨皮道賢在後方以游擊戰攪亂，其實亦包括了強盜集團的部隊。長期的戰亂以及盜賊橫行使京都市街、土地荒廢。由於守護大名的介入，使戰線拉長，衆大名不能在京都附近進行決戰，這導致東西軍的厭戰氣氛增大。
1471年朝倉孝景背叛之後，西幕府的勢力便開始大幅減退。
1472年，兩軍首腦開始和談。
1473年（文明5年）有較大的變化，3月18日山名持豐（70歲）以及在5月11日細川勝元（44歲）相繼去世，12月19日足利義政將將軍讓位給足利義尚後隠居。
1474年（文明6年）4月3日，山名持豐之子山名政豐以及細川勝元之子細川政元達成了議和。但因赤松政則、畠山義就和大內政弘反對，未能實現。之後仍然有殘存勢力繼續進行小規模戰爭。
1477年9月，畠山義就由於領國不穩率軍返回河內。大內政弘也在幕府重新承認他對周防國、長門國、豐前國、筑前國等領國的統治權之後，於1477年（文明9年）11月11日撤回到周防國，以致西軍在事實上已經瓦解。11月20日，室町幕府爲了祝賀“天下靜謐”進行祝宴。
維持了十年的應仁之亂終於完結。
結果
應仁之亂促使了將軍與守護大名的沒落，就像斯波氏守護代朝倉孝景（另一守護代爲織田氏）得到守護大名的地位只具有象徴性。真正擁有實力的地方大名的身份地位日漸上升。這種稱爲下克上的效應不斷在全國擴散，守護大名們轉化爲戰國大名，日本的室町時代步入戰亂期，時人稱爲戰國時代。殘存下來的莊園制度等舊制度開始迅速崩壞，新價值觀的勢力開始登場。
畠山家
應仁之亂結束後畠山政長與畠山義就的戰爭依然在山城國繼續，受到不斷戰亂之苦的人民以國人爲中心團結在一起，得到細川勝元的後繼者細川政元爲後盾，團結的山城國人民一起把兩派趕出了山城國。
斯波氏
反觀斯波氏，1475年，斯波義廉在尾張的斯波義廉派織田敏廣(巖倉織田氏)擁立下，來到尾張。織田敏廣死後，巖倉與尾張的織田家改奉斯波義敏之子斯波義良爲主君。斯波義廉實質上已經失去家督地位，在尾張無法繼續立足的他，受越前國朝倉孝景之子朝倉氏景擁戴，隨後前往越前，其子孫以後則一直受越前朝倉氏擁立。
反思
在那個時候，由長子繼承家督政權的體制由於種種原因並未完全確立，這就是將軍家守護大名爲了爭奪家督而發生“御家騷動”的原因。以長子繼承家督，在豐臣秀吉統一日本以後制度化；江戶幕府體制中確立；在明治時代的舊民法體系中法制化；在戰後的民法繼續修正。
注:
①室町幕府：1336年（延元元年，建武三年）足利尊氏建立的武家政權，稱爲足利幕府或者室町幕府。足利氏屬於清和源氏，在嫡長子繼承製還未普及之前，只有源氏後裔才能繼承將軍之位，所以日後自稱平秀吉的羽柴秀吉無法就任將軍之位。
②大名：日本古時封建制度對領主的稱呼，由比較大的名主一詞轉變而來，所謂名主就是某些土地或莊園的領主，土地較多、較大的就是大名主，簡稱大名。相當於諸侯或者軍閥。
③作庭：修建庭園。
④保護人：監護人，子嗣需要大名保護，以牽制對方。
⑤山名持豐：其實此時他叫山名宗全，出家之前，他的名字叫山名持豐。日本戰國時代很多大名都已出家，如鼎鼎大名的軍事家武田信玄。
⑥三管：管指管領，室町幕府的一種職稱，原來稱爲“執事”，到第三代將軍足利義滿時改稱管領。 名義上管領負責輔佐將軍管理、支配領地，將軍對於地方守護的命令，皆須通過管領來傳達，管領執掌許多中央機構，因此可說是幕府中央最高行政官。依照慣例，管領這個職位由足利氏下的有力守護細川氏、斯波氏、畠山氏三個家族來擔任，稱爲“三管”，直到幕府後期力量衰微，方有私相授受的情形發生。
⑦攝津守：官職。
⑧花之御所：又稱花御所，舊址位於京都市上京區東西一町南北二町室町地區，室町時代足利將軍家邸宅的通稱。
⑨春日萬里小路屋敷：可以確定的是，這是畠山政長的府邸，可能是畠山家的世代府邸。
⑩足輕：日本古代最低等的步兵之稱呼，他們平常從事勞役，戰時成爲步卒。