1. 存储结构
MyISAM：每个MyISAM在磁盘上存储成三个文件。第一个文件的名字以表的名字开始，扩展名指出文件类型。 .frm文件存储表定义。数据文件的扩展名为.MYD(MYD)。索引文件的扩展名是.MYI(MYIndex)。
InnoDB:所在的表都保存在同一个数据文件中（也可能是多个文件，或者是独立的表空间），InnoDB表的大小只受限于操作系统文件的大小，一般为2GB。
2. 存储空间
MyISAM:可被压缩，存储空间较小。支持三种不同的存储格式：静态表（默认，但是注意数据末尾不能有空格，会被去掉）、动态表、压缩表。
InnoDB:需要更多的内存和存储，它会在主内存中建立其专用的缓冲池用于高速缓冲数据和索引。
3. 事物支持
MyISAM:强调的是性能，每次查询具有原子性，其执行速度比Innodb类型更快，但是不提供事物支持。
InnoDB:提供事务支持，外部键等高级数据库功能。具有事务（commit）、回滚（rollback）和崩溃修复能力（crach recovery capabilities）的事务安全（transaction-safe ACID compliant）型表。
4. CURD操作
MyISAM: 如果执行大量的select, MyISAM是更好的选择。（因为没有支持行级锁），在增删的时候需要锁定整个表格，效率会低一些。相关的是innoDB支持行级锁，删除插入的时候只需要锁定该行就行，效率较高。
InnoDB:如果你的数据执行大量的insert或update，出于性能方面的考虑，应该使用InnoDB表。Delete从性能上Innodb更优，但delete from table时，InnoDB不会重新建立表，而是一行一行的删除，在innodb上如果要清空保存有大量数据的表，最好使用truncate table这个命令。
5. 外键
MyISAM: 不支持。
InnoDB:支持。
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