openslide安装(windows10)

既然你看到这篇文章,那么你肯定是要对全视野(whole slide image)图像进行相关操作的。这种图片太大了,容我在这里先抱怨两句,一张图片最少一个G,谁的电脑受得了!有的图片相当于一部高清的电影!烦

工欲善其事必先利其器,这里先分享干货,一个是ASAP-1.9-win64.exe这个软件,一个是openslide-win64-20171122.zip安装包。我估计你应该知道这两个软件是干啥的吧。

百度网盘链接:https://pan.baidu.com/s/1tzjvgK8Ynq6keFCnM2u4ow 
        提取码:m9nl

openslide的安装

注:严格按照下面的顺序,不然容易出错哦

  1. 安装openslide的二进制文件,官网http://openslide.org/download/;如果你需要window 64位的,可以直接从我上边分享的百度网盘链接里下。下载完压缩包,直接解压就行。                                                                                                                                                           
  2. 配置环境变量。将上边openslide文件夹中的bin、lib添加到PATH中,下边的图片是按我自己的路径进行添加的,你的注意要变一下。                                     

  3. 安装openslide,这里注意,你需要知道pip安装之后,openslide这个东西装哪了?跟上边的openslide二进制文件可不一样哦。这个安装的是openslide-python。不知道pip安装到哪了可以百度或者留言                                                                                                                                                                      
    pip install openslide -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple  
    #后边的-i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple 可以使你安装的更快
    

     

  4. 别急着import openslide,很大概率会出错。这里要找到pip安装的openslide文件下的lowlevel.py文件,添加如下代码,并运行一下。注:别直接粘贴下边的代码,有要修改的地方
#D:/software/openslide-win64-20171122/bin改为你自己解压的openslide二进制文件下的bin文件夹绝对路径。
import os
os.environ['PATH'] = "D:/software/openslide-win64-20171122/bin" + ";" + os.environ['PATH']   

想必,可能会找不到lowlevel.py这个文件 。我先说我的,我是用conda创建的虚拟环境,所以pip安装在虚拟环境中了,而我的文件路径如下图所示。其实最简单的方法就是到C盘或者D盘直接搜索lowlevel.py这个文件,不信你搜不到

 

如果严格按照这四步来安装,恭喜你肯定已经成功了。 

参考文章:

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