文獻報道過的或者沒報道過的分子對接軟件有很多，很多最初都是由實驗室開發，免費發佈。當軟件很完善，沒有什麼缺陷時，可能會被專門的商業軟件公司購買，就變成了某個大型軟件包中的模塊。
其實不止分子對接軟件，其他還有藥效團軟件、定量構效關係軟件、數據庫篩選軟件等，都是這樣的發展歷程。不過，其中還是有一些實驗室，在商品化大潮的影響下屹立不倒，依舊免費給我們提供免費的強大的軟件，甚至是源代碼（source code）。
很多軟件我手中都有，如果那位朋友想要，可以給我發郵件。當然，要在版權要求的範圍內使用。
1、這裏首先提到的是AutoDock，據官方數據顯示，autodock是引用文獻最多的軟件（Sousa, Fernandes & Ramos (2006) Protein-Ligand Docking: Current Status and Future Challenges Proteins, 65:15-26）。
AutoDock向外提供源代碼，只要下載協議單（license agreement），簽名後傳真發回，就可以獲得下載鏈接和帳號信息。目前最新版本是4.0 beta，不過正在測試中，主要測試羣體是商業製藥公司。對於這個新版本，大家都拭目以待。
這裏有一些精美的小電影可以下載：
http://autodock.scripps.edu/movies
官方主頁：
http://autodock.scripps.edu/
2、接着說DOCK。DOCK也是以源代碼發佈，對學術用戶免費。可以向官方發郵件申請，他們會返回一個下載鏈接和帳號，可以使用5次。我的運氣很好，用sohu.com信箱申請，居然申請到了下載機會。當5次用完後，又出了新的版本，我再次用sohu.com信箱發郵件，聲明想再多要一些登陸機會申請新版本，又獲得5次機會。所以，大家如果對DOCK感興趣，不妨發郵件，應該差不多，當然，如果用edu.cn的信箱，成功的機率會更大。
官方主頁：
http://docking.org/
3、3D-DOCK。免費以源代碼發佈，分爲三個部分：FTDock, RPScore，MultiDock。
官方主頁：
http://www.bmm.icnet.uk/docking/
4、FRED，是Openeye軟件包中的一個模塊。Openeye軟件包對學術用戶免費1年，普通用戶可以申請2個月的試用期。只要在線申請就可以，不需要下載申請表打印簽字發傳真。不過，我申請了好幾次，纔給了我一年的免費期。其他時間想用的時候，就只能每2個月申請一次。呵呵。不過FRED速度超快，在各種平臺都可運行。
可以從這裏申請試用版： http://www.eyesopen.com/forms/eval_request.php
Openeye軟件包中除了分子對接軟件，還有數據庫篩選軟件，分子格式轉化軟件（Babel），圖形可視化軟件（Vida），溶劑化工具等。
官方主頁：
http://www.eyesopen.com/
5、Surflex，Surflex對學術用戶免費，最初國內的同行都說這個軟件最難申請，沒有申請成功的。我也和官方申請了一下，沒有得到迴應。後來一次，看到一篇用AutoDock做分子對接的文獻，很感興趣，就和作者發郵件探討了一下。最後，作者告訴我除了AutoDock，還可以嘗試Surflex。我告訴他我申請了，不過尚未達到官方迴應。他說可以再申請一次，他會幫我說。於是我再申請一次，等了若干天后，收到官方郵件，被告知中國用戶在計算機相關技術和知識產權方面受到限制，不能授權。
原信如下：
I’m sorry that I cannot accommodate your request for Surflex. There are some complex issues with a number of countries having to do with computer-related technology and intellectual property. Consequently, Surflex is only available at no cost to academic researchers in countries classified as “Tier 1” by the US State Department, which include the following: Argentina, Australia, Austria, Belgium, Brazil, Czech Republic, Denmark, Finland, France, Germany, Greece, Hungary, Iceland, Ireland, Italy, Japan, Liechtenstein, Luxembourg, Mexico, Monaco, Netherlands, New Zealand, Norway, Poland, Portugal, San Marino, Spain, Sweden, Switzerland, Turkey, the United Kingdom, and Vatican City. Surflex may be licensed directly with a substantial academic discount from Tripos Inc. (www.tripos.com).
官方主頁：
http://www.biopharmics.com/products.html
6、HEX。免費軟件，但我瞭解不多，不多做介紹。
7、FlexX是另一個運算速度超快的分子對接軟件，收費。不過可以申請6周的試用版，速度很快。有獨立運行版本，也有Sybyl軟件包(Tripos Co. Ltd.)中的一個模塊。
官方主頁：
www.biosolveit.de/FlexX/
8、Glide。收費軟件，是Maestro軟件包中的一個模塊。運算速度也很快。
9、GOLD。收費軟件，精度很好。以前可以申請2個月的試用版，不知現在是否還可以。
10、ICM。不多說了，ICM-pro是很大型的軟件包，收費，功能很強大，據說精度也很高。不過ICM-Browser是免費的，可以下載。下載鏈接 http://www.molsoft.com/icm_browser.html
官方主頁：
http://www.molsoft.com/index.html
11、MVD。是最新出的軟件，據官方數據表明是對接精度最好的軟件，甚至要超過了Glide、Surflex、FlexX等軟件。提供一個月的試用期。我申請後使用了一下，精度確實很高，不過運行速度很慢，按默認設置，對接一個分子需要10分鐘。
從這裏申請下載（在線申請，不需要下載表格打印簽名發傳真）：
http://molegro.com/mvd-trial.php
官方主頁
http://molegro.com/
以上介紹的大多是進行大分子與小分子配體分子對接的軟件。
當然，其中的一些軟件也可以做大分子的對接。
目前越來越多的文獻報道蛋白質－蛋白質和蛋白質－核酸的分子對接，比如ESCHER、MONTY、HADDOCK、Z-DOCK、HEX等軟件，FTDOCK也可以做這方面的工作。如果有機會，這部分我會再做介紹。