Amber中對體系的距離角度和二面角加以限制

產生NMR的限制:

在使用加限制的PDB文件時,文件中的結構必須包含H原子,如果不包含可以使用命令: ambpdb -aatm -p prmtop < inprcd > amb.pdb

做此步的目的是保留正確的原子序號.

1.距離的限制

爲了獲得Amber中sander程序的距離限制的輸入文件,我們需要準備一個7列的限制輸入文件.對於文件中的每一行表示一個限制.

1st_res# 1st_res_name 1st_atom_name 2nd_res# 2nd_res_name 2nd_atom_name upper_bound
1 GUA H1’ 1 GUA H3’ 4.6

makeDIST_RST -upb 7col.dist -pdb gcg_b.amb.pdb -rst RST.dist

輸出文件爲RST.dist.輸出文件爲Amber形式的文件. r3爲定義的距離的上限,r4爲r3+0.5即最大的距離上限再加0.5.

makeDIST_RST命令產生的默認的rk2和rk3的值均爲20.0kal/mol. 這兩個值可以做相應的修改. 當設置rk2=0時,意味着兩個原子之間沒有距離的限制.這在分子優化的機制中是合理的,因爲範德華參數在力場中不允許兩個非鍵結的原子靠的太近.

RST.dst文件中的另外一個參數是ialtd,這個參數被設置爲0,如果這個參數設置成1,當距離超過r4時勢能將"flattens out“,對於大的衝突沒有力,這可能導致限制列表中允許出現錯誤,但是可能會忽視本應該包括將一個初始的錯誤的結構拉向一個正確的結構.

2.二面角的限制

res# res_name torsion_name lower_bound upper_bound
1 GUA PPA 100.0 165.0
lower_bound和upper_bound爲二面角的度數,torsion_name爲大寫的二面角的名字,例如ALPHA, BETA, GAMMA, DELTA, EPSLN, ZETA, 和 CHI。二面角的名字PPA代表了糖的摺疊的角度。
爲了將這種5列的數據轉換爲Amber形式的限制文件,使用makeANG_RST命令:
makeANG_RST -pdb gcg_b.amb.pdb -con 5col.sugar -lib $AMBERHOME/src/nmr_aux/prepare_input/tordef.lib > RST.sugar
輸出文件中你將會發現,對於每一個輸入的二面角的限制,會產生5個限制(NU0,NU1,NU2,NU3,NU4).
默認情況下,對於二面角的rk2和rk3的力常數設置爲2.0kcal/mol.在設置力常數的時候沒有設置的原則,但是在設置力常數的時候不能設置的太大,不然體系的約束力會太大導致很大的力場的能量.
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