NBIA Data Retriever(NBIA數據下載工具)使用

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NBIA Data Retriever(NBIA數據下載工具)使用

一、背景

      如何從The Cancer Imaging Archive (TCIA)美國癌症醫學影像檔案中心,下載癌症病例數據。官方文檔已經解釋很清楚了,但是有些同學依然會有運行不了下載工具的錯誤。如何解決,請看本文介紹。

圖 1 搜索數據,下載tcia文件界面

      首先,需要知道如何搜索和下載數據清單。如上圖,註冊完系統賬戶後,通過在線搜索自己感興趣的疾病數據,加入購物車,然後下載清單文件(類似於BT種子文件)。最後再用NBIA Data Retriever軟件打開清單文件,下載影像數據。(細節網上博客有,官網也有,很簡單。下面着重介紹運行下載軟件錯誤的解決方法。)

二、運行軟件,面臨的問題

      運行NBIA Data Retriever出現錯誤,“Error invoking method”和“Failed to launch JVM”

三、官方解決方案:

      發生這些錯誤是因爲如果沒有清單文件(後綴.tcia文件),NBIA數據檢索器將無法工作。

  1. 首先下載並安裝 NBIA Data Retriever
  2. 然後在TCIA官網上下載需要下載的數據文件的清單文件,可以得到.tcia文件。
  3. 最後,一定要右鍵單擊清單文件以選擇使用NBIA Data Retriever打開它。#不要直接打開下載器#。

四、但是還是會報錯,無法launch JVM,原來是如下小問題:

圖 2 運行成功後的下載工具界面

      其實前面的三步是正常流程,但是下載.tcia文件後,還是無法用NBIA Data Retriever軟件打開tcia文件,報錯“Failed to launch JVM”,無法下載數據。

      費了很長時間,我先安裝了新的JRE,還是無法launch JVM。後來我檢查了一下NBIA Data Retriever安裝文件包,裏面實際自帶JVM的動態庫的,所以不需要自己安裝JRE。

五、重點:最後我把下載的.tcia清單文件,放在了英文目錄下,就可以通過軟件正常打開,下載CT數據了。

 

 

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