說到ChIP-Seq數據的call peak，第一個想到的軟件肯定是大名鼎鼎的MACS2。MACS2比較適合call narrow peak，當然broad peak也是可以的。但是我課題的數據卻不適用於這個軟件，無奈之下我又嘗試了另一個軟件SICER。SICER適用於找出那些diffuse/broad peak，通過識別空間信號簇來尋找ChIP-enriched信號。（下面是原理，其實一知半解，文獻是關於算法的，原諒我數學統計知識真的不好）
一、Complete SICER flowchart
二、原理
下面是對island的定義：
附上網盤資源（包含文獻和使用教程，有問題的寶寶自己看文獻吧，捂臉）
鏈接：https://pan.baidu.com/s/1UqivCVm935JarAzXfDmqJQ
提取碼：p5gm
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三、安裝
1.下載安裝包
wget https://home.gwu.edu/~wpeng/SICER_V1.1.tgz
2.解壓
tar xvzf SICER_V1.1.tgz
3.vim SICER.sh SICER-rb.sh
將第一行按如下修改
PATHTO=/home/data/SICER1.1
to
PATHTO=/mydir/SICER_V1.1
4.vim SICER-df.sh and SICER-df-rb.sh
將第一行按如下修改
SICER=/mydir/SICER_V1.1/SICER
安裝成功後可以看到文件夾裏有四個shell腳本文件：SICER.sh，SICER-rb.sh，SICER-df-rb.sh，SICER-df.sh。
四、使用
如果有ChIP library & control library ，就用主腳本SICER.sh；
如果沒有control library,可以用SICER-rb.sh替代SICER.sh.
另外兩個是用來找差異部分，還沒使用過。
1.Command:
SICER.sh takes 11 ordered command line parameters. The general command structure is
$ sh /mydir/SICER_V1.1/SICER/SICER.sh [Input directory] [ChIP file] [Control file][Output directory] [Species] [Redundancy threshold] [Window size] [Fragment size] [Effective genome fraction] [Gap size] [FDR]
具體參數解釋如下：
[Input directory]：輸入文件所在目錄
[Control file]：輸入文件名
[Output directory]：輸出文件所在目錄
[Species]：mm8, mm9, rn4, hg18, hg19, sacCer1, dm2, dm3, pombe, and tair8
[Redundancy threshold]：保留用於分析的冗餘讀數。一般默認爲1.
[Window size]：芯片與控制庫比較時窗口的寬度(單位爲bp)。根據需要自行修改，文獻示例爲200bp。如果是very broad peak 可以適當放大。
[Fragment size]：芯片碎片的平均大小(單位爲bp)。在示例中，默認推薦值是150。該參數用於將讀取的芯片分配到DNA片段的中心。
[Effective genome fraction]：在示例中，是0.8。一般也默認0.8。
[Gap size]：在SICER中允許的間隙大小(以bp爲單位)。在示例中，它是600 bp(等於3個窗口)，推薦用於擴展組蛋白修飾標記，如H3K27me3。此參數必須是窗口大小的倍數。
[FDR]：在識別具有統計意義的島嶼時所需的錯誤發現率。在這個例子中，FDR = 0.1%。
2.輸出文件
翻譯不動了，大家湊合看一下英文說明吧。在所有這些文件中，ES_H3K27me3-W200-G600-islands-summary-FDR1e-3和ES_H3K27me3-W200-G600-FDR1e-3-island.bed這兩種是最重要的,可以用於進一步分析。
8月去北京開會有幸遇到了SICER軟件的開發者臧充之老師，交流之後得知老師組建實驗室後更新了SICERv2.0。安裝之後運行發現有三個比較明顯的變化：
1.輸入文件不再侷限於bed格式，bam文件也是可以的。
2.命令格式也發生了變化，如果用到v2版本可以去實驗室主頁看下
3.運行速度大大提升，輸出文件去掉了一些我覺得比較冗餘的
實驗室SICER2網址：
https://zanglab.github.io/SICER2/#sicer2