Vs2005和VS2008中都有建立web應用程序和Web網站，總搞的大家不知所戳。
web應用程序可能是微軟爲了讓程序員很好的從winform過渡到web開發而保留了。Web網站就完全要應用到web開發的。其實兩者之間沒有什麼大的區別，自己從表象總結了一下他們的異同點。
相同：
1、都是設計Asp網頁的。
2、都可以添加ASP.Net文件夾（都包括App_Browsers、App_Data、App_GlobalResources、App_LocalResources、App_Themes）。
不同：
1、web應用程序Default.aspx顯示有兩個原有文件及Default.aspx.cs和Default.aspx.designer.cs；Web網站Default.aspx顯示有一個原有文件Default.aspx.cs。
2、web應用程序有重新生成和發佈兩項；Web網站只有一個發佈網站。
3、web應用程序和一般的winform沒有什麼區別都有引用的是命名空間等；Web網站在引用後出現一個bin文件夾那裏存放dll和pdb文件。
4、web應用程序可以作爲類庫被引用；Web網站則不可以作爲類庫被引用。
5、web應用程序可以添加ASP.Net文件夾中不包括bin、App_Code；Web網站可以添加ASP.Net文件夾包括bin、App_Code。
6、web應用程序還可添加組件和類；Web網站則沒有。
7、源文件雖然都是Default.aspx.cs但是web應用程序有命名空間，多了一項System.Collections空間引用。
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原vs.net2005 中沒有web應用程序項目。只有新建網站的功能。SP1中增加了web應用程序的功能。此功能推出，滿足了衆多VS.NET2003開發網站的朋友們。
vs2005的“網站”項目中。其實也有一些優點。原來的vs2003和VS2005SP1中的WEB應用程序.是將整個網站應用程序編譯成一個 DLL。而網站項目中是對每個aspx生成的代碼文件，單獨編譯。特殊目錄App_Code中代碼文件才編譯成單獨一個程序集。這種設計。可以單獨生成一 個頁和該頁程序集。上傳的時候，可以只更新此頁。
但這個“網站”項目，編譯速度慢，類型檢查不徹底。兩個不同的ASPX可以生成相同的兩個名稱的類。發佈的時候，也很慢，會刪除所有原始發佈目錄中的所有文件，且複製所有新的文件。並且中間還有停頓，需要用戶主動按覆蓋文件的按鈕才能發佈。
而在SP1中的WEB應用程序中，編譯和發佈速度中，明顯變快，發佈的時候一開始就可以設置是否覆蓋。原來的網站要升級過來，需要生成一個設計類代 碼頁。有了此文件，編譯的時候，編譯器就不用再分析ＡＳＰＸ頁面了。明顯加快了編譯速度。且只生成一個程序集。執行的速度頁快了。
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網站編譯速度快，使用了增量編譯模式，僅僅只有文件被修改後，這部分纔會被增量編譯進去。
生成的程序集 WebSite：生成隨機的程序集名，需要通過插件WebDeployment纔可以生成單一程序集 WebApplication：可以指定網站項目生成單一程序集，因爲是獨立的程序集，所以和其他項目一樣可以指定應用程序集的名字、版本、輸出位置等信 息
可以將網站拆分成多個項目以方便管理
可以從項目中和源代碼管理中排除一個文件
支持VSTS的Team Build方便每日構建
更強大的代碼檢查功能，並且檢查策略受源代碼控制
可以對編譯前後進行自己規定的處理
對App_GlobalResources 的Resource強類支持（網上說的，還沒有了解過）
直接升級使用VS2003構建的大型系統
WebSite編程模型的優點：
動態編譯該頁面，馬上可以看到效果，不用編譯整個站點（主要優勢）
同上，可以使錯誤的部分和使用的部分不相干擾（可以要求只有編譯通過才能簽入）
可以每個頁面生成一個程序集（不會採用這種方式）
可以把一個目錄當做一個Web應用來處理，直接複製文件就可以發佈，不需要項目文件（無所謂，只適合小站點）
可以把頁面也編譯到程序集中（應該用不到，而且WebApplication也可以通過WebDeployment插件來實現）
兩種編程模型的互相轉換：
VS2005 SP1內置了轉換程序，可以非常方便的從WebSite轉換到WebApplication 只需要複製文件，右鍵執行“轉換爲Web應用程序”即可。未查到有專門的反向轉換工具，但比較後發現如果轉換也非常簡單。
刪除所有*.designer.cs 將*.aspx、*.ascx、*.master頁面文件中的 Codebehind="FileList.aspx.cs" 批量替換成 CodeFile="FileList.aspx.cs"
原文地址：http://tech.sina.com.cn/s/2008-06-30/1256713197.shtml
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很多新手在VS中創建項目的時候不明白網站和Web應用程序的區別，下面簡單總結一下
1、Web應用程序在打開的時候會將所有項目都編譯，所以說一開始打開一個Web應用程序會比較慢，但是之後的運行就比較快了
網站是在訪問每一個頁面的時候對這個頁面進行編譯，所以說訪問每個頁面的速度都差不多
2、基於上面的原因
Web應用程序在修改了頁面底層的代碼之後需要重新進行編譯
網站不需要重新編譯
3、網站可以添加APS文件夾，Web應用程序不可以
4、Web應用程序的項目會生成Dll文件
網站在發佈的時候，會自動生成Dll文件，但是每次的Dll文件名都不一樣
5、Web應用程序會有解決方案和項目文件