一 、下面是一些自己之前遇到的可以用python處理的生物學問題，僅供參考。
1、fasta和fastq格式之前的互相轉化
2、根據基因ID從fasta文件中提取序列序列
3、比對後的fasta格式轉化爲phylip格式
4、提取四倍兼併位點
5、根據基因名字從gtf或者gff文件中提取基因ID
二、可以模仿一些常用的軟件的部分功能，去寫能夠實現相同功能的python腳本。
1、seqkit是一個對核酸或者蛋白序列進行處理的軟件，比如取反向互補序列、序列信息統計、提取部分序列、文件切割等等。
2、csvtk是一個對CSV文件進行處理的軟件，附帶了很多實用功能。
3、bedtools對bed文件進行處理，取交集和並集等。可以模仿這些軟件的功能自己去寫python腳本實現相同的功能。
三、如果題主是生物信息領域的話，推薦一個網站，裏面有可以通過編程解決的各種小問題。
ROASLIND這個網站上面有上百個生物信息學方面的問題，每個問題都可以用python去解決，並且以背景知識和案例以及練習題的形式展現，非常適合新手進行編程練習。