大數據 Ubuntu下R語言的使用

參考鏈接：
R語言包在linux上的安裝、卸載
https://blog.csdn.net/cqboy1991/article/details/50538559

有關install.packages()函數的詳見：R包 package 的安裝（install.packages函數詳解）

R的包（package）通常有兩種：
1 binary package：這種包屬於即得即用型（ready-to-use），但是依賴與平臺，即Win和Linux平臺下不同。
2 Source package: 此類包可以跨平臺使用，但用之前需要處理或者編譯（compiled）。

.libPaths() #查看包的安裝目錄
library() #查看已經安裝的包目錄
library(mypackage) #載入mypackage包

getOption("defaultPackages") #查看啓動R時自動載入的包。
help(package = 'mypackage') #查看‘mypackage’的幫助

args(function) #查看函數的參數
example(function) #自動運行該函數幫助文檔中的例子
demo("package") #展示一些包中demostration
vignette('mypackage') #有的包，特別是bioconductor的包有vignette，用函數查看
openVignette('mypackage') #這個函數也可以查看vignette，更好用一些
RSiteSearch("helpinfor") #搜索R網站上的“helpinfor”相關信息
help.start() #查看已經安裝包的詳細HTML文檔，這個命令非常爽。

search() #查看當前載入的包
sessionInfo() #查看R中載入的包
methods() #查看某個S3泛型函數中所有的方法或者一個類中所有的方法（S3：S version 3）
showMethods(class = "myClass") #查看S4類的方法
findMethods("myMethods") #查看method的代碼
class(myObject) #查看某個對象的類
getClass(“class/package”) #查看某個class或者包的具體內容
getSlots("class") #查看某個class的slot
slotNames(MyObject) #查看某個對象的slot。可以使用Myobject@slotNames訪問對象的slot值，這個@設計實在是太爽了，可以連續用。

?function/method #查看某個“函數”或者“方法”的詳細內容
class?graph::graph #查看“組”的詳細內容的一個例子。這個例子的來源是查詢graph包時候，查看其中class的信息，輸入??graph後出現一個graph::graph-class
ls("package:mypackage") #查看"mypackage"中的所有對象

1）在終端輸入 # R CMD INSTALL /…/mypackage.tar.gz
使用此方法，需要解決包依賴問題，即安裝此包所依賴的包，安裝過程有提示

2）也可以使用R的install.packages()函數安裝
回答：可以使用install.packages()函數安裝，而且比較簡便，即聯網即可裝，裝了就可用。

install.packages(‘mypackage’)
回答2：可以使用install.packages()安裝本地下載的包，尤其適用於在服務器上安裝包

3）Bioconductor的安裝方法
source(“http://bioconductor.org/biocLite.R”)
biocLite(“mypackage”)

4）卸載package
remove.packages(“mypackage”)

remove.packages(utils)
remove.packages()所屬R語言包：utils

remove.packages(pkgs, lib)
參數：pkgs
a character vector with the names of the packages to be removed.
要刪除的軟件包的名稱與特徵向量。

參數：lib
a character vector giving the library directories to remove the packages from. If missing, defaults to the first element in .libPaths().
給一個字符向量庫目錄中刪除軟件包。如果缺少，默認的第一個元素在.libPaths()

5）查看R及其package的version
R version: version 或者 R.version
R package version:

6）更新包
update.packages( ) 可以定期執行以下

7）使用別人安裝的包
修改.bashrc文件，添加環境變量R的lib路徑
export R_LIBS=/home/…/R/lib64/R/library
R中用.libPaths()函數查看lib路徑，如果有多個lib,install.packages()默認是安裝在第一個目錄下