centos下運行Gemini（單機&分佈式）

centos下運行Gemini（單機&分佈式）

單機運行Gemini就直接從GitHub上下載make一下就行，但是速度非常慢；

分佈式環境要先裝munge，再裝slurm，才能執行下面的命令行（srun）

在node16和node18上運行Gemini：

以pagerank算法爲例，參數分別爲：
節點數 算法所在路徑 數據集所在路徑 數據集節點數 迭代次數
只用在控制節點上運行以下命令行，計算節點之前通過slurm的配置在運行時自動加入運行。

 srun -N2 ./toolkits/pagerank ./../data_sbb/amazon-2008.bin 735322 55

可能出現的報錯

1）如果出現以下情況：

srun: job 151 queued and waiting for resources

可以嘗試等待知道出現“分配資源”字樣

srun: job 151 queued and waiting for resources
srun: job 151 has been allocated resources

或直接殺掉進程再重新執行srun：

squeue
scancel 151

2）如果出現以下報錯：

srun: Required node not available (down, drained or reserved)

說明有的節點down掉了，按下述方式恢復：
(reason可以隨便寫，但是一定要寫)

scontrol: update NodeName=node18 State=DOWN Reason="undraining"
scontrol: update NodeName=node18 State=RESUME
scontrol: show node node18
scontrol: exit
sinfo

現在仍未解決的問題：
1）有些節點莫名down掉，需要頻繁手動resume很麻煩；
2）已經格式化掉的節點，slurm.conf和hosts裏面也註釋掉了，但是sinfo還是會顯示