兩者的比較：
ASP.NET應用工程
- 編譯時，把所有代碼（包括ASPX、CS等）都編譯了。
- 在Web服務器（IIS）上生成dll等動態庫文件。
- 從客戶端瀏覽器訪問時，再次編譯ASPX文件。
- 不使用App_Code文件夾。
ASP.NET站點
- 編譯時，只是檢查編譯錯誤，並不對各代碼進行實質的編譯。
- 在Web服務器（IIS）上只配置ASPX及CS文件，並不生成dll動態庫文件。
- 從客戶端瀏覽器訪問時，編譯所有代碼（包括ASPX、CS等）。
- 使用App_Code文件夾，其中保存業務邏輯代碼；並且，這裏不能保存aspx文件，因爲http通信不能訪問該文件夾。
另外，關於ASP.NET站點類型項目：
- 是從VS2005開始纔有的新項目類型，所以可能會與之前VS版本的會有不兼容的情況（不過大家可能都用VS2008以後的版本來開始，這一點也不算太重要）
- VS2005開始的新框架，包括MVC以及雲計算的Azure等，原本就不支持在ASP.NET站點類型的項目下開發。
綜上兩點，雖然表現形式呀網站功能等沒有太大差異，但爲了適應今後的就開發環境及需求，還是儘量優先選用ASP.NET應用工程項目類型。