Linux 環境 JBrowse 的安裝

1. 安裝依賴包

sudo yum groupinstall "Development Tools"
sudo yum install libpng-devel gd-devel zlib-devel perl-ExtUtils-MakeMaker

2. 下載 JBrowse 的安裝包

2.1 本地下載

官方網址:
http://www.jbrowse.org/blog/

2.2 代碼下載

官方網址:
http://www.jbrowse.org/docs/installation.html

mkdir -p /var/www/html/jbrowse
cd /var/www/html/jbrowse
curl -L -O https://github.com/GMOD/jbrowse/releases/download/1.16.8-release/JBrowse-1.16.8.zip

3. 解壓編譯執行

unzip JBrowse-1.16.8.zip
sudo chown `whoami` jbrowse
cd JBrowse-1.16.8
./setup.sh

./setup.sh 這條代碼的過程中需要下載 perl 依賴的包, 需要很長時間. 可以查看當前路徑下的 setup.log 這個文件查看進度, 若安裝失敗則可以查看原因.

成功後

4. 訪問

4.1 安裝 NGINX

鏈接:
https://blog.csdn.net/YKenan/article/details/100984302

4.2 修改 nginx.conf

路徑: /var/www/html/jbrowse/JBrowse-1.16.8

向 nginx.conf 文件中添加的內容:

location ^~ /JBrowse-1.16.8/ {
	root /var/www/html/jbrowse/;
	index  index.html index.htm index.jsp;
}

檢驗, 執行 nginx

4.3 訪問

http://IP/JBrowse-1.16.8/