首先，Spring Data JPA可以理解爲 JPA 規範的再次封裝抽象，底層還是使用了 Hibernate 的 JPA 技術實現。
JPA默認使用hibernate作爲ORM實現，所以，一般使用Spring Data JPA即會使用hibernate。Hibernate是一個開放源代碼的對象關係映射框架，它對JDBC進行了非常輕量級的對象封裝，它將POJO與數據庫表建立映射關係，是一個全自動的orm框架，hibernate可以自動生成SQL語句，自動執行，使得Java程序員可以隨心所欲的使用對象編程思維來操縱數據庫。
MyBatis 是一款優秀的持久層框架，它支持定製化 SQL、存儲過程以及高級映射。MyBatis 避免了幾乎所有的 JDBC 代碼和手動設置參數以及獲取結果集。MyBatis 可以使用簡單的 XML 或註解來配置和映射原生信息，將接口和 Java的enetity對象映射成數據庫中的記錄。
所以，這裏說 jap和mybatis的區別也就是 hibernate和mybatis的區別了。
Mybatis學習門檻低，簡單易學，程序員直接編寫原生態sql，可嚴格控制sql執行性能，靈活度高，非常適合對關係數據模型要求不高的軟件開發，例如互聯網軟件、企業運營類軟件等，因爲這類軟件需求變化頻繁，一但需求變化要求成果輸出迅速。但是靈活的前提是mybatis無法做到數據庫無關性，如果需要實現支持多種數據庫的軟件則需要自定義多套sql映射文件，工作量大。
Hibernate對象/關係映射能力強，數據庫無關性好，對於關係模型要求高的軟件（例如需求固定的定製化軟件）如果用hibernate開發可以節省很多代碼，提高效率。但是Hibernate的學習門檻高，要精通門檻更高，而且怎麼設計O/R映射，在性能和對象模型之間如何權衡，以及怎樣用好Hibernate需要具有很強的經驗和能力纔行。
總結來說：
Mybatis可以進行更細緻的SQL優化,查詢必要的字段,但是需要維護SQL和查詢結果集的映射。數據庫的移植性較差,針對不同的數據庫編寫不同的SQL。
Hibernate對數據庫提供了較爲完整的封裝,封裝了基本的DAO層操作,有較好的數據庫移植性。但是學習週期長，開發難度大於Mybatis。
對於hibernate和mybatis而言，兩者都是orm框架，就一定會有對比。兩方，網上都是各抒己見
比如：
從框架的設計理念上來看，hibernate是一種面向對象，全自動的orm框架，hibernate 是我們不用關注數據庫，而需要去關注代碼本身，通過操作映射表的實體對象，一定程度上簡化了開發，提高了開發效率，而mybatis 是一種半自動的orm框架，使用時需要自己寫sql語句，在我看來，項目中太多的sql語句，反而不如直接的實體對象操作更清晰明瞭
從表關聯上看，有人說hibernate的多表關聯是一大弊病，hibernate 本身並沒有提供實體類多表關聯的方法，而如果通過mangtoOne之類的實體類設計又會產生效率問題，但其實現在已經有了很好的解決方案，通過整合queryDSL就可以很方便地對錶對象進行關聯查詢，這樣其實mybatis 的靈活sql優勢其實也沒有那麼的明顯
從表，表字段映射上看，hibernate 直接通過框架生成表，表字段，能夠更方便地對數據庫的表進行維護，而mybatis 建表更新表都需要寫sql語句，又需要花費精力去維護這樣的sql語句，sql語句查詢出來的數據又要通過resultMap 進行映射，沒有hibernate方便
從性能上看，如果只是內部系統，用戶量較小的系統，兩個框架其實性能上差距不會太明顯，這個時候推薦使用springdatajpa 開發效率反而會更高
總之，按照用戶的需求在有限的資源環境下只要能做出維護性、擴展性良好的軟件架構都是好架構，所以框架只有適合纔是最好。其次就是領導的決策和team的溝通！
參考：https://www.jianshu.com/p/22f75d68deca