SBS：邊合成邊測序反應，每次SBS會延伸一個鹼基，大約耗時70分鐘。
Run：單次上機測序反應，可以產生4G-75G測序通量不等。
Lane：單泳道，每條泳道可以直接物理區分測序樣品，1次run最多可以同時上樣8條Lane。
Channel：Lane的同義詞。
Tile：小區，每條Lane中排有2列tile，合計120個小區。每個小區上分佈數目繁多的簇結合位點。
Cluster：簇，在Solexa測序技術中會採用橋式PCR方式生產DNA簇，每個DNA簇才能產生亮度達到CCD可以分辨的熒光點。
Index：標籤，在Solexa多重測序（Multiplexed Sequencing）過程中會使用Index來區分樣品，並在常規測序完成後，針對Index部分額外進行7個循環的測序，通過Index的識別，可以在1條Lane中區分12種不同的樣品。
Barcode: Index同義詞
Hiseq 2000 與 2500比較：
2000的通量600G/RUN,2500的通量120G/RUN
2000有2個flowcell,每個flowcell8個lane
2500的也是2個flowcell，快速模式中每個flowcell2個lane，每個lane產出30G數據量