基於轉錄組的數據分析，UniGene是一個不可多得的資源，他將mRNA、EST序列以及功能gene進行整合，很容易明白EST、mRNA等轉錄組數據與gene的關係，同時通過EST所附帶的信息，統計了基因的表達譜。UniGene參考了轉錄組、基因組的信息，通過多次循環聚類，整合儘可能多的數據，NCBI對UniGene按物種進行定期的更新，發佈新的版本。
UniGene的數據可以通過FTP按物種進行下載，包括下列文件：
- XX.data UniGene記錄信息
- XX.files.cksum 文件統計信息
- XX.gb_cid_lid UniGene中序列的編號與Genbank AC號的對應的關係
- XX.info 統計信息，
- XX.lib.info UniGene與EST的對應關係
- XX.profiles 表達譜信息，按照組織、時期表達進行分類
- XX.retired.lst 上個版本UniGene編號與當前編號以及對應序列編號的對應關係
- XX.seq.all 包括所有涉及到的EST、mRNA序列，FASTA格式（其中有#註釋，在每個Unigene開始的時候，使用bioperl的seqIO解析時會報告錯誤，需要先將其刪除）
- XX.seq.uniq 可以代表Gene的，沒有冗餘的序列，FAST格式
主要信息保存在XX.data表中，包括unigene_id, title, gene, cytoband, mgi, locuslink, homol, restr_expr, gnm_terminus, scount, express, chromosome, sts, txmap, protsim, sequences, species 等，多個perl庫都有對其解析的模塊，包括：
但是對於數據解析的完整程度不夠理想，好在數據不是特別複雜，根據自己的需要重新使用perl寫個解析腳本也不是難事。